Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:60
Sequence Length
1709 nt
GC Content
0.5805
GCAGAGAGGGAGCGCGCCUUGGCUCGCUGGCCUUGGCGGCGGCUCCUCAGGAGAGCUGGGGCGCCCACGAGAGGAUCCCUCACCCGGGUCUCUCCUCAGGGAUGACAUCAUCCGUCCACCUCCUUGUCUUCAAGGACCACCUCCUCUCCAUGCUGAGCUGCUGCCAAGGGGCCUGCUGCCCAUCUACACCUCACGAGGGCACUAGGAGCACGGUUUCCUGGAUCCCACCAACAUACAAAGCAGCCACUCACUGACCCCCAGGACCAGGAUGGCAAAGGAUGAAGAGGACCGGAACUGACCAGCCAGCUGUCCCUCUUACCUAAAGACUUAAACCAAUGCCCUAGUGAGGGGGCAUUGGGCAUUAAGCCCUGACCUUUGCUAUGCUCAUACUUUGACUCUAUGAGUACUUUCCUAUAAGUCUUUGCUUGUGUUCACCUGCUAGCAAACUGGAGUGUUUCCCUCCCCAAGGGGGUGUCAGUCUUUGUCGACUGACUCUGUCAUCACCCUUAUGAUGUCCUGAAUGGAAGGAUCCCUUUGGGAAAUUCUCAGGAGGGGGACCUGGGCCAAGGGCUUGGCCAGCAUCCUGCUGGCAACUCCAAGGCCCUGGGUGGGCUUCUGGAAUGAGCAUGCUACUGAAUCACCAAAGGCACGCCCGACCUCUCUGAAGAUCUUCCUAUCCUUUUCUGGGGGAAUGGGGUCGAUGAGAGCAACCUCCUAGGGUUGUUGUGAGAAUUAAAUGAGAUAAAAGAGGCCUCAGGCAGGAUCUGGCAUAGAGGAGGUGAUCAGCAAAUGUUUGUUGAAAAGGUUUGACAGGUCAGUCCCUUCCCACCCCUCUUGCUUGUCUUACUUGUCUUAUUUAUUCUCCAACAGCACUCCAGGCAGCCCUUGUCCACGGGCUCUCCUUGCAUCAGCCAAGCUUCUUGAAAGGCCUGUCUACACUUGCUGUCUUCCUUCCUCACCUCCAAUUUCCUCUUCAACCCACUGCUUCCUGACUCGCUCUACUCCGUGGAAGCACGCUCACAAAGGUUCCCAGUGCCCCCGACAAGCCCCUGCUGGUGUCUCCAUCUCCUGCCAAGCAUCCUCCAGUGCCUCCUCCUGUGGGCCUGGCCUCAGGGCUAUGGACAGACUCCUGUCCCAUCCCAGAGACCCCUCGUGAUCGUGCCCUGGCACGUGGGCCGUGGCCCGGCUGGGUCGGCUGAAGAACUGCGGAUGGAAGCUGCGGAAGAGGCCCUGAUGGGGCCCACCAUCCCGGACCCAAGUCUUCUUCCUGGCGGGCCUCUCGUCUCCUUCCUGGUUUGGGCGGAAGCCAUCACCUGGAUGCCUACGUGGGAAGGGACCUCGAAUGUGGGACCCCAGCCCCUCUCCAGCUCGAAAUCCCUCCACAGCCACGGGGACACCCUGCACCUAUUCCCACGGGACAGGCUGGACCCAGAGACUCUGGACCCGGGGCCUCCCCUUGAGUAGAGACCCGCCCUCUGACUGAUGGACGCCGCUGACCUGGGGUCAGACCCGUGGGCUGGACCCCUGCCCACCCCGCAGGAACCCUGAGGCCUAGGGGAGCUGUUGAGCCUUCAGUGUCUGCAUGUGGGAAGUGGGCUCCUUCACCUACCUCACAGGGCUGUUGUGAGGGGCGCUGUGAUGCGGUUCCAAAGCACAGGGCUUGGCGCACCCCACUGUGCUCUCAAUAAAUGUGUUUCCUGUCUUAACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-684.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -711.1
Frequency: 0.0000
Diversity: 477.11
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.((((((((((((((((((....((((.(.((((((.(((((((((((((((((((..((((((.((((.(((((..(((((((((((((.((((((((....))))).......((((((....))))))(((((.(.(((.((.(((((.((...(((...(((((.((.(((((........((((((((((((((((.(((.(((((..(((......)))............((((.((.(((..((...))..)))))))))..(((...((((((..(((..(((......))))))..)))))).)))........)))))..)))))))))).((((((((((((...........((((((((....(((((((.........)))))))((((......)))).((((((.((........)).))))))(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.......((((....((((((((......(((((..(((..(((((((.....(((((..(((....(((((((...)))))))...)))..)))))((((((.((((.(((..(((.((......))..)))))).)))).)))))).)))))))..)))..)))))))))))))....))))..))))).))))).))..))))))).))).(((((.((((((.