Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:50
Sequence Length
4482 nt
GC Content
0.4880
CAGACGGCGGAGAGCAGAGAGGGAGCGCGCCUUGGCUCGCUGGCCUUGGCGGCGGCUCCUCAGGAGAGCUGGGGCGCCCACGAGAGGAUCCCUCACCCGGGUCUCUCCUCAGGGAUGACAUCAUCCGUCCACCUCCUUGUCUUCAAGGACCACCUCCUCUCCAUGCUGAGCUGCUGCCAAGGGGCCUGCUGCCCAUCUACACCUCACGAGGGCACUAGGAGCACGGUUUCCUGGAUCCCACCAACAUACAAAGCAGCCACUCACUGACCCCCAGGACCAGGAUGGCAAAGGAUGAAGAGGACCGGAACUGACCAGCCAGCUGUCCCUCUUACCUAAAGACUUAAACCAAUGCCCUAGUGAGGGGGCAUUGGGCAUUAAGCCCUGACCUUUGCUAUGCUCAUACUUUGACUCUAUGAGUACUUUCCUAUAAGUCUUUGCUUGUGUUCACCUGCUAGCAAACUGGAGUGUUUCCCUCCCCAAGGGGGUGUCAGUCUUUGUCGACUGACUCUGUCAUCACCCUUAUGAUGUCCUGAAUGGAAGGAUCCCUUUGGGAAAUUCUCAGGAGGGGGACCUGGGCCAAGGGCUUGGCCAGCAUCCUGCUGGCAACUCCAAGGCCCUGGGUGGGCUUCUGGAAUGAGCAUGCUACUGAAUCACCAAAGGCACGCCCGACCUCUCUGAAGAUCUUCCUAUCCUUUUCUGGGGGAAUGGGGUCGAUGAGAGCAACCUCCUAGGGUUGUUGUGAGAAUUAAAUGAGAUAAAAGAGGCCUCAGGCAGGAUCUGGCAUAGAGGAGGUGAUCAGCAAAUGUUUGUUGAAAAGGUUUGACAGGUCAGUCCCUUCCCACCCCUCUUGCUUGUCUUACUUGUCUUAUUUAUUCUCCAACAGCACUCCAGGCAGCCCUUGUCCACGGGCUCUCCUUGCAUCAGGUAGGGGCUUUGCAGAGACCAUCGACGGGCUGACUUGAGUAAGAACACGAAUUAUGCAUGUGGCCAUUUCCAGAGCACUUUCUAUGUGAUAUGAACAUGUGAUUUUUAUGUAAUAUGUGUAUGUAAACGAGGCAGCCUCAUUUCCAGGUGAGGAUGCAUUUGGUAGUGUUGAUUUUUGUAAUUUAAAGAAGCUGAAAGGGAGAGAGGACCCGUGAGGACUGAACUCUCUGUCCCAUGGGGUAGGGCUUACAUUUACAUUAAAGAAACAGAAACUUGCUGGGAGGUGUAAGUAUUUGGUCACAUUGCUGGCAACAGAAGGGGUUGGAGUUGGACCCAGGGUGCCACGCUAGCUGCCCUCACCCCUUCUUCCCCUCUGGCCCAGAGUUAUACUAAGAGUCCUUUUAUUUCAAACCAAAUGUUUGACAAUGGGACAGUCUGUUUGAAAUCCCAGCUGCCUGGGGUGGUCUUGGGGGUCUGGGUGGCCCCAGUGCUGGUACCAUGUGCUGGCUUCACCUUUUAAUAACAGUGUGACCUUAAACAAGUCGCUUAACUACUCUAAGUUUCAGUUUCUUUCAUGGUCUAAAUGGAGAUUAAAACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCCCCUCGUGUAUCUACCCCACAGGGCGCUUUUGAAGACCAAAUGCUGUAACUACUAUGAAAGUGCUUUGUAAAUUGCUGUGGAAAGUGUGAGCUACUCAAGCACCCGAGGCUGUCCCUCCUUGCUCACAUGUCCAGCCCAAUUCUCCCUUAGUGAGAACAGCACUCAGUAGGUGCUGUGUGUGUUUGUGUUCAAUUAAGAAAUUCCAGAAUAAAUAAAAAUGAAUUAAUUCAACAAACAUUUUCUGGGGCACCGACAAUCUGCCCAGUGCACCAGGCUAGGUAUCUGAUACAAAGAUAAUGAAAACAGUCUCUUGGAACCUAAUUGGGGUCCUCAUUUGACCAGGAAUUUCUUUCGUCCCGUUUUAAGCCAACCAGUUUUGUCCGGACAAGACAAAAACAACUUGGGCUGCUUUAGAGAAGCCCAGCUCAGUGUAGACAAUAGCUGCCCAGCCUCUGAAAGGGGCUGAUUGGAUUAUGUGGCAAAUGGAGGUGCAAGGAUGACUUGGACGGUGACAAAUGAAGUGGGCGGAGACCUGCUUUGAGUUAAUCCAGGCUAUUAGGAGGGGACCUUUUGUCUUCCAGAGACUGGCAGGAGCUUUUACCAGUGGUUUUUACAUCCUUAAUGUUCAGGACGAAUAAUUUAUGGUCAGUGAAAAUCCAGGCCCCAGUGAGAUUCGAGUGGGCUGUAAAAUCGAGAGUCCUGCUCCCAGUGAGUAAUGGUAGUGAAUGUUUCUGUCACUUUUUGCAACCGUCCAUUCAUUUGAUCCUCACAACUCCCUGUCCUGAGCCAGGACCGGCCACUGCCACUCCCAGGGAAACAGAGGCUGUCAAGAGGCUCCACAGAUUGGGCCCCACUGGAUCAUUGAACCCCUGUUCCCUGAGUUCUAGAGGAAGAAUUGUACCUGUCUCAGUCCCGGCCACCUCCAGAAGGCCUCCCUCUGCAUUUCUGACUUUGCUGUGCCGGCAGCCUGGAGCCUCCCAGGUCCCUGCUGUCAUCUUUUCUAGCCACUACAGUCUCUGUCUUUCCUUUCACAGCCAAGCUUCUUGAAAGGCCUGUCUACACUUGCUGUCUUCCUUCCUCACCUCCAAUUUCCUCUUCAACCCACUGCUUCCUGACUCGCUCUACUCCGUGGAAGCACGCUCACAAAGGUUCCCAGUGCCCCCGACAAGCCCCUGCUGGUGUCUCCAUCUCCUGCCAAGCAUCCUCCAGUGCCUCCUCCUGUGGGCCUGGCCUCAGGGCUAUGGACAGACUCCUGUCCCAUCCCAGAGACCCCUCGUGAUCGUGCCCUGGCACGUGGGCCGUGGCCCGGCUGGGUCGGCUGAAGAACUGCGGAUGGAAGCUGCGGAAGAGGCCCUGAUGGGGCCCACCAUCCCGGACCCAAGUCUUCUUCCUGGCGGGCCUCUCGUCUCCUUCCUGGUUUGGGCGGAAGCCAUCACCUGGAUGCCUACGUGGGAAGGGACCUCGAAUGUGGGACCCCAGCCCCUCUCCAGCUCGAAAUCGGCAGACUAGGAUGGAAGUGCCCUGUGAGCUGGGGGGCCCUUCAAAGGGCCAAGGAGAAAACGCAGGCCGAGGGACCAGCCUUCCAAAUGGGCUUCAAGCUCCAAUGACCUCCGCUCGCCCCCUCGAAAUGUCUGGAAAACAUAAUGGGCAGAUUUUCUGUCUUCAAAGUUUCCGGCUAAACCUCUUCAAGUUCUUUAUUGUUUGGGACUGAGACACUCAGCCAUGUUAAUGGGUAGUUUCUUUUGUAUUUGCCUUGAAAGGCCAAAAUAUUUUUAUAUUGCCACAGACAAAGCCACCUAUUUAAAAAUGAACUCCAUGUCCGUCGUUUCCCACCAGGAGACUAUGUACCAUGUGUGUGUCUCUAUGUAUUCUGGGGUCUUGAAACAGGUUUCUCAUGGGGAUGGUCAUUCACCACGGUCCAGAGGGGCAGAACAGGCGGCGCUUGCCUUGCCCAGGGGGCCUGGGGAACGUGGGCCCUCAUCUCAGAUCUGCCCCCAGUAUGUUUAGGACGCGAGCCCCAGAAGGAUCUGGGAGUAAACUUAACAUUCACUGUGUCUCUGCUCUGCAUCCGCCAUUUGUGUGUGUUUCUGGACUGUGGGCUGUGUGUACCUUGGUUGGUGACUCAGUGAGAAGAAGCAGGAAUGCCAAAGAUACUGUGAAUGUUCUGAGUUUUGUUGCUGUUGUUGUUGAGAGGUUGUUUCACUGGUAUCUAUUGCAUUGUAUAAUAAAUGACCAGAUGAAUGAAUGAGUGAAGCAAGAGAGAAUGAAUAAACAAGUAAAUAGGUAAAGAAGUAAGCAAGCCAGGAUGAGAGUGUGUGUACACAAGACCAUGGUUCAUCCGCUUUGAUGGCUAGGCAAUCAAUAUAUAAAUAGAAAAAAACCAGUGAAUCACUAAGUAAUAGGGCAACACACAAAGCGAUAUCAGGUGAUUAUGGACUAAGGGGUAUGUGUAACUCAAAUAUAUGCCUCUGACAUUUGACAAUGAAAAAGAACCUAAAUGAAAGAAAGAAUGGAUGUAUGAGUAGUGAAGUGCAGAAUGAGACAUAGAUUUUGAGGCCCGUCAAAAUGAAAAGAUGCAAGUUAGGGAACAAGUGAUCAAAAGGGAGAAGGGAAAGGUUUUUUUUAAAAAACCAAAACAACAAAGAAAGGUUAAAAAAAAAAACAGACUAGAGGAUGAGUAAUGAGUAACUCUGUAAGGAGGACCAUGUCAGACUAUUGUAAGCUAAGCAUUAGGACUGAUACAAAUAAUAUAUGCUCCUGGCAUAGAAAAAUAAACCACAGAGAACGAGUUCAAAGAAUAGCAAAGAAAGAAAGAGGACCCAGUGGGCGAAAGAUGAGAGUGUACUUUUACCAAAAGUUAUCUAAGCCUGAGCACUUGAAGUCUGCACAUAAAUAAAUAAAUGACAAAAGAAAGAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1507.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1589.59
Frequency: 0.0000
Diversity: 1020.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((((((((((((((..((((((((((((((.((((....((((...))))....))))....))))))(((((....))))).......((((((....)))))).......)))))).))..))))))))))))..))))).))(((((.((..........)))))))(((((((......))))))).....................((((.((.(((..((...))..)))))))))..(((...((((((..(((..(((......))))))..)))))).)))...........((((((((((......))))))))))(((..(((((((.((((.(((...(((((((.........)))))))((((......)))).((((((.((........)).))))))(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.......((((....((((((((......(((((..(((..(((((((.....(((((..(((....(((((((...)))))))...)))..)))))((((((.((((.(((..(((.((......))..)))))).)))).)))))).)))))))..)))..)))))))))))))....))))..))))).))))).))..))))))).))).(((((.((((((.(((((((((((..