Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-DLK1-35:5

Sequence Length

1592 nt

GC Content

0.5766

AGCCCCUAGCGCAGACGGCGGAGAGCAGAGAGGGAGCGCGCCUUGGCUCGCUGGCCUUGGCGGCGGCUCCUCAGGAGAGCUGGGGCGCCCACGAGAGGAUCCCUCACCCGGGUCUCUCCUCAGGGAUGACAUCAUCCGUCCACCUCCUUGUCUUCAAGGACCACCUCCUCUCCAUGCUGAGCUGCUGCCAAGGGGCCUGCUGCCCAUCUACACCUCACGAGGGCACUAGGAGCACGGUUUCCUGGAUCCCACCAACAUACAAAGCAGCCACUCACUGACCCCCAGGACCAGGAUGGCAAAGGAUGAAGAGGACCGGAACUGACCAGCCAGCUGUCCCUCUUACCUAAAGACUUAAACCAAUGCCCUAGUGAGGGGGCAUUGGGCAUUAAGCCCUGACCUUUGCUAUGCUCAUACUUUGACUCUAUGAGUACUUUCCUAUAAGUCUUUGCUUGUGUUCACCUGCUAGCAAACUGGAGUGUUUCCCUCCCCAAGGGGGUGUCAGUCUUUGUCGACUGACUCUGUCAUCACCCUUAUGAUGUCCUGAAUGGAAGGAUCCCUUUGGGAAAUUCUCAGGAGGGGGACCUGGGCCAAGGGCUUGGCCAGCAUCCUGCUGGCAACUCCAAGGCCCUGGGUGGGCUUCUGGAAUGAGCAUGCUACUGAAUCACCAAAGGCACGCCCGACCUCUCUGAAGAUCUUCCUAUCCUUUUCUGGGGGAAUGGGGUCGAUGAGAGCAACCUCCUAGGGUUGUUGUGAGAAUUAAAUGAGAUAAAAGAGGCCUCAGGCAGGAUCUGGCAUAGAGGAGGUGAUCAGCAAAUGUUUGUUGAAAAGGUUUGACAGGUCAGUCCCUUCCCACCCCUCUUGCUUGUCUUACUUGUCUUAUUUAUUCUCCAACAGCACUCCAGGCAGCCCUUGUCCACGGGCUCUCCUUGCAUCAGCCAAGCUUCUUGAAAGGCCUGUCUACACUUGCUGUCUUCCUUCCUCACCUCCAAUUUCCUCUUCAACCCACUGCUUCCUGACUCGCUCUACUCCGUGGAAGCACGCUCACAAAGGCACGUGGGCCGUGGCCCGGCUGGGUCGGCUGAAGAACUGCGGAUGGAAGCUGCGGAAGAGGCCCUGAUGGGGCCCACCAUCCCGGACCCAAGUCUUCUUCCUGGCGGGCCUCUCGUCUCCUUCCUGGUUUGGGCGGAAGCCAUCACCUGGAUGCCUACGUGGGAAGGGACCUCGAAUGUGGGACCCCAGCCCCUCUCCAGCUCGAAAUCCCUCCACAGCCACGGGGACACCCUGCACCUAUUCCCACGGGACAGGCUGGACCCAGAGACUCUGGACCCGGGGCCUCCCCUUGAGUAGAGACCCGCCCUCUGACUGAUGGACGCCGCUGACCUGGGGUCAGACCCGUGGGCUGGACCCCUGCCCACCCCGCAGGAACCCUGAGGCCUAGGGGAGCUGUUGAGCCUUCAGUGUCUGCAUGUGGGAAGUGGGCUCCUUCACCUACCUCACAGGGCUGUUGUGAGGGGCGCUGUGAUGCGGUUCCAAAGCACAGGGCUUGGCGCACCCCACUGUGCUCUCAAUAAAUGUGUUUCCUGUCUUAACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-642.9 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -669.88

