Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-DLK1-35:70

Sequence Length

1733 nt

GC Content

0.5678

GGCCUUUGUUCUCCUGAUGGAGGGGGUCGGGCGCGGGAUCUACUGGAGGAUCCUGGAUUCGUUUACCCAAGAGGGAACAGUUUUGAGACCCCCCGGAUUCACUGCGGAGUGGCCGCAGAGGCCGGGGUCGGCCUUUGCGCCGUGGCUUCGGGUGUUGUGGAGGCGCACAGAGGCACGUUAGUUGAUUUCCAGUGGUUUUUGGUUUCGGGGGUCUUAGGAAGGUGUGGCUCAUUUGAGCAGGAUGGAGAGAGAGGCUGUGACAAGGGUCUCUCCUCAGGGAUGACAUCAUCCGUCCACCUCCUUGUCUUCAAGGACCACCUCCUCUCCAUGCUGAGCUGCUGCCAAGGGGCCUGCUGCCCAUCUACACCUCACGAGGGCACUAGGAGCACGGUUUCCUGGAUCCCACCAACAUACAAAGCAGCCACUCACUGACCCCCAGGACCAGGAUGGCAAAGGAUGAAGAGGACCGGAACUGACCAGCCAGCUGUCCCUCUUACCUAAAGACUUAAACCAAUGCCCUAGUGAGGGGGCAUUGGGCAUUAAGCCCUGACCUUUGCUAUGCUCAUACUUUGACUCUAUGAGUACUUUCCUAUAAGUCUUUGCUUGUGUUCACCUGCUAGCAAACUGGAGUGUUUCCCUCCCCAAGGGGGUGUCAGUCUUUGUCGACUGACUCUGUCAUCACCCUUAUGAUGUCCUGAAUGGAAGGAUCCCUUUGGGAAAUUCUCAGGAGGGGGACCUGGGCCAAGGGCUUGGCCAGCAUCCUGCUGGCAACUCCAAGGCCCUGGGUGGGCUUCUGGAAUGAGCAUGCUACUGAAUCACCAAAGGCACGCCCGACCUCUCUGAAGAUCUUCCUAUCCUUUUCUGGGGGAAUGGGGUCGAUGAGAGCAACCUCCUAGGGUUGUUGUGAGAAUUAAAUGAGAUAAAAGAGGCCUCAGGCAGGAUCUGGCAUAGAGGAGGUGAUCAGCAAAUGUUUGUUGAAAAGGUUUGACAGGUCAGUCCCUUCCCACCCCUCUUGCUUGUCUUACUUGUCUUAUUUAUUCUCCAACAGCACUCCAGGCAGCCCUUGUCCACGGGCUCUCCUUGCAUCAGGUAGGGGCUUUGCAGAGACCAUCGACGGGCUGACUUGAGGCUAAUCUCGGGCCUUGUCGAAGGAAGAGGCUGCAGACGUUAAUGAGGCACGUGGGCCGUGGCCCGGCUGGGUCGGCUGAAGAACUGCGGAUGGAAGCUGCGGAAGAGGCCCUGAUGGGGCCCACCAUCCCGGACCCAAGUCUUCUUCCUGGCGGGCCUCUCGUCUCCUUCCUGGUUUGGGCGGAAGCCAUCACCUGGAUGCCUACGUGGGAAGGGACCUCGAAUGUGGGACCCCAGCCCCUCUCCAGCUCGAAAUCCCACGGGGACACCCUGCACCUAUUCCCACGGGACAGGCUGGACCCAGAGACUCUGGACCCGGGGCCUCCCCUUGAGUAGAGACCCGCCCUCUGACUGAUGGACGCCGCUGACCUGGGGUCAGACCCGUGGGCUGGACCCCUGCCCACCCCGCAGGAACCCUGAGGCCUAGGGGAGCUGUUGAGCCUUCAGUGUCUGCAUGUGGGAAGUGGGCUCCUUCACCUACCUCACAGGGCUGUUGUGAGGGGCGCUGUGAUGCGGUUCCAAAGCACAGGGCUUGGCGCACCCCACUGUGCUCUCAAUAAAUGUGUUUCCUGUCUUAACAAAAACUGAUGGAUGUGCUACUAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-711.6 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -743.15