(((((...((((((((...((....((((.(.(((((.((((((.(((.....))).))))).).))))).).))))....))..)))))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))..(((((........)))))......)))..)))).)))))))))).))).)))....((((.((.((((((((.(..((((.....(.(((..(((.((((.((((((((((((...((.(((((.((((((.((......)).)))))).)))))..))...(((.(((((((....))))))).)))...(((((((.......((((...(((..((((((........((((((..(((....))...)..))))))((((..(((((((((.(((.(((((((((.((((((((.((((((((..(((.(((.((((((((((((((((((((((....)))(((((((.((((((((.(.((.(((((((((((.(((((((..((((((....((.(((((...)))))(((.((..(..(((((.((...((((((.....)))))).)).)))))..)..)).))).(((((((....)))))))))....))))))..)))))))...)))).))))))).)).)))))))))))))))).....))))))))))......)))).)))))))).))))))))))).)))))))).)))...)))))))))........................................((((........)))).)))))))))..))))))))))..))).)))).......))))))).)))))))))))).)))).)))))).)...))))..))))))))))))))))))))))))))).))))))...((((..((((...(((((....).))))((((((((.....))))))))..((((((((....((((((...(((..............)))...))))))..))))))))......))))...)))).)))))).(((((..((((((((((((((.......)))........(((.((((......((.....))((((.......)))).......((((((((((.......((((......(((((((.......)))))))........))))(((((...))))).(((((..((....))...)))))..((((((((...))))))))(((((.......(((...((((((((...((..((((.((((((((.((((((((.(((((((...(((.((...((((......))))...)).)))((((.....))))..((((((.((((((((((.(((((...((((((((((..((.((((((((.....)))))..))).))...))))))).)))(((((...(((...)))...)))))..........((((...))))(((........)))..))))).)))))))))).))))))...))))))))))))))).(((((..((((....((((((...)))))).(((....))).....(((((((.(((.((...(((((((((.(((.....))))))........)).)))).)).))))))))))))))...))))).......)))).)))).))))))...))))))))....)))..(((((....((((..(((((((((..(((((((((((......)))))...))))))........(((....(((....(((((((....(((((((.(((...)))...)))))))................(((((((((.((((((((...(((((.((((..(((((((.(((((((((.(((((..((.(((....)))((((((.....(((((((.((((((.....(((((((((((((...(((((((((((...)))....((((.((((.(....).)))))))).(((.(((....((((((....))))))...))).)))..(((.((((..(((((....))))).(((((.(..(((((((..(((.((.........)).)))...))))).))..).)))))(((.(((((((.(((....((((....))))......))).))))))))))......(((.(((...(((....)))...))).)))....)))).))).((((((((.(....(((((((((((.....((((((((((.....((((..(......)....))))...))))))))))((((((....))))))..(((((....(((...((((((..((((........((((((...))).))).........))).)..))))))...)))(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).......))))).((((((.........))))))(((((((.((..(((...(((((((.((((..(((((....((((....))))...(((((....)))))...)))))..)))).))))))).....))).....((((..(((.((((((.....)))))).)))...)))))).)))))))........)))))))))))...)))))))))...)))))))).....))))..)))....))))))