Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-DLK1-35:87
Sequence Length
4351 nt
GC Content
0.5399
AGUCAGGAGUCGCUGCCUGGGUUCGAGUCCUAGUUAAAUUACUUAGUGCUGAGACCUUGGGGUAGGUAAACUUUUCCAAGCCAGGUUUAUCUCAGUUUCAAAAUAGGGUUAAUCGUCUUUAUCUGGCAGGUCAGGUGGGAUGUCUCACAGGUAAGCACCAGAUGCCAUUUGAAAGGCUUGAAGCAAAGUCAAUAAAGCAUUCAUGGGAAAAUACAACUGGAGGCACCACUAGAUUUUCGUAUACAUUAGGUUCCCACGGGGAGGACCGAAGAGAGAAGAAAGAAGUGGAAAGGGAGGAGCGUGCAGGAGAGACAGGAGAAGAGAAUAACUAAACAAAGACAUUAAAGACAAAAAAAAAGUAGGAAAGGGAGACUUAGAAAAUAUUAAAAGCCACCAAAAACACAUCCAAAGACGGUUUCCCCUUACGUUAGUUGGGCUAAAAGAAAGCAAAUGGGAAGAAGGUUUUAAAUUGAUUAUCCCAGUGACAAAUCCCAGGAAGCUUUCACAUCAAAUCACCCUAUUCUGGGUUUUUAACUCCUUCCAUCGAGUUUAACCUCUUUACCUCCCACAUCCUGGUAAACCCUGCCCCCUCCCUACCGCCCCCUUUGCUGGUGAUUAAAUCCUGAAGGUACACGAAGUAUUUCAGUGAAUGAAUGGCUAACAGAAAAGGGCCUCCCCUCCCCCUUACCCUGGCGGUGUUUUUCAGUUUUAUUCCACUUUCCGCCCUUUUCCCUUAAUGAACACAGGGCUAAUCUCGGGCCUUGUCGAAGGAAGAGGCUGCAGACGUUAAUGAGGUUAGCUGCUGGAUUCCAGUAUUCGUCGCAUAAGGAUCCUUCUUUGUCUGCGAAGGAAAAACACACUGAUUAUCAUAAUGAGGUGAACUGGCCACCGCCGGGCCGGGGCGAUGUGGCUUCUUAAGCCACACUUCUAAUUUUGGUGAUGGAGCCGACAUUUCUUUGGCUUCUCAUUUAAGUCUUUGCCUCUGUCCCAGUGCGAAGUCCAUUCAGCGGGGUUGAAAGUUGCAGGCAGCUUUGGGAAGGGGGGCGUCGGACAGGGUUGCAUUGUAGAAAGUGGCUUUGUUCGAUCCUUCGCACAGAUGCAAAUGGCCAGAGCAUUCAUUCCCUUUCUUCAAGAGCUGAGGACUGGGGGGGCCACUGGUGAUCAGUUCCCAACUCUAGCUCUCCUCUGACUCAUCUCAGGACCCAUUGAGGACAUCCAAAACUCACUCAAGAUCACCAAGUGGUAGGAAAGUACUAACUCCUGGGCAUAGCCCUAGGGGAGUGACUACAAUGUGAAUACUCAUGGAAUGCCUAGCCAGGUGAAGAAGUGAAUGCAUGUUGGCAUCCCAGAGGGACCCCCCUUAAGAGGGCAUAGUUUGGGGUUCAGAUUUGACUCCAGCAUACUGUUGAAAUUGGGCACAGGGGGCUAGUGAUUAGUCAGGAUCAAUCAGUGGAGAGGAGAUUAAAACUCACAUCUGGGAGUCCGGAAUCAGAACUUGUAGUUCUUUUUUUUGAAAUGGAGUCUCGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGUGAUCUCGGCUCACUGCAACCUCUGCCUUCCGGGUUCAAGCAAUUCUCCCACCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGCGCCCACCACCACAGCCGGCUACUUUUUGUAUUUUUAGGAGAGACGGGGUUUCACCAUGUUGGUCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACCUCAUGAUCCACCUGCCUUAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCAUGCCCAGCCCUAUAGUAGUUCUUCUUUUGCCCCUUAAUAUCUUCACCCACAUGUCCUGUACCCUGCCUGAACCCUCCUCCUCUUUUUGUUCUGAUCUUUGAGCUCCCUAGAGCCCAUAAUUCUUUAGAGCAGGUAUGUCCCGAGUCUGAAACAUGCCCUUAUUUGUCCCAAGCUCUGGACAUUUCUCACCCCAAGGCGGAUCAAUCAUGAUUAAAUCACUCCAAUUAAACUUUAGGCUCCAGUCAGACCUUCAGCCAAAUGGAAAAAAAAACUAGGGGAUAAGGGAGGUAGUUGGAGCAAGAAAAUGUUAUUAGUUGAAACCUUACGGGACCUUCCUCCCUUAGUGAGUCUGUUGGCUAAAGGUUCUCUGGCUUCGUGAAUUAGAAUCGGAUACUGUUUCCAAGUUAGCAAAACCAACUCUACCCCAGCACCCCACGAGGAAGAAUGUGGAAGGAUCUCCCAUUGGCCGGUUGGGGCAAAAGCCUGAGGCAAUCUUUCAUCCCCUUUUGCCAAGGCGAGACUUUCCCAGUGACGGUGAUGUAGUUGGCCACUCUGACUAUGGGUGGACUCGGGUGUAGACCUCUGAAGCUGAGAUCACACGAAAACCUGGCCUCCCCGCCAUGUAGCUGUUGGAGAGUAGAAAAAUAGAGCACGCCUGAUGUUUCUAAAUGAGAAGACUUUCAAUAGUAAUGAAGAAUCCAUGGCACUCUCCUCACCCUCAAACACAUGGCAGUCAUUCACAUACAGGCCCCAAAGCCACUGUUAGUGCUGCAGUAGCUCCUGUGGACAUUGGAAAGCCCGGAGAGGGCGUGGAAGAAAUCAGCUGGCCCCCGGCAGGUUCUCUGGGGUUUUGUGCCCAAGGCUCCUGGAGCCCUAAAAACUUUCAAAAGUUAACUCCCCACGUCCCCAUCCUGCUUGGGUUUCUGGACUUUUCUGAGGCACCGGCAGAGGGGUCUCGUUGCUCCCUUGAGUGUAGGGGCAGCCCUUUAACCUGGCUCCUUGAGUCCCUGCUUUUUCUGCUUCUGUUGCCUUCUUCCUCGUCUUCCUCUCUCUCAAUAUCUCCCUCUCUUUGUCCCUCCCCAGUUCCUGACCUGGCCAUCCCGGGGUGCCCUUGACCAGCCCCGUGUCUCCUCAGGGUGUCCCAGCACCAGCCUGGCACAGAGUGGGGCUCAGUUAGAGUAUGUGGGAUGUUGGUUUCGCCAGGUGAGUGAAUGAAAGGACUCGACCACCACAGCUGAGCCACUAGCUGGGCCAUGCGAAGAGUUCUAGGUGCAAAGGCUGGAGGGUGGAAUUCAUUUUUGAGAGGUGUGUGAGCAGCUUCCGACCCCUGCCCCAUUUGAACGGGGGCCUUGCUGGUCGCGUCCCUGCAUUCACCCGCGCGGCCAUCCCGUCAUCCAACAGUUGAUCCUAACUGAGCACGCCCACGGCCCUGGUCUGGCCUGGGCACCGGCCACCGUAGCCCAUCCCUUGAUGGCCUCUGUGUCCCCAGGAGGGCGGGCCGGGGGGUUGCCCAGGGGCUGGAGCAGUGGACUGUGGCUCCAUAGAGGUAGGCCGGAGGGUGUGAGGGCAGAUUCAAGCUAUCCCCAGGGCUCUGCUCUGGUCGGAGCCAGCCCCUUCUCCCUCUCUGCCUUCCCCGCCCCAUUCCUGAUGCUGAACUGUUCUGGACCCCUGGCCCUGAGUCUCUCAGGACCAAAGUGGGCACGGGAACAGCUGUAGUGUGUGCCCCCCCGGGCUUUGGCCACAGGUCUCCCUCUCGAGGUGUGGUUGUGACUGCGACCCUUCCCUUGCCGUGAUGCCUUCCUCCCCCGGGGCUUGGUCCAGCUCCUUCACUCUCUAGCAGCUGCUGGGGCCCACCUCCCAUGCCGAGGACCAGCAGGGGAAACCUCCAGGGAGCAUCUGCAGGCUCUGCUUCUGCCCGGCUGCUGGCUUGCUCUCCCUGGUGGCUCUCCAGCGGCCAGCUUCCUCACCCACCCGGCACUCCGCUUUGCUCUGUCUCCUGAGGUGGGCCUGACCAACCUCCCCUUCUCUGCCUCAGUCCCUGGGCUCCAGGGCUCAGCUCCACAGCCCUCUGCCUAGCAGGCUGGUUCUCCCUGCCAAGCCCAUACCUGUGGUCACCUGGCCCUCCUGUGGUCUGAGUACCACUCCCCUGCCCCAGGAGCCACUCCCACUCCAGCUGCCUGUUUCCAGCAGGUUCCCAGUGCCCCCGACAAGCCCCUGCUGGUGUCUCCAUCUCCUGCCAAGCAUCCUCCAGUGCCUCCUCCUGUGGGCCUGGCCUCAGGGCUAUGGACAGACUCCUGUCCCAUCCCAGAGACCCCUCGUGAUCGUGCCCUGGCACGUGGGCCGUGGCCCGGCUGGGUCGGCUGAAGAACUGCGGAUGGAAGCUGCGGAAGAGGCCCUGAUGGGGCCCACCAUCCCGGACCCAAGUCUUCUUCCUGGCGGGCCUCUCGUCUCCUUCCUGGUUUGGGCGGAAGCCAUCACCUGGAUGCCUACGUGGGAAGGGACCUCGAAUGUGGGACCCCAGCCCCUCUCCAGCUCGAAAUCGGCAGACUAGGAUGGAAGUGCCCUGUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1573.02 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1650.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 865.6
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.(((((..(.(((((((((((..(((.((((.............)))).))).((((((.((.....)).))))))(((((((((((((((((((((....(((.((((((((..(((((((.(.((...(((((((((((((.((((((....((((((((...((((...(((...)))....))))....)))))..))).....)))..)))))))))(((((...(((((..........(((((((....)).)))))..........))))).)))))(((((((((((.((.((((((.((((((((((((....................................(((((...((((((((.......................................)))))))))))))(((((..((((.((((((((((...(((((....(((((...((((.......))))...)))))((((.(.((.(((((.((...(((((.......(((((...(((((........))))).))))).((((((...........))))))....((((((((((....((((..((((.((((.(((...((((((((.