Frequency: 0.0000

Diversity: 418.49

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((....((((((.......(((((((.((.(((.(.(((((..(((..((.(((((((((((((((((..((((((((((((((.((((....((((...))))....))))....))))))(((((....))))).......((((((....)))))).......)))))).))..))))))))))))..))))).)).)))........((((((((.(((.((..(((...(((.....(((.(((((...(.((((..((((.....(((((((((((((((..(((((((((((((...((((((..(((..(((......))))))..)))))).........(((((.((((((((((......))))))))))...)))))......))))))))))(((((((.........)))))))((((......)))).((((((.((........)).))))))..((((.......))))(((((((((((((((((......))))))).....(((((......)))))(((.....)))...))))))))))(((..(((..(((((((.....(((((..(((....(((((((...)))))))...)))..)))))((((((.((((.(((..(((.((......))..)))))).)))).)))))).)))))))..)))..)))....))).)))))))))...(((.(((((...(((...(((((((((((((((.((((((.(((((((((((..(((((...((((((((...((....((((.(.(((((.((((((.(((.....))).))))).).))))).).))))....))..)))))))))))))..))))))))))))))))))))))))((((((((((((...((((((((((((((.(((((....))((((...))))...(((((((((......((.(.(((((.(((.((............((((((.((...(((((((..................))))))).((((((........))))))...(((((....))))))).))))))..)).))).)))))).))(((((((((...((.(((((((.(((....((((....))))......))).))))))))))))).))))).(((...(((....)))...)))(((....)))((((((((((((..((((.((.((((..........))))))..))))..))))).....((...(((....))).))......))))))))))))))))((..(((((...)))))..))((((...))))..))).)))).))))............))))))..)))).)))))))).......((((((.((...)).)))))).((.((((...)))).)))))))))).)))))))).))))))))).)))).)))))...))))).)))...)))...)))..)).))).))))))))(((.(((((..............))))).))).))))).)))).)).)))))))......))))))....))........

Thermodynamic Ensemble Prediction

.{,....{(((((.......(((((((.((.(((.(.(((((..(((,.{{.(((((((((((((((((..((((((((..((((.,.,,..({((((,.((|......))))}}))),}},,(((((....))))).}.....((((((....))))))}}.))..)))))).))..))))))))))))|||||||,||.}||{,,.....{(((((({{(((,(({{({(...((({{|||((,.{{{{|.....,,,,..((((.,,{,..|||{{{(((((({(((((((((((((((...((((((..(((..(((......))))))..)))))).......,.((({,.((((((((((......)))))))))),,.,}}}),,....)))))))))}(((((((.........))))))){(((......)))}.{(((((.(({......,)).)))))}(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.,,..,.((((,...{(((((({.....{(((((..(((..(((((((.....(((((..(((.{{.(((((({...}))))))}}.)))..))))){(((((.((((.(((..(((.({......})..)))))).)))).)))))}.)))))))..)))..))))))))))))),,})))},,,))))).))))).))..))))))).))).(((((.(((((,{(((((((((((..(((((...((((((((...((...,((((.({(((((.((((({.{({.....}}}.})))).}.})))).},))))..},})},)))))))})))))..)))))))))))))))))))))))))))))))(((((...(((..(((((({,,,{{{{(...,||,||},....})..,})))))}..})}...))))}|,..(((((.((.,((((...(({((((((.{(({{(((((,,{({,..({{{{{{...)})))))),.|,|||,..,}}}}.)))))|{{.(((((....))))))),)))))).....))))))),).)).))))|((({..{((.(((((((.(((....((((....))))......))).)))))))))),,.}},|))}))},|,||{||,,}}},,,,}}}}}.,}|}}.||||(|,{((((..((({.,{.(((........,,|||.,}},,))))..))))}.....({,.{((({...}|||||.,{{.,|||,,,)))},)))|{((..(((((...)))))..))||(({.|||},.{.{{(((((.......)))),,)),),))}.}))}||||||}}})))))).,,.((((((,((...||,||}}}}.,,}||||..,)))}.))},,,}))},|||},,,)))}},}}))).}))}.})))}}..))))),)))...,}}..{|||{{||.}}}.)))))))){({.(((({.,|,,....}...,))))),))).))))).)))).)).)))))))......))))))....}}........