(((((((((((..(((((...((((((((...((....((((.(.(((((.((((((.(((.....))).))))).).))))).).))))....))..)))))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))(((((...(((..(((((((.(((((((....).))))......))..)))))))..)))...)))))....................................(((((((..................)))))))......))))))))))))))))))))(((((((....)))..)))).........(((...)))....((((.((((.(....).)))))))).(((.(((....((((((....))))))...))).)))..))))))))).(((((....)))))))))).)))))))))).)).))))))).)))...).)).)))...))).)).))))))))....(((((((.(((....((((....))))......))).))))))).(((.....(((.(((...(((....)))...))).))).....))).))).)))))))))...)))))).)))))))...))))).((((((..(((((.....(((.(((((....(((((.(((.((((...)))).)))((((..(((((...)))))..))))(((.(((...(.(((((((.......)))).))).).))).))).((((((...))))))....((((((.((...)).))))))...)))))..))))).)))...)))))....))))))(..((((.(.....((((((..(((((........)))))))))))).))))..)))))))))))))).)...))))....))).))))))..((((((......))))))..........))))))))).)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((.((((((((((((((((((.,,{(((((((((((((((((..((((((((..((((.,,,,..({((((,.(({......)))}}}})),,}|,(((((....))))).}.....((((((....))))))}}.}}..)))))).))..)))))))))))))}){{||{{{(((((.({..........}})))),(((((((,..,,,}}}}}||.................,}}}|}|..{{.(((.....}))}}.(((((.((((..((.(((((((((..(((..(({.,,(,.|||}|,...,,,,...,,{{{{{{{{..{(((((((((......)))))))))|({,....|,...,..,,,||,..{(((((((.........)))))))}........}))))}}||(({.{{|.......)).}))},.{((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.,,..,.((((,...{(((((({.....,(((((..(((..(((((((.....(((((..(((.{{.(((((({...}))))))}}.)))..))))){(((((.((((.(((..(((.({......})..)))))).)))).)))))}.)))))))..)))..)))))))))))))..,)))},,}))))).))))).))..))))))).))).{((((.(((((,{(((((((((((..(((((...((((((((...((...,((((.({(((((.((((({.{({.....}}}.})))).}.})))).},))))..},})},)))))))})))))..))))))))))))))))))))))))))))))}(((((...(((..(((((({.,,{{{{(...,||.,,)},...,)..,)))))))..)))...))))),........,,,..}}}....))))))))).,)...)))}}))))....{{{{{{{...)}))}})).{(({{{{,..||...,|{(((((((|{(({{((((.{({{(({{...,,.....,,|}}.,||}(((((.((.(((((.(((((((((.((((((((((({,...((((((....)))))|{{{{.(((((....,,,,,,..(((((....))))).{(((....)))){{{.{{(((|(({,,,{..{{(,(({,,,.,{|||}||..({((({{,{,,(((((((.({{....(({(,...||}}......})).)))))}}.}{{{,{{.(((.(({..,(((....)))...})).))}.||||,|{||||||||||,.{{{{.,|}|||.,,,,,,,},}})},))},)}}}..)))))},.},||}.{((({...}||||,.,{,.,|||.,.}}|,.}))|{((..(((({...)))))..))))||}}}}|,},|.|||{{,|}}}}}}}))))).,,})})),.}}},|,,.)))))))))))....((((((.((...)).))))))))))))))).....))))))).)))))|||,..|})},..}}|,,.,,},.{(((((..(((((........)))))))))))))))),}))}..)))))))))))).))),,.))}.))).)))))),,((,(((,.....,)))),,.,,......))))))))).)))......
Back