Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-DLK1-35:89

Sequence Length

635 nt

GC Content

0.4614

GCGUGCAGGAGAGACAGGAGAAGAGAAUAACUAAACAAAGACAUUAAAGACAAAAAAAAAGUAGGAAAGGGAGACUUAGAAAAUAUUAAAAGCCACCAAAAACACAUCCAAAGACGGUUUCCCCUUACGUUAGUUGGGCUAAAAGAAAGCAAAUGGGAAGAAGGUUUUAAAUUGAUUAUCCCAGUGACAAAUCCCAGGAAGCUUUCACAUCAAAUCACCCUAUUCUGGGUUUUUAACUCCUUCCAUCGAGUUUAACCUCUUUACCUCCCACAUCCUGGUAAACCCUGCCCCCUCCCUACCGCCCCCUUUGCUGGUGAUUAAAUCCUGAAGGUACACGAAGUAUUUCAGUGAAUGAAUGGCUAACAGAAAAGGGCCUCCCCUCCCCCUUACCCUGGCGGUGUUUUUCAGUUUUAUUCCACUUUCCGCCCUUUUCCCUUAAUGAACACAGGGCUAAUCUCGGGCCUUGUCGAAGGAAGAGGCUGCAGACGUUAAUGAGGUUAGCUGCUGGAUUCCAGUAUUCGUCGCAUAAGGAUCCUUCUUUGUCUGCGAAGGAAAAACACACUGAUUAUCAUAAUGAGGCACGUGGGCCGUGGCCCGGCUGGGUCGGCUGAAGAACUGCGGAUGGAAGCUGCGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-163.82 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -175.19

Frequency: 0.0000

Diversity: 160.84

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((((.....(((.((((((...................................(((((...((((((((.......................................))))))))))))).(((((...)))))..((((((...(((((.....(((....((((.......)))))))...)))))....))))))..........((((......))))....(((((........)))))....)))))).)))......))))).......((((..(.(((.(.((((....((((.((((.(((...((((((((.(((.....))))))))).))...))).)))).))))..((((....)))).((((.......)).)).(((((((((((..............((((.....(((((((((...((((((((((((((((((((.((....)).))))))...........)))))))))))(((((...))))).(((.(((((((((((....))))))..))))).)))........)))....))))..))))).....))))...(((((....)))))))))))))))).))))).))).)..)))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

{(((((,(((({(...(((((,{{({,{{,.......,{{,,..................(((((...(((((,{{.,............,,,...................,..))))},|||,,||.,,.|}.}}},.....((((((...(((((.....(((....((((.......)))))))...)))))....))))))..........((((......))))..|,(((((........))))).,..,}}|||,{|,......,,,,)}}},...,}}},,,,|,|,}||{((({..((((.((((.(((...((((((({{(((.....))))))))).))...))).)))).)))}.,||||,.....,..,,,|.......))}))}||||||{,||},,,}}}...}}}}}{{{{||||}{{{{,,{({...((({((((((((((((((((.((....)).))))))...........))))))))))|(((((...))))),(((.(((((((((((....)))))),.})))).,)),.......||},{,,}}}),,)})))}}}}},|||{{.{((((....))))))))),,,,,,|{((((.......)))))).