Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:73
Sequence Length
1504 nt
GC Content
0.5592
GGUCUCUCCUCAGGGAUGACAUCAUCCGUCCACCUCCUUGUCUUCAAGGACCACCUCCUCUCCAUGCUGAGCUGCUGCCAAGGGGCCUGCUGCCCAUCUACACCUCACGAGGGCACUAGGAGCACGGUUUCCUGGAUCCCACCAACAUACAAAGCAGCCACUCACUGACCCCCAGGACCAGGAUGGCAAAGGAUGAAGAGGACCGGAACUGACCAGCCAGCUGUCCCUCUUACCUAAAGACUUAAACCAAUGCCCUAGUGAGGGGGCAUUGGGCAUUAAGCCCUGACCUUUGCUAUGCUCAUACUUUGACUCUAUGAGUACUUUCCUAUAAGUCUUUGCUUGUGUUCACCUGCUAGCAAACUGGAGUGUUUCCCUCCCCAAGGGGGUGUCAGUCUUUGUCGACUGACUCUGUCAUCACCCUUAUGAUGUCCUGAAUGGAAGGAUCCCUUUGGGAAAUUCUCAGGAGGGGGACCUGGGCCAAGGGCUUGGCCAGCAUCCUGCUGGCAACUCCAAGGCCCUGGGUGGGCUUCUGGAAUGAGCAUGCUACUGAAUCACCAAAGGCACGCCCGACCUCUCUGAAGAUCUUCCUAUCCUUUUCUGGGGGAAUGGGGUCGAUGAGAGCAACCUCCUAGGGUUGUUGUGAGAAUUAAAUGAGAUAAAAGAGGCCUCAGGCAGGAUCUGGCAUAGAGGAGGUGAUCAGCAAAUGUUUGUUGAAAAGGUUUGACAGGUCAGUCCCUUCCCACCCCUCUUGCUUGUCUUACUUGUCUUAUUUAUUCUCCAACAGCACUCCAGGCAGCCCUUGUCCACGGGCUCUCCUUGCAUCAGGGCUAAUCUCGGGCCUUGUCGAAGGAAGAGGCUGCAGACGUUAAUGAGGUUAGCUGCUGGAUUCCAGUAUUCGUCGCAUAAGGAUCCUUCUUUGUCUGCGAAGGAAAAACACACUGAUUAUCAUAAUGAGGCACGUGGGCCGUGGCCCGGCUGGGUCGGCUGAAGAACUGCGGAUGGAAGCUGCGGAAGAGGCCCUGAUGGGGCCCACCAUCCCGGACCCAAGUCUUCUUCCUGGCGGGCCUCUCGUCUCCUUCCUGGUUUGGGCGGAAGCCAUCACCUGGAUGCCUACGUGGGAAGGGACCUCGAAUGUGGGACCCCAGCCCCUCUCCAGCUCGAAAUCCCUCCACAGCCACGGGGACACCCUGCACCUAUUCCCACGGGACAGGCUGGACCCAGAGACUCUGGACCCGGGGCCUCCCCUUGAGUAGAGACCCGCCCUCUGACUGAUGGACGCCGCUGACCUGGGGUCAGACCCGUGGGCUGGACCCCUGCCCACCCCGCAGGAACCCUGAGGCCUAGGGGAGCUGUUGAGCCUUCAGUGUCUGCAUGUGGGAAGUGGGCUCCUUCACCUACCUCACAGGGCUGUUGUGAGGGGCGCUGUGAUGCGGUUCCAAAGCACAGGGCUUGGCGCACCCCACUGUGCUCUCAAUAAAUGUGUUUCCUGUCUUAACAAAAACUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-588.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -614.93
Frequency: 0.0000
Diversity: 445.6
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.(((((((..(((.......)))....((((((....)))))).((((((((((..(((((.((.(.(((((..(((((((.((....((((.((.(((((((.(((.(((((((...(.((((.(.(((((((.............(((.......))).(((((((((..(((((((((((((...((((((..(((..(((......))))))..)))))).........(((((.((((((((((......))))))))))...)))))......))))))))))(((((((.........)))))))((((......)))).((((((.((........)).))))))..((((.......))))(((((((((((((((((......))))))).....(((((......)))))(((.....)))...))))))))))(((..(((..(((((((.....(((((..(((....(((((((...)))))))...)))..)))))((((((.((((.(((..(((.((......))..)))))).)))).)))))).)))))))..)))..)))....))).)))))))))..))))))).).)))).)