......((((((....)))..)))..)))))))))))))..)))))).....(((((..(((((...(((((((((.((.......((((((((....)))))).))...)).)))))..))))..((.(((((((((((((((..((((((((((((((((..((....((((.((.((((......)))))).))))....))...)))))))(((.....((((((((.....(((.(((((....(((((..((((((....((((((((((.((((((....((((........))))...))))......)).))))))))))......................................((.((((((((((((.(((.((.(.....).)))))..))))))).......)))))..))..))))))....)))))...))))))))....))))..))))....))).))))))))))).......(((........))).((((((((((((.......))))))))))))..((((((................))))))...........))))))).)))))).))...))))).))))).....(((((((......)))))))))..))).)).))))))))).).)))).......))..))))))))).(((((((((....((((...............))))...)))))))))......)))).))))....(((...)))...)))))))))..((((((.(((.(((.......))).)))..)))))).........((((((...))))))............)))))))...)))....))))))))))))..)))))))))..))))))))))))))).)))).)))((((((...))))))))))).)))))).)))))....)))))....................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((((((((.((((((.((.((((((((((((.(((((((((((((((((..((((((((..((((.,.,,..({((((,.((|......))))}}))),}},,(((((....))))).}.....((((((....))))))}}.))..)))))).))..)))))))))))),,))))).))(((((.{{....,,,,,,,||||||(((((({......})))))).....................((((.((.(((..({...))..)))))))))..(((.,.((((((..(((..(((......))))))..)))))).)))...........{{{{{|||||.,,,,,))))))})))|||..{((((((.((((.(((..,(((((((.........)))))))|(((......)))}.{(((((.(({......,)).)))))}(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.,,..,.((((,...{(((((({.....,(((((..(((..(((((((.....(((((..(((.{{.(((((({...}))))))}}.)))..))))){(((((.((((.(((..(((.({......})..)))))).)))).)))))}.)))))))..)))..)))))))))))))..,)))},,}))))).))))).))..))))))).))).{((((.(((((,{(((((((((((..(((((...((((((((...((...,((((.({(((((.((((({.{({.....}}}.})))).}.})))).},))))..},})},)))))))})))))..))))))))))))))))))))))))))))))),.(((((........)))))......)))..)))).)))))))})).))).))}....((((.((.((((((({,(..((((..,,.{.(((..(((.((((.((((((((((((...((.(((({.((((((.,,......}}.)))))).}))))..,|{,,(((.(((((({....})))))).))).,,||(((((,,.,..,((((...{({{{((((((,...,,{{(((({(,.{({,,..||,|.,..}))))}||||,.{(((((((,.(((.((((({(({.((((((((.((((((({..{{,{({{||||{{.{,.(((((((((((((....)))((((((,{((((((((.(.((.(((((((((((.(((((((..((((((....((,((({(,,.}}}}}{{,.{{..(..(((((.,,...((((((.....)))))).}}.)))))..),.}}.}}}.{{{{{{{..,,)}))))}))....))))))..)))))))...)))).))))))).)).)))))))))))))))).....)))))))))).....,.,,,,))))..)).}}})))))))).)))))))).}))...}}))))})),,......................................,,{{........)))).,))))))))..))))||}}|||,}...)))).,}....))))))}.)))))))))))).)))).)))))).}.,.))))..))))))))))))))))))))))))))).))))))...{(((..((((...((((,....}.))))((((((((.....))))))))