Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:62
Sequence Length
1726 nt
GC Content
0.5805
AGAGAGGGAGCGCGCCUUGGCUCGCUGGCCUUGGCGGCGGCUCCUCAGGAGAGCUGGGGCGCCCACGAGAGGAUCCCUCACCCGGGUCUCUCCUCAGGGAUGACAUCAUCCGUCCACCUCCUUGUCUUCAAGGACCACCUCCUCUCCAUGCUGAGCUGCUGCCAAGGGGCCUGCUGCCCAUCUACACCUCACGAGGGCACUAGGAGCACGGUUUCCUGGAUCCCACCAACAUACAAAGCAGCCACUCACUGACCCCCAGGACCAGGAUGGCAAAGGAUGAAGAGGACCGGAACUGACCAGCCAGCUGUCCCUCUUACCUAAAGACUUAAACCAAUGCCCUAGUGAGGGGGCAUUGGGCAUUAAGCCCUGACCUUUGCUAUGCUCAUACUUUGACUCUAUGAGUACUUUCCUAUAAGUCUUUGCUUGUGUUCACCUGCUAGCAAACUGGAGUGUUUCCCUCCCCAAGGGGGUGUCAGUCUUUGUCGACUGACUCUGUCAUCACCCUUAUGAUGUCCUGAAUGGAAGGAUCCCUUUGGGAAAUUCUCAGGAGGGGGACCUGGGCCAAGGGCUUGGCCAGCAUCCUGCUGGCAACUCCAAGGCCCUGGGUGGGCUUCUGGAAUGAGCAUGCUACUGAAUCACCAAAGGCACGCCCGACCUCUCUGAAGAUCUUCCUAUCCUUUUCUGGGGGAAUGGGGUCGAUGAGAGCAACCUCCUAGGGUUGUUGUGAGAAUUAAAUGAGAUAAAAGAGGCCUCAGGCAGGAUCUGGCAUAGAGGAGGUGAUCAGCAAAUGUUUGUUGAAAAGGUUUGACAGGUCAGUCCCUUCCCACCCCUCUUGCUUGUCUUACUUGUCUUAUUUAUUCUCCAACAGCACUCCAGGCAGCCCUUGUCCACGGGCUCUCCUUGCAUCAGCCAAGCUUCUUGAAAGGCCUGUCUACACUUGCUGUCUUCCUUCCUCACCUCCAAUUUCCUCUUCAACCCACUGCUUCCUGACUCGCUCUACUCCGUGGAAGCACGCUCACAAAGGUUCCCAGUGCCCCCGACAAGCCCCUGCUGGUGUCUCCAUCUCCUGCCAAGCAUCCUCCAGUGCCUCCUCCUGUGGGCCUGGCCUCAGGGCUAUGGACAGACUCCUGUCCCAUCCCAGAGACCCCUCGUGAUCGUGCCCUGUAGUCACCCCACUCCACCGAAAAGUAAACUGCAGGCACGUGGGCCGUGGCCCGGCUGGGUCGGCUGAAGAACUGCGGAUGGAAGCUGCGGAAGAGGCCCUGAUGGGGCCCACCAUCCCGGACCCAAGUCUUCUUCCUGGCGGGCCUCUCGUCUCCUUCCUGGUUUGGGCGGAAGCCAUCACCUGGAUGCCUACGUGGGAAGGGACCUCGAAUGUGGGACCCCAGCCCCUCUCCAGCUCGAAAUCCCUCCACAGCCACGGGGACACCCUGCACCUAUUCCCACGGGACAGGCUGGACCCAGAGACUCUGGACCCGGGGCCUCCCCUUGAGUAGAGACCCGCCCUCUGACUGAUGGACGCCGCUGACCUGGGGUCAGACCCGUGGGCUGGACCCCUGCCCACCCCGCAGGAACCCUGAGGCCUAGGGGAGCUGUUGAGCCUUCAGUGUCUGCAUGUGGGAAGUGGGCUCCUUCACCUACCUCACAGGGCUGUUGUGAGGGGCGCUGUGAUGCGGUUCCAAAGCACAGGGCUUGGCGCACCCCACUGUGCUCUCAAUAAAUGUGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-689.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -715.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 324.5
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((((((..((((....))))..))).)).))))))..((((((((((((..((((((.((((.(((((..(((((((((((((.((((((((....))))).......((((((....))))))(((((.(.(((.((.(((((.((...(((...(((((.((.(((((........((((((((((((((((.(((.(((((..(((......)))............((((.((.(((..((...))..)))))))))..(((...((((((..(((..(((......))))))..)))))).)))........)))))..)))))))))).((((((((((((...........((((((((....(((((((.........)))))))((((......)))).((((((.((........)).))))))(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.......((((....((((((((......(((((..(((..(((((((.....(((((..(((....(((((((...)))))))...)))..)))))((((((.((((.(((..(((.((......))..)))))).)))).)))))).)))))))..)))..)))))))))))))....))))..))))).))))).))..))))))).))).(((((.((((((.