(((.....))))))))).))...))).)))).))))...))))..((((((((((....((((((((((....((((((.........((((((((((.(((.......)))...)))))...(((..((((((.((....)).))))))..))).((((((...))))))((((((...))))))(((((.(.(((((((....)))))))).))))))))))..(((.((.((((...)))).))))))))))).))))))))))..)))).))((((((((...))))))))......((((.(((((.((((((((.......))))))))))))).))))((((((..(((...))).))))))..........))))...(((((((....)))))))))))..))))))(((((((((((((((.((....)).))))))))))))))).....(((....)))...((((.((.((((((.((((((.((((((.....))))))..))))))(((((((((((((((((...)))).......((((..((....))..))))....(((((...............)))))))))))).))))))......(((...((((((((((...))))...))))))...)))...((((....)))).)))))))).))))))))).)).))))).)).).))))..)))))(((((....)))))...(((((((((((((((((.((....)))))))))...)))))......((((((((((((((((((((((......)))))....((((.((((((.......)))......((((.(((((((..((((((...))))))..)))......)))).))))(((.((..((((((((.(((((((((((((.........)).)))))))..))))))))...)))).)))))....))))))))).)))))))))(((((((((.......((......)).......)))))))))((((.((....)).))))...((((((.(((((((..(((((((..(((.....)))))))))).))))........((((.....(((((......)))))....))))))))))).)).)))))))))))......))).))))))))))).))))).))))).........)))))).).)).)))).)).))))))).))))(((((((((....((.((((....)))).)).......)))))))))..((((((.((((.((..(((..........)))..)).)))).)))))).)))))))))..).))))).))..)))))))).....(((.(((....((((.(..((((...((((((.((((((.((((.......(((((((((...(((((((.((.((..(((..((......))..)))...))..))...))))))))))))))))...)))))))))).))))))..))))...).))))....))).)))...((((........))))........((((((((((..(((((..((..(((.((.((((((.((((((.(((((.....((((..((((((...)))....)))...))))....))))))).)))))))))))).....(((.(......).)))..)))..)).)))).)..)).))).)))))))).)))))))))))).......)))))))))........(((...(((((((.(((((.......(((((.(((.....)))))))).........)))))))))))).)))..))))))).))))).))))).)).......((((.(((.....(((((((((.(((.((((.(((((.((((.((...)).))))....)))).).))))...))).((((((((((.(((((((..((((.(((....((((((..(((.(((((((((....))))))))).((((((.....(((((....)))))..........(.((((...(((((.(((((((.(((....)))))))).))))))).)))).)..(((((.((((.......)))))))))..........))))))..)))..))))))......)))...))))..))))))).)))))).))))(((((((..(((((((((((((((.(((.....((((((.((((((((((((((..((((.((.(((.(((((((..(((..(((((((((....))))...)))))...))).)))))))..))))).)))).)))))))........))))))).)).))))...(((((((..(((((.((((((......))))))))...)).)..)))))))))).))))))...)))))).)))........))))))))))))))))..(((((((.((.(((((...(((((.(.((((....(((((..(.(((((.((((((..((((((..((((((.((.......((((((((((......(((.((.(((((((((..((...(((.((((((.((.(((.(((((((......(((.((((...(.((((.(((((((..(((((.(((((.((((((((((((((((((((...(((((....)))))(((..(((.