Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:7
Sequence Length
1656 nt
GC Content
0.5851
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-686 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -713.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 454.77
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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