(((((((((((..(((((...((((((((...((....((((.(.(((((.((((((.(((.....))).))))).).))))).).))))....))..)))))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))(((((...(((..(((((((.(((((((....).))))......))..)))))))..)))...)))))....................................(((((((..................)))))))......))))))))))))))))))))(((((((....)))..)))).........(((...)))....((((.((((.(....).)))))))).(((.(((....((((((....))))))...))).)))..))))))))).((((((.((((((........((....)).......))))))))))))))))).)))))))))).)).))))))).)))...).)).)))...))).)).))))))))....(((((((.(((....((((....))))......))).))))))).(((.....(((.(((...(((....)))...))).))).....))).))).)))))))))...)))))).)))))))...))))).((((((..(((((.....(((.(((((....(((((.(((.((((...)))).)))((((..(((((...)))))..))))(((.(((...(.(((((((.......)))).))).).))).))).((((((...))))))....((((((.((...)).))))))...)))))..))))).)))...)))))....))))))...........(((((((((..(((.(((..........((((((((.....))))))))(((.(((((..............))))).))).))).)))))))).))))))))...........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((((((((..((((....))))..)))}}),}))))}..((((((((((((..((((((.((((.(((((..(((((((((((((.((((((((....}}}}),|||...((((((....)))))){({{{.{.(((.((.(((((.((...(((...(((((.((.(((((,.......((((((((((((((((.(((.(((((..(((......))}............((((.((.(((..({...))..)))))))))..(((.,.((((((..(((..(((......))))))..)))))).)))........}))))..)))))))))).((((((((((((...........((((((((...,(((((((.........)))))))|(((......)))}.{(((((.((,......,)).)))))}{((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.,,..,.((((,...{(((((({.....,(((((..(((..(((((((.....(((((..(((.{{.(((((({...}))))))}}.)))..))))){(((((.((((.(((..(((.({......})..)))))).)))).)))))}.)))))))..)))..)))))))))))))..,)))},,}))))).))))).))..))))))).))).{((((.(((((,{(((((((((((..(((((...((((((((...((...,((((.({(((((.((((({.{({.....}}}.})))).}.})))).},))))..},})},)))))))})))))..))))))))))))))))))))))))))))))|(((((...(((..(((((({.,,{{{{(...,||.,,)},...,)..,)))))))..)))...))))),...................................(((((((.,..............,.))))))).,....)))))))))))))))))))){{{,,{{....|||{{||,,.........{||,..)))....((((.((((.(....).)))))))).(((.(((....((((((....)))))).,.))).)))..))))))))).{((({({((((((........,,....},...,,..))))))))))))))))).)))))))))).)).))))))).)))...}.)).)))...))).))||))))))).((.(((((((.(((....((((....))))......))).)))))))}}||,..,.(((.(((...(((....)))...))).))).}...,}}.))}.)))))))))...}))))).)))))))...))))).((((((..{((((,,...(((.(((((....(((((.(((.{(((...}))).)))((((..(((((...)))))..))))(((.(((...(.(((((((.......))))},)).).))).))).((((((...)))))).,..((((((.((...)).))))))...)))))..))))).)))...))))}....))))))..........,{({{(((((..(((,({{......,,..{{(((({{.,,,.})))))))|((,({(({.,{,|...,}...|}}})}.))).))).)))))))).))))))))...........
Back