Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-DLK1-35:69

Sequence Length

1762 nt

GC Content

0.5602

GGCCUUUGUUCUCCUGAUGGAGGGGGUCGGGCGCGGGAUCUACUGGAGGAUCCUGGAUUCGUUUACCCAAGAGGGAACAGUUUUGAGACCCCCCGGAUUCACUGCGGAGUGGCCGCAGAGGCCGGGGUCGGCCUUUGCGCCGUGGCUUCGGGUGUUGUGGAGGCGCACAGAGGCACGUUAGUUGAUUUCCAGUGGUUUUUGGUUUCGGGGGUCUUAGGAAGGUGUGGCUCAUUUGAGCAGGAUGGAGAGAGAGGCUGUGACAAGGGUCUCUCCUCAGGGAUGACAUCAUCCGUCCACCUCCUUGUCUUCAAGGACCACCUCCUCUCCAUGCUGAGCUGCUGCCAAGGGGCCUGCUGCCCAUCUACACCUCACGAGGGCACUAGGAGCACGGUUUCCUGGAUCCCACCAACAUACAAAGCAGCCACUCACUGACCCCCAGGACCAGGAUGGCAAAGGAUGAAGAGGACCGGAACUGACCAGCCAGCUGUCCCUCUUACCUAAAGACUUAAACCAAUGCCCUAGUGAGGGGGCAUUGGGCAUUAAGCCCUGACCUUUGCUAUGCUCAUACUUUGACUCUAUGAGUACUUUCCUAUAAGUCUUUGCUUGUGUUCACCUGCUAGCAAACUGGAGUGUUUCCCUCCCCAAGGGGGUGUCAGUCUUUGUCGACUGACUCUGUCAUCACCCUUAUGAUGUCCUGAAUGGAAGGAUCCCUUUGGGAAAUUCUCAGGAGGGGGACCUGGGCCAAGGGCUUGGCCAGCAUCCUGCUGGCAACUCCAAGGCCCUGGGUGGGCUUCUGGAAUGAGCAUGCUACUGAAUCACCAAAGGCACGCCCGACCUCUCUGAAGAUCUUCCUAUCCUUUUCUGGGGGAAUGGGGUCGAUGAGAGCAACCUCCUAGGGUUGUUGUGAGAAUUAAAUGAGAUAAAAGAGGCCUCAGGCAGGAUCUGGCAUAGAGGAGGUGAUCAGCAAAUGUUUGUUGAAAAGGUUUGACAGGUCAGUCCCUUCCCACCCCUCUUGCUUGUCUUACUUGUCUUAUUUAUUCUCCAACAGCACUCCAGGCAGCCCUUGUCCACGGGCUCUCCUUGCAUCAGAGACUGGCAGGAGCUUUUACCAGUGGUUUUUACAUCCUUAAUGUUCAGGACGAAUAAUUUAUGGUCAGUGAAAAUCCAGGCCCCAGUGAGAUUCGAGUGGGCUGUAAAAUCGAGAGUCCUGCUCCCAGCACGUGGGCCGUGGCCCGGCUGGGUCGGCUGAAGAACUGCGGAUGGAAGCUGCGGAAGAGGCCCUGAUGGGGCCCACCAUCCCGGACCCAAGUCUUCUUCCUGGCGGGCCUCUCGUCUCCUUCCUGGUUUGGGCGGAAGCCAUCACCUGGAUGCCUACGUGGGAAGGGACCUCGAAUGUGGGACCCCACCUCCACAGCCACGGGGACACCCUGCACCUAUUCCCACGGGACAGGCUGGACCCAGAGACUCUGGACCCGGGGCCUCCCCUUGAGUAGAGACCCGCCCUCUGACUGAUGGACGCCGCUGACCUGGGGUCAGACCCGUGGGCUGGACCCCUGCCCACCCCGCAGGAACCCUGAGGCCUAGGGGAGCUGUUGAGCCUUCAGUGUCUGCAUGUGGGAAGUGGGCUCCUUCACCUACCUCACAGGGCUGUUGUGAGGGGCGCUGUGAUGCGGUUCCAAAGCACAGGGCUUGGCGCACCCCACUGUGCUCUCAAUAAAUGUGUUUCCUGUCUUAACAAAAACUGAUGGAUGUGCUACUAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-716.8 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -744

