Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:84
Sequence Length
1548 nt
GC Content
0.6143
CAGUCUCUGUCUUUCCUUUCACAGCCAAGCUUCUUGAAAGGCCUGUCUACACUUGCUGUCUUCCUUCCUCACCUCCAAUUUCCUCUUCAACCCACUGCUUCCUGACUCGCUCUACUCCGUGGAAGCACGCUCACAAAGGGCUAAUCUCGGGCCUUGUCGAAGGAAGAGGCUGCAGACGUUAAUGAGGUUAGCUGCUGGAUUCCAGUAUUCGUCGCAUAAGGAUCCUUCUUUGUCUGCGAAGGAAAAACACACUGAUUAUCAUAAUGAGUUCCUGACCUGGCCAUCCCGGGGUGCCCUUGACCAGCCCCGUGUCUCCUCAGGGUGUCCCAGCACCAGCCUGGCACAGAGUGGGGCUCAGUUAGAGUAUGUGGGAUGUUGGUUUCGCCAGGUGAGUGAAUGAAAGGACUCGACCACCACAGCUGAGCCACUAGCUGGGCCAUGCGAAGAGUUCUAGGUGCAAAGGCUGGAGGGUGGAAUUCAUUUUUGAGAGGUGUGUGAGCAGCUUCCGACCCCUGCCCCAUUUGAACGGGGGCCUUGCUGGUCGCGUCCCUGCAUUCACCCGCGCGGCCAUCCCGUCAUCCAACAGUUGAUCCUAACUGAGCACGCCCACGGCCCUGGUCUGGCCUGGGCACCGGCCACCGUAGCCCAUCCCUUGAUGGCCUCUGUGUCCCCAGGAGGGCGGGCCGGGGGGUUGCCCAGGGGCUGGAGCAGUGGACUGUGGCUCCAUAGAGGUAGGCCGGAGGGUGUGAGGGCAGAUUCAAGCUAUCCCCAGGGCUCUGCUCUGGUCGGAGCCAGCCCCUUCUCCCUCUCUGCCUUCCCCGCCCCAUUCCUGAUGCUGAACUGUUCUGGACCCCUGGCCCUGAGUCUCUCAGGACCAAAGUGGGCACGGGAACAGCUGUAGUGUGUGCCCCCCCGGGCUUUGGCCACAGGUCUCCCUCUCGAGGUGUGGUUGUGACUGCGACCCUUCCCUUGCCGUGAUGCCUUCCUCCCCCGGGGCUUGGUCCAGCUCCUUCACUCUCUAGCAGCUGCUGGGGCCCACCUCCCAUGCCGAGGACCAGCAGGGGAAACCUCCAGGGAGCAUCUGCAGGCUCUGCUUCUGCCCGGCUGCUGGCUUGCUCUCCCUGGUGGCUCUCCAGCGGCCAGCUUCCUCACCCACCCGGCACUCCGCUUUGCUCUGUCUCCUGAGGUGGGCCUGACCAACCUCCCCUUCUCUGCCUCAGUCCCUGGGCUCCAGGGCUCAGCUCCACAGCCCUCUGCCUAGCAGGCUGGUUCUCCCUGCCAAGCCCAUACCUGUGGUCACCUGGCCCUCCUGUGGUCUGAGUACCACUCCCCUGCCCCAGGAGCCACUCCCACUCCAGCUGCCUGUUUCCAGCAGGUUCCCAGUGCCCCCGACAAGCCCCUGCUGGUGUCUCCAUCUCCUGCCAAGCAUCCUCCAGUGCCUCCUCCUGUGGGCCUGGCCUCAGGGCUAUGGACAGACUCCUGUCCCAUCCCAGAGACCCCUCGUGAUCGUGCCCUGGUGGGUGUUGCCCCCGCCUGCCUUUGCCUCCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-619.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -645.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 426.32
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((...((((...(((((((.(((...)))...)))))))...)...)))...))))..(((.((((((((((.......((....((.(((((((((..((((((.(((((((((((((....)))).........(((((((((((((((((.((....)).))))))...........)))))))))))(((((...))))).(((.(((((((((((....))))))..))))).))).......(((.((((...)))).))).(((((...(((.....((((((...........)))))).)))...)))))(((.((..((....))..))))).)))))))))..)))))))))).))))).))..)).......))))))).))).)))(((((((..(((((.((((((......))))))))...)).)..))))))).((.((((((((.((.(((.((...(((....))).(((.((((((.((((....(.((((((...........)))))))...)))).))))).)))).((..(((((((((((.....)))).......((((((....)))))).(((((..(((((....(((((((..(((((..(((...)))