..((((((((.,,,{{{{{{...,,,...,,,..........|,,,}}}})),,))))))))......))))...)))}.)))))){(((((..((((((((((((((.......)))}.......(((.((((.,,,..(((....,||{|||{{.{{{......,...,((((({(,(({{{{,,..,,......((((((({...,,,,)))}},,.,...,{(((((,((,...,).)))})|||,.|{{(((({{,...||}},.((((((((...)))))))),,{{{.....{,(((...(((((((({..((..((({.((((((({.((((((((((((((((,{.((({{{,.,{,,,....,})))}...,|{|||((({.....})))}}((((((.((((((((((.{((((,,.,(((((((((..((.((((((((.....)))))..))).))...)))))))})},{({((,,.({,...,}||,|))))}.........,,|}|}}||}}}{{|..,,,,..))),,)}}}}.)))))))))).))))))...))))))))))))))).{{{||..,,,,.,..((((((...)))))).(((....))).....{((((({((((.((.,,(({((,(((,({{.....})))))....,,|.}}.}})}.}).))))))))))}}}}.,.)}))}.......},)),)))).)))))}.},)))))))),..,|}}..{{{{{,,.,{{{{..{{{{{{{(({.{((((((((((......))))),..}))))).),,....,,,.,,,{|{.,,||||||||....(((((((.(((...)))...)))))))..,|}}},}}},.}}.(((((((((,((({((((...(((((.((((..(((((({.(((((((((.(((((..,,((((....)))).......,.((((((((.((((((..,,,({{{{{(({(((({{.((,{,{{(((({..(({{...,{,|}||,{.,.{,,,{|((((|((,({{.(((,,,,((((((....)))))).,,|}|.|||,.,{{||{{{,.(((((....))))).(((({,{,,{{|{{{(,,({{.((.,.....,.)),))}...})))).))..|,|||}}.((.(((((((.(((....((((....))))......))).)))))))}}|||,{{{(((,(({..,(((....}||...}}},))},}}}}},},))}}|||{|{({.,....{{(((((((((.....((((((((((.....((((..({.....),...))))...))))))))))((((((....))))))..(((({..{{{({|{,((((((..{(((........((((((...))).))}.,.......))).)..))))))....|,({(((((,{.....(((((((...))))))).....})))))))|,....,||,,|.((((({.........)))}||((({,,|,||}}|,{,,,{{(((((,(({{..{{{((,,{,((((....)))).,}|||||....}}))),,,})))),.)))).)))))}}.....,}}.....(((({.(((.((((((.....)))))).))).},))))})})),))))}.......))))))))))}...,))))))))},,)))))})),....,}))}.}))))}.))))))},....||{|||,,,.))),,)}}..))))))))))))))).|((({{{((((((((..(((((.,.(((((((((.((,......{{((((((....)))))).))...)),)))))..)))).,((.(((((((((((((({..((((((((({((((((..((....((((.((.((((......)))))).))))....))...))))))|(((.....((((((((.,...(((.(((((.,,.(((((..((((((....((((((((((.((((((..,.((((........))))...})))}.....}).))))))))))......................................{(.((((((((((((,(((.((,,.,.....}}))),.)))))))},,,,..)))))..))..))))))....)))))...))))))))...,))))..))))....))).)))))))))}}....{{{{{(,...,,......((((((((((((.......))))))))))))..||||||,...,,..........,...,,...........))))))).)))))).)).}.))))).))))).........)))))))),,|.....}}..))).)).))))))))).}.)))).......))..))))))))},(((((((({....|(((...............))))...}})))))}}......)))).}|||,...{{{..,)))...}))))))))..((((((.(((.(((.......))).)))..)))))).........((((((...))))))............,}}}))),,}})}..,,)))),}})}}})..})))}))))}}))})))))}}}}})).)))).)))((((({...}))))),}))),}))))).))))).,..)))))....................................
Back