...))))))).))).))))))).......))))))...))))))))).))))).).))))))))))))))))).(((((((....)))))))...(((((.(((..((.((((((((((((................((.(((((((((..........(((...(((((.(((((((((((..(((.((((((((.(..(((((((.......)))))))..))))).)))).)))..)))......))))...)))))))))((((....(((((.(.(((((((....)))))))).))))))))).......)))........))))))))).))(((((.(..(((((((..(((.((.........)).)))...))))).))..).)))))(((.(((((((.(((....((((....))))......))).))))))))))......(((.(((...(((....)))...))).))).......))))))))))))...)).))).)))))...(((((..((((((((((......)).........(((..((.((((..((.........))..)))).))..))).)))...)))))...)))))....))))))).))))))).(((((.((.((..((((.(((((......((((((((.((....)))).)))))).(((((((((((((.(((.((((((((..((....))...).))).)))).)).).).))))))..)))))).............((((((.(((.((...)).))).)))))).))))))))).)))).)))))..((((((......))))))............((((..(((....))).))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((.(((((((,{(.,..},||||||,...((((((....)))))).{{{{{{{(((.,({((({(,,(.({(((..{((((((,({{{{{(({{..,,(((({{{,(({.(((((((...{.{|||,|,|{{|||,............,(((,,.....}}|.{((({{(((..(((((((((((((...((((((..(((..(((......))))))..)))))).......,.((((,.((((((((((......)))))))))),,.,}}}),.....))))))))}|(((((((.........)))))))|{{{......)))}.{(((((.(({......,)).)))))}{{((((,({...,|||{((,((((((((((((((......))))))).{,.{(((((,,,,..}}}}}((({....||{|||||,}}},|||(((..(((..(((((((.....(((((..(((.{{.(((((({...}))))))}}.)))..))))){(((((.((((.(((..(((.({......})..)))))).)))).)))))}.)))))))..)))..)))))))))),)))))))))..})))))},),))}),}.,,)))))}),)}|,|||}|||,,.,{,{||||||,,.,|||||}}},|||||,|.}}||}},}||||}||||.(((((((....|}))))}.,|{(||||{{{,,||}{||||||{{|||,,.}}}}}}}}}}}}}..}|||||||}}}}}}}}}}}}}}}}}}|||||,{{((({|,{{{..{||,{(((((((.{..(((((((.......)))))))..}))))},)))}))),.},},....,})))}}})}||||||,..}}}}},(((.(((((((((((....))))))}.,)))),})),.......,|}|,...,,.,})))))}}.))||||{,|}}|||||||}}|||}||}}.}}}.,.|}|)}},,,,}})),}}..|{|||||,({.(((((((.(((....((((....))))......))).))))))),}|||.,,.(((.(((...(((....)))...))).))).|||,.,|||||||||||,.{,||.||}{||}}}...{{|||,,||||{{|}|}..}}}}},...,|,..,((({...}))|}..,,...,,,...))},,}))}}}|..(((({...}))))...,))))),,),))))))).))))))).(((((.((.((..((((.(((((......((((({{{.{{.,,,||}}||}}})).(((((((((((((,,{(.((((((({,{({,...}).,,).)))}}))).))}).}.))))))..)))))).....,.|},,|.((((((.(((.{|...}).))).)))))).))))))))).)))).))))),,((,((({.....,)))),..,,,.......{{{,..,{,....))).,,,,..
Back