..)))))..)).(((.((((...(.((((.(((((((..(((((.(((((.((((((((((((((((((((...(((((....)))))(((..(((.((((((((.(((((.(((.....(((.((((((((((...)))))))..)))...)))....)))))))).).)))))))..))).....)))........)))))))))).))))))).((((((...))))))........(((((((((((((((((.((((...((((....))))..(((((((((((.........((((...(((.((.((.((((........)))).)).)))))..)))).....((((((((((((((..((.(........).))..)))))((((((((((.......((((...(((((((((..((.((((((((.....(((((((..((..((....))..)).))))))).)))))))).)).)))))(((((...(((.............)))...))))).))))...))))..)))))))))).......................((((((.((((((...((((((.........))))))..))))))..))))))........)))))))))..)))))))))))..((((..(((((.(((..((((...))))....))).)))))))))....)))).))))))((((((...))))))))))).))))))..(((((((....)))..))))...............))).))))).).))))))))))).))))).)))))))(((....((((((....))))))...)))..)))))..)))))..)))))....))))))).))))))).)).))))))))..)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{((,..(({....(((((((.(((...)))...)))))))...|.,.}|}...||}}..(((,((((((((((.......{(....{{.(((((((((,,(((({{.(((((((((,{{(||,|)}||,,....||||((,|{{({{{{{{{{|,{{,,,})),)))))),.,,,,,....,}|||||||}{(((((...)))))}{((.(((((((((((....)))))),.})))),|)}.......(((.((((...)))).))),|}}||}}}(({,...,|((({{|,|,,,....|))}}})})},,,.}|}}||(({.{{{{|.,,.}}}))),)).))))))))),,|)|||}})}}.))))).||..||....,,,})))))).))|.}}}{((((((,.(((((.((((((......)))))))),..}}.}..))))))).((.((((((((.((.(((,({..,(((....)))}(((.{(({{{.((({...,{.((((((..{.....,..)))))))...)))),)))}),))}),||,,|||{|||{{||,....))),,,,,,..{((({{....)))))).||{{(,,{{|{|,,..||{{|||,}{((((..{((...}})..)))}}..{{,(((.((((...{.((((.(((((((,.(((({,(((((.((((((((((((((((((((,,,,{({({{..|},,|{((..(((.((((((((.(((((.(((.....(((.((((((((((...)))))))..)))...)))....)))))))).},)))))))..))).},.})},....,...)))))))))).))))))).((((((...))))))......{.(((((((((({((((((.((((.{.((((....))))..(((((((((((.........((((.,.(((,((.((.((((........)))).)).)})))..)))).....((((((((({((((,.((.,.......}).)),,)}|||(({,,,,,||,,..,,.(((((({((({(((((..((.((((((((,,...(((((({..((..{{,,..}},,)).))}}))),)))))))).)).}}}))|||||,,.{{{.........,,..||},..}}}},.,}),..}}...}})}))))))}},|,......,},},......{||,|||...||||||...((((((.........)))))),,||}}})}}))))))}}}}}...)))))))))..)))))))))))..{(((..(((((.(((..((((...))))....))).)))))))))....)))).))))))((((({...})))))))))).)))))).,((({{((....))},,})))...............))),))))).).))))))))))).))))).)))))))))),,,,((((((....))))))....,)}})}}),..}}}})..})})}...,|||||}}.,,}}))),)).))))))))..)}.
Back