Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:82
Sequence Length
1693 nt
GC Content
0.5511
GCACCGACAAUCUGCCCAGUGCACCAGGCUAGGUAUCUGAUACAAAGAUAAUGAAAACAGUCUCUUGGAACCUAAUUGGGGUCCUCAUUUGACCAGGAAUUUCUUUCGUCCCGUUUUAAGCCAACCAGUUUUGUCCGGACAAGACAAAAACAACUUGGGCUGCUUUAGAGAAGCCCAGCUCAGUGUAGACAAUAGCUGCCCAGCCUCUGAAAGGGGCUGAUUGGAUUAUGUGGCAAAUGGAGGUGCAAGGAUGACUUGGACGGUGACAAAUGAAGUGGGCGGAGACCUGCUUUGAGUUAAUCCAGGCUAUUAGGAGGGGACCUUUUGUCUUCCAGAGACUGGCAGGAGCUUUUACCAGUGGUUUUUACAUCCUUAAUGUUCAGGACGAAUAAUUUAUGGUCAGUGAAAAUCCAGGCCCCAGUGAGAUUCGAGUGGGCUGUAAAAUCGAGAGUCCUGCUCCCAGUGAGUAAUGGUAGUGAAUGUUUCUGUCACUUUUUGCAACCGUCCAUUCAUUUGAUCCUCACAACUCCCUGUCCUGAGCCAGGACCGGCCACUGCCACUCCCAGGGAAACAGAGGCUGUCAAGAGGCUCCACAGAUUGGGCCCCACUGGAUCAUUGAACCCCUGUUCCCUGAGUUCUAGAGGAAGAAUUGUACCUGUCUCAGUCCCGGCCACCUCCAGAAGGCCUCCCUCUGCAUUUCUGACUUUGCUGUGCCGGCAGCCUGGAGCCUCCCAGGUCCCUGCUGUCAUCUUUUCUAGCCACUACAGUCUCUGUCUUUCCUUUCACAGCCAAGCUUCUUGAAAGGCCUGUCUACACUUGCUGUCUUCCUUCCUCACCUCCAAUUUCCUCUUCAACCCACUGCUUCCUGACUCGCUCUACUCCGUGGAAGCACGCUCACAAAGGGCUAAUCUCGGGCCUUGUCGAAGGAAGAGGCUGCAGACGUUAAUGAGGUUAGCUGCUGGAUUCCAGUAUUCGUCGCAUAAGGAUCCUUCUUUGUCUGCGAAGGAAAAACACACUGAUUAUCAUAAUGAGUUCCUGACCUGGCCAUCCCGGGGUGCCCUUGACCAGCCCCGUGUCUCCUCAGGGUGUCCCAGCACCAGCCUGGCACAGAGUGGGGCUCAGUUAGAGUAUGUGGGAUGUUGGUUUCGCCAGGCACGUGGGCCGUGGCCCGGCUGGGUCGGCUGAAGAACUGCGGAUGGAAGCUGCGGAAGAGGCCCUGAUGGGGCCCACCAUCCCGGACCCAAGUCUUCUUCCUGGCGGGCCUCUCGUCUCCUUCCUGGUUUGGGCGGAAGCCAUCACCUGGAUGCCUACGUGGGAAGGGACCUCGAAUGUGGGACCCCAGCCCCUCUCCAGCUCGAAAUCCCUCCACAGCCACGGGGACACCCUGCACCUAUUCCCACGGGACAGGCUGGACCCAGAGACUCUGGACCCGGGGCCUCCCCUUGAGUAGAGACCCGCCCUCUGACUGAUGGACGCCGCUGACCUGGGGUCAGACCCGUGGGCUGGACCCCUGCCCACCCCGCAGGAACCCUGAGGCCUAGGGGAGCUGUUGAGCCUUCAGUGUCUGCAUGUGGGAAGUGGGCUCCUUCACCUACCUCACAGGGCUGUUGUGAGGGGCGCUGUGAUGCGGUUCCAAAGCACAGGGCUUGGCGCACCCCACUGUGCUCUCAAUAAAUGUGUUUCCUGUCUUAAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-608.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -639.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 484.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((....((((.((((...(((((...(((((.......)))))........))))).((((((((....((((((((((((((((.((((..((((((((((...(((((...((.....(((((((....))))))).......(((.((((((((((...)))))..))))))))((((....(((((((((((((........(((((...(((.(((((((.(...((((((((.(((((.(((..((((((.(((...((.(((((((((.((((((....(((....((((((((....((((((.(.....).))))))...((((((((((.((......((((((((......((((....((((((((((..........((((.(.((...))).))))...(((((..(((((((((((((((((....((((...))))(((........))).(((((..(...)..))))))))))))...))))))))....))..))))).......)))))))))).))))..)))))))).......(((((((.(((.((...(((((((((.(((.....))))))........)).)))).)).))))))))))((((((......)))))))).)))))..)))))(((((((.(..((((((((........)).)))))).....).)).))))).))))))))