Frequency: 0.0000

Diversity: 387.9

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((((.((((....))))(((((((((..((((((((......))))))))..)))(((..(((....))))))........))))))(((.(..((((.((((((.(((((((((((((....)))))))))))..)).)))))))))).).)))......))))))))..((((((.(((.((((..(((((((((((...(((((((.((((((.((((.(((.......(((.((((((((.(((((((.....((((....)))))))(((((....))))).......((((((....))))))...)))))))))))).))).(((.((....)).)))(((.(((((.((..........))))))).)))))))))).)))))))))))))...)))..........((((.((.(((..((...))..)))))))))..(((...((((((..(((..(((......))))))..)))))).))).(((((.....((((((((((......))))))))))(((..(((((((.((((.(((...(((((((.........)))))))((((......)))).((((((.((........)).))))))(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.......((((....((((((((......(((((..(((..(((((((.....(((((..(((....(((((((...)))))))...)))..)))))((((((.((((.(((..(((.((......))..)))))).)))).)))))).)))))))..)))..)))))))))))))....))))..))))).))))).))..))))))).))).(((((.((((((.(((((((((((..(((((...((((((((...((....((((.(.(((((.((((((.(((.....))).))))).).))))).).))))....))..)))))))))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))..(((((........)))))......)))..)))).)))))))))).....((.((((((((((....((((......)))))))).)))))).))...(((..(((....(((.(((((((((((((..((((((.....(((((.(((.(((..((((((.......))))))..((((((((((.(((((((.(((....((((....))))......))).))))))))).......(((.(((...(((....)))...))).))).((((.((((((((((((..((((.((.((((..........))))))..))))..)))).(((((...)))))......))))))))....)))).((..(((((...)))))..))))))))))..))).)))...)))))(((((.((.((..((((.(((((......((((((((.((....)))).)))))).(((((((((((((.(((.((((((((..((....))...).))).)))).)).).).))))))..)))))).............((((((.(((.((...)).))).)))))).))))))))).)))).)))))..))).)))))))).)))).)))).)))...)))..))))))))..))))))))..)))).)).).)))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

,((((((((.((((....)))|(((((((((,.((((((((......))))))))..}})|{{..(((....))),}}........))))))|{{.,..{{({.{(({{({(((((((((((((....)))))))))))}}||.}||||}}}}}.,.)))}}.}},)))))))).,((((((.{{{.((((..(((((((((({...((((((,,((((((.((({{(((....,..(((.((((((((.((((,({,,...|{{|,,,,})}}.,.(((((....))))),},,...((((((....))))))...)))))))))))).))).(((.((....)).)))(((.(((((.((..........))))))).)))))))))).)))))))))))))...}}}.......((((((.,{{.(((..{{...))..}}|,{(((((((((...((((((..(((..(((......))))))..)))))).......,.{{{{,.((((((((((......)))))))))),,.,}}})},,...)))))))))}(((((((.........))))))),.{(((((....((((((((..{{,((,(((((...((({.(((((((((.......(((.((((((((((((((......))))))).((.((((((((((.,,..,.((((,...{(((((({.....,(((((..(((..(((((((.....(((((..(((.{{.(((((({...}))))))}}.)))..))))){(((((.((((.(((..(((.({......})..)))))).)))).)))))}.)))))))..)))..)))))))))))))..,)))},,}))))).))))).))..))))))).))).{((((.(((((,,(((((((((((..(((((...((((((((...((...,((((.({(((((.((((({.{({.....}}}.})))).}.})))).},))))..},})},)))))))})))))..))))))))))))))))))))))))))))))),.(((((........)))))....}))),.))))).})}))...))))))))..((((((((({....((((,....,))))))))}}))))))))))}.)))))){.(((((,.(((((((((((((..((((((,{,..(((((.(((.(((..((((((.......))))))..((((((((({.(((((((.(((....((((....))))......))).))))))),}|||.,,.(((.(((...(((....)))...))).))).{(({.((((((({((({..(({{.,{,(((,.......,,,.,,|||,,)})}..)))).{((((...)))}}......}))))))),,..}))),||..(((((...)))))..})))))))))..))).)))...)))))(((((.((.((..((((.(((((,..,..((({{{{{.{{.,,{|||}|||}})).{(((((((((((({,,{.((((((({,{({,...}}.,,).)))}}))).))}).}.))))))..))))))....,,,|,,.|,((((((.{{{.||,,,)),))}.}})))).))))))))).)))).))))),.))).)))))))).)))).)))).},)}))).}.....,,,....))))))))..)))).}}.}.)))))).