((((((((.(((((.(((.....(((.((((((((((...)))))))..)))...)))....)))))))).).)))))))..))).....)))........)))))))))).))))))).((((((...))))))........(((((((((((((((((.((((...((((....))))..(((((((((((.........((((...(((.((.((.((((........)))).)).)))))..)))).....((((((((((((((..((.(........).))..)))))((((((((((.......((((...(((((((((..((.((((((((.....(((((((..((..((....))..)).))))))).)))))))).)).)))))(((((...(((.............)))...))))).))))...))))..)))))))))).......................((((((.((((((...((((((.........))))))..))))))..))))))........)))))))))..)))))))))))..((((..(((((.(((..((((...))))....))).)))))))))....)))).))))))((((((...))))))))))).))))))..(((((((....)))..))))...............))).))))).).))))))))))).))))).))))))))))))))((((((....)))))).......(((....)))))).)))))))).)))))..)))))))))..))))))))))))))).......))))))))..)).))))..((((((((((.(((((((.(((....((((....))))......))).))))))))).......(((.(((...(((....)))...))).)))..(((....))).)))).)))))))))))))))))))))....)))).).)))))...)))))....)).)))))))))).))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((.(((((..,.(((((((((((.,(({,((((......,,,,},.)))}.))),{(((((.((,....}}.,}}}},(((((((((((((((((((((.....(({((((((((..(((((((.(.{(...(((((((((((((.((((((....((((((((...((((...(((...}))....))))....))))),.))).....)))..)))))))))(((((...(((((.......,..(((((((....)).)))))..,.......))))).))))){((((((((((.((.((((((.{(((((((((((,,,,.{{{,...........................(((((...((((((((.......................................))))))))))))).,,.{,,((((.{{{{((((((...(((((.,,,{(((,...,{{(.,.....}}}}}},.,,))}}}.,,.))))))......,,..((((......))))..,,.((((((......(((((({{.,(((,,.((({((((((((((((((.(.((((((((({((....((((,.((((.((((.(((...((((((({{(((.....))))))))).))...))).)))).)))}...))|}...(({((((((....((((((((((....((((((.........,,{{,((((((((({,{,..,|,..,(((((((.......}})))))}|,,,))))))))},||.||,{(({{{,,.)))}))((((((...)))))){((,({({(((((((....))))))},,)))),)))),..(((.((.((((...)))).))))))))))).))))))))))..)))).|,((((((((...))))))))...,....,,,{(,((,({{((((({{{....||,|||||||||{......{((((.{((({(((||,{{|||,.,..|||{||,,,)}},||{{{{{....))))}))}))},||||||,(((((((((((((((.((....}).))))))))))))))),}}||,||}}}}.))},,{(((.((.((((((.,(((({.((((((.....))))))..))))),(((((((((((((((({...,}},.......{{{(,,((....,},,)))}....{((((,,..........}}.))))}))))))),,))))).....,((({{..(((((((((...)))).}))))))),,}).,..,((((....)))).)))))))).))))}))),,)}))).)).},})})))))}))}},{((((....)))))..}}))),((((((((((({{({....}))))))))...))))).,.....)))...))))))).)).).))).)))))))......)))),))))))},},))))))......)))))).,((((..((((((...))))))..}))}}}....((((..,.(((.((..((((((((.(((((((((((((..,....,,)).)))))))..))))))))...)))).)))))....)))).{((((..((((((((((((((((.......