..))).)))))).))))...............))))).))))).))))))..(((((((.(((...)))...)))))))................))).)))))...))))))))..........((.(((((((((..((((((.(((((((((((((....)))).........(((((((((((((((((.((....)).))))))...........)))))))))))(((((...))))).(((.(((((((((((....))))))..))))).))).......(((.((((...)))).))).(((((...(((.....((((((...........)))))).)))...)))))(((.((..((....))..))))).)))))))))..)))))))))).))))).)).((((...))))).))))))).))).)))))))))))).)))))).....))))))...))))).)))))))))).))))..(((((((.(((....((((....))))......))).)))))))..(((.((((((((...((((((....(((.....))).))))))..))))))))))).))))))).)))))))))(((((((..((((((...(((((....((((..(((((...)))))..(((.((((...)))).)))((((..(((((...)))))..))))(((.(((...(.(((((((.......)))).))).).))).)))))))....)))))((((((.(.(((((.(((..((.(((...((.((((...)))).))....))).))..))).))))).).).)))))..((((((..(((((........)))))))))))))))))....)))))))((......)))))))))).)))).))))..((((((......))))))..................)))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((({....((((.((((.,,,{{{..|||((((.......))))}..,.....,,,,,.((((((((....((((((((((((((((.((((..{(((((((((...(((({...((,.,{.((((((({....,,,)))},,..,.,,{(((((({(({,...)}))),}))}}}}}}((((....(((((((((((((..{{,,{{(((,,{{{((({...{({((,.,.,(((((,({((({,.(((..((((((.(((...((.(((((((((.((((((....(((....((((((((....(((((((,{{{{{{{}}},||.{.((((((((((.((.....,{,{{(({{.,,,,.(((({...(((((((,,{||||......((((,{{{|...|||{||||{..(((((..((((((((((({({{{,...|,|||},,|||}{{(,,,,,,..|||,|||{{..|...},.})}},})))))},,,))}))))),,,.))..)))))......{|||||||||||}}||,.||||,|||,,..,,.{{{||{,,|||.||}}}||,,,.|||||,|,,,..,)))))....}}}})),)))},)).})))))))))||{{{|.},}},}})),,)).))))}}.)))))||||{{{....|||||||{,.,},},,}|.,,,}}}.....|,||.},)))}))))))))..))).)))))).))))...............))))).))))).))))))..(((((((.(((...)))...)))))))...)))....))})).,,)})))}},,.))}.))))})).}}}}}}||.(((((((((..((((((.(((((((((,(((,,.,||||{{....,{{((({{((((((((((((.((....)}.}))))}...........}))}))))))|(((((...)))))}{((.(((((((((((....)))))),.})))),|}}.......(((.((((...)))).))),||||||,,{|,....,||||||},,,,,....,))}}})})}.,},}||||{(((.,,,||....}}}))),)).)))))))))..)))))))))).))))).||,((({...}))}|,|},,,|{{|}.,,))))))))))).))))))..,..)))})).,,))))).)))))))))}.))))..(((((((.(((....((((....))))......))).)))))))..(((.((((((({,..{(((({....(({.....))).})))))..})))))))))).))))))).)))))))))(((((((.,((((((....{((({.....(((.(((((....(((((.(((.{(((...}))).)))((((..(((((...)))))..))))(((.(((...(.(((((((.......)))),})).).))).))),((((((...)))))).,..((((((.((...}}.))))))...)))))..))))).)))...)))}}|{{,},,)))},.|,|.,,}}}..((((((..(((((........)))))))))))))))))..}.)))))))((......)))))))))).)))).)))).,((,((({.....,)))),..,,,.....,,,,....)))).....
Back