Frequency: 0.0000

Diversity: 390.38

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((.....((((....))))(((((((((..((((((((......))))))))..)))(((..(((....))))))........))))))(((.(..((((.((((((.(((((((((((((....)))))))))))..)).)))))))))).).)))))))(((((((((((((((.(((((...(((((((.(((((((((.(((((((..((((.((((.(((((....)))).((((.(((.((((((((.(....).)))))))))))..(((((....)))))))))...((((((....)))))))))))))))........((((..(((((....((((.....))))...............(((..(((((((......)))))))..))).............)))))..))))..))))))).)))))))))......(((...((((((..(((..(((......))))))..)))))).)))...........((((((((((......))))))))))((.((((((((((.....((((..(((((((.........)))))))((((......)))).((((((.((........)).))))))(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.......((((....((((((((......(((((..(((..(((((((.....(((((..(((....(((((((...)))))))...)))..)))))((((((.((((.(((..(((.((......))..)))))).)))).)))))).)))))))..)))..)))))))))))))....))))..))))).))))).))..))))))).))).(((((.((((((.(((((((((((..(((((...((((((((...((....((((.(.(((((.((((((.(((.....))).))))).).))))).).))))....))..)))))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))(((((((..((((((((((((((((.((..(((...))))))))))..........((((((((((..((.((((((((.....)))))..))).))...))))))).))))))))..))).)))......)))))))....(((((.(((((..((((...((((((((...(((((....)))))((((......((((((.......))))))....)))).(((.(((((((.(((....((((....))))......))).))))))))))......(((.(((...(((....)))...))).))).)))))))))))).)))))))))).((.((((.(((((.((((((((..(((((....(((((.(((.((((...)))).)))((((..(((((...)))))..))))(((.(((...(.(((((((.......)))).))).).))).))).((((((...))))))....((((((.((...)).))))))...)))))..)))))((((((.((((.(((....))))))))).)))))).))))))..))))).)))).))....((((((((.....))))))))((.(((((...))))).))..)))))))))))))).))...)))))).)...))))).))))))))))(((((............))))).)))))........

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((((.....((((....))))(((((((((,.((((((((......))))))))..}}){{{..(((....))),}}........))))))(((.{..((((.((((((.(((((((((((((....)))))))))))..)).)))))))))).}.)))))))(((((((((((((((.(((((...{((((((.{{((((({{.{((((((..{(({{(,((((((((....|,,(((.((((((((,(((({(,,....|,||},,,})}},,.(((((....))))),},,...((((((....)))))).,,)))))))))))).))}.({{,({{{..,}.))},,|.{((((.{{..........}}))))}{||||||},,,.,))))))),,})}.,,,.....,,,,,.}||||}||.|||}}|}}}.))}}))))),},,..(((.,.((((((..(((..(((......))))))..)))))).)))...........((((((((((......))))))))))((.((((((((((..,,,(({{.,(((((((.........)))))))|(((......)))}.{(((((.(({......,)).)))))}(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.,,..,.((((,...{(((((({.....,(((((..(((..(((((((.....(((((..(((.{{.(((((({...}))))))}}.)))..))))){(((((.((((.(((..(((.({......})..)))))).)))).)))))}.)))))))..)))..)))))))))))))..,)))},,}))))).))))).))..))))))).))).{((((.(((((,,(((((((((((..(((((...((((((((...((...,((((.({(((((.((((({.{({.....}}}.})))).}.})))).},))))..},})},)))))))})))))..)))))))))))))))))))))))))))))))(((((((.,((((((((((((((({,((..(((...)))))))))).........,,(((((((((..((.((((((((.....)))))..))).))...))))))),)),)))))..))).)))...,..)))))))....(((((.(((((..((((,..{(((((((.,.(((((,.{,|||,,((({......(((,(({{{{...||},}}..|.((({{{,,.||||||{.|||}}}}||,,...,))),....}})))}))))),},}}......(((.(((...(((....)))...))).))).)))))))))))).)))))))))).,,{(((({(,((,.{{((((((..{((({...}))||..((..{((({{{||{|{|||(({(..(((((...))))).,||}|(((,(({,,.(.(((((((.......))))}})).).))}.}}}.((((((...)))))).|,,((((((,((...}}.}|)))}.,,}||||...}}})|}}|}}.|}},.{|{,,,.))))}}}}},))))}}.))))))}}},))|{||||,||{,..((({{{{|,,...}}))))))))}|})))).,),)))}))),))}})))))))))).))...)))))).)...))))).))))))))))(((((............))))).)))))........