((......)).......))))))))),..........}))))).)..))))).....((((..(((((((..({{.....,),))))))).))))........||||,,},.|||||.,{.{{{(((......(((....))).....,)))))).}}.,.,,.))).))))))}}}}}..,,...}}}}}.........)))))).).)).)))).)).))))))).)))}{((((((((....((.((((....)))).)).......))))))))}..((((((.((((.((..(((..........)))..)).)))).)))))).)))))))})..).))))).))..)))))))}.,,..{{{.{{{....{(((.(..({((,,,((((((.(((((({((((.......(((((((({..,(((((((..,.{{{(((,.....,,,,.,,..}},...||}..,,,.))))))))))))))))...)))))))))).)))))}.,)))),,,}.}}}}...,)}}.}}}...{{{{,,...,,,}},,...{,,,,(((((((({{{{(((({..{{..{{,.((.((((((.((((((.(((((.,,..((((..{({(((...)))....)))...))))..,.))))))).)))))))))))},,,..||{,,.,.,,,),)||,,|))..)).}))),),.)}.))),}))))}}}.)))))))))))).......))))))))),,,,,,,.{{{...(((((({{(((((.......(((((,({....,.})))))))..,......)))))))))))).}}}..))))))).))))}.))))).)).......((((.(((.....,((((((((.(((.((((.(((((.,..,,,(({,,,.))))..,.)))).).))))...))).((((((((((.(((((((..((((.(((....((((((..(((.((((({{{{..,,))))||||}.((((((.....(((((....)))))..........(.((((.,.(((({,(((((((.(((....)),))))).))))))),)))).)..(((((.((((.......)))))))))..........))))))..)))..))))))......)))...))))..))))))).))))))}})))(((((((..(({((((((((((((.(((...,.{(((((.((((((((((((((..((((.({{(((.(((((((..(((..{((((((((....)))))..,))))...))).)))))))..))))).)))).)))))))........))))))).)).)))),..(((((((..(((((.((((((......))))))))...)).)..)))))))))).))))))...)))))).))}........)))))))))))))))}..{((((((.((.(((((...(((((.{,((((....(((((..(.(((((.((((((..((((((..(((((({((..,....((((((((((......(((.((.(((((((((..((...(((.((((({,((.(((,(((((((......(((.((((...(.((((.(((((((,.(((({,(((((.((((((((((((((((((((,,,,{({({{..|},,|{((..(((.((((((((.(((((.(((.....(((.((((((((((...)))))))..)))...)))....)))))))).},)))))))..))).},.})},....,...)))))))))).))))))).((((((...))))))......{.(((((((((({((((((.((((.{.((((....))))..(((((((((((.........((((.,.(((,((.((.((((........)))).)).)})))..)))).....((((((((({((((,.((.,.......}).)),,)}|||(({,,,,,||,,..,,.(((((({((({(((((..((.((((((((,,...(((((({..((..{{,,..}},,)).))}}))),)))))))).)).}}}))|||||,,.{{{.........,,..||},..}}}},.,}),..}}...}})}))))))}},|,......,},},......{||,|||...||||||...((((((.........)))))),,||}}})}}))))))}}}}}...)))))))))..)))))))))))..{(((..(((((.(((..((((...))))....))).)))))))))....)))).))))))((((({...})))))))))).)))))).,((({{((....))},,})))...............))),))))).).))))))))))).))))}.))))))))))))))((((((....)))))).......(((....)))))).)))))))).)))))..)))))))))..)))))))))))))))..}....))))))))..)).)))).,((((((({(({((({{((.{{{....((({....}}}}......})).)))))))},|||.{{{(((,(({..,(((....}}|...}}},))},}||},...)))})))),)}}})))))))))))))))))....)))).}.)))))...)))))....)).)))))))))).))))
Back