Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-ERICH1-13:1
Sequence Length
1807 nt
GC Content
0.4200
UUGAAUUGAUCCCUUUACCAUUAUGUAAUGGCCUUCUUUGUCUCUUUUGAUCUUUGUUGGUUUAAAGUCUGUUUUAUCAGAGACUAGGAUUGCAACCCCUGCCUUUUUUUGUUUUCCAUUUGCUUGGUAGAUCUUCCUCCAUCCUUUUAUUUUGAGCCUAUGUGUGUCUCUGCACGUGAGAUGGGUUUCCUGAAUACAGCACACUGAUGGGUCUUGACUCUUUAUCCAACUUGCCAGUCUGUGUCUUUUAAUUGGAGCAUUUAGUCCAUUUACAUUUAAAGUUAAUAUUAUGUGUGAAUUUGAUCCUGUCAUUAUGUUGUUAGCUGGUGAUUUUGCUCGUUAGUUGAUGCAGUUUCUUCCUAGUCUCGAUGGUCUUUACAUUUUGGCAUGAUUUUGCAGCAGCUGGUACCGGUCGUUCCUUUCCAUGUUUAGCGCUUCCUUCAGGAGCUCUUUUAGGGCAGGCCUGGUGGUGACAAAAUCUCUCAGCAUUUGCUUGUCUGUAAAGUAUUUUAUUUCUCCUUCACUUAUGAAGCUUAGUUUGGCUGGAUAUGAAAUUCUGGGUUGAAAAUUCUUUUCUUCAAGAAUGUUGAAUAUUGGCCCCCACUCUCUUCUGGCUUGUAGGGUUUCUGCCGAGAGAUCCGCUGUUAGUCUGAUGGGCUUCCCUUUGAGGGUAACCCGACCUUUCUCUCUGGCUGCCCUUAACAUUUUUUCCUUCAUUUCCAUUUUGGUGAAUCUGACAAUUAUGUGUCUUGGAGUUGCUCUUCUCGAGGAGUAUCUUUGUGGCGUUCUCUGUAUUUCCUGAAUCUGAAUGUUGGCCUGCCUUGCUAGAUUGGGGAAGUUCUCCUGGAUAAUAUCCUGUAGAGUGUUUUCCAACUUGGUUCCAUUCGCCCCAUCACUUUCAGGUACACCAAUCAGACGUAGAUUUGGUCUUUUCACAUAGUCCCAUAUUUCUUGGAGGCUUUGCUCAUUUCUUUUUAUUCUUUUUUCUCUAACCUUCCCUUCUCGCUUCAUUUCAUUCAUUUCAUCUUCCACUGCUGAUACCCUUUCUUCCAGUUGAUCGCAUCGGCUCCUGAGGCUUCUGCAUUCUUCACGUAGUUCUCGAGCCUUGGUUUUCAGCUCCAUCAGCUCCUUUAAGCACUUCUCUGUAUUGGUUAUUCUAGUUAUACAUUCUUCUAAAUUUUUUUCAAAGUUUUCCACUUCUUUGCCUUUGGUUUGAAUGUCCUCCCGUAGCUCAGAGUAAUUUGAUCGUCUGAAGCCUUCUUCUCUCAGCUCGUCAAAGUCAUGUGCUAGCAAUCAGCGAGAUUCCGUGGGCGUAGGACCCUCCGAGCCAGGUGUGGGAUAUAGUCUCGUGGUGCGCCGUUUUUUAAGCCGGUCUGAAAAGCGCAAUAUUCGGGUGGGAGUGACCCGAUUUUCCAGGUGCGUUAGAUGAAAAAUCUGCUCUUGCUAUAAAACUGUGUCUCUGUAAAUCUUUAGAGAUUAAAGAAUAUAAGUCAGAUUUUAAAGAAUGAUGGAUAAUUUUUAUAUAAACAUAUGUAUAUGAAAACAAUACAAUAAUAUAAUGUUACAUAUGCAACUAAUUUAUGUUAUUUAAUAUUAUAUGUAGUACAGCCACUUUGACUGGGCGGGCGUGUGCUGGGGCACCUUGCUCUGCACCCAUCGCAGCUGUUUGUGUGUCUGGGCCCAACAAGGGCCAUGGUGGAUAAGGGAUAAAUGAGACUGGAUACUCACUGCCCCAGCUCCCAGCAGAAUCGUGUGGCAGGAGGCAUGAAGCUAGAUCCUGGAAAAUGUGCUCGGAUUUCCAAGGCCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-472.9 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -508.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 571.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.................(((..((((((.((((.((.......((((.((((......)))).))))............(((((((((((((((....(((((......................))))).................(((((.((((((((.(((((....))))...).))))))))...)))))(((((...(((((((((..((((.....(((((.(((..((.......))..))))))))......)))).((((((((.(((........))).))))))))..))))).))))...)))))(((((((((((......)))))))))))))))).....)))))))))))).)))).))))))..)))(((((((((((...((((((....(((.((.....((((.((((...(((((.....))))).((((..((((((((..((((.(((.........))).)))).))))))))..))))...(((((((((..((((((......(((((((((((((((((((...(((((..(..(((((...)))))..).))))).....)))))(((((....((....(((((..((.((((((((....)))))))))).)))))...)).))))).....(((((((((.((.((........)).)).))))))))).......(((.((((((....((((..(((((((((........(((..((((.(((((((....))))))).))))..))).......(((...((((((..(((.((..(((.......(((((.((((((((.((((.(.((((...)))).).))))..)))))))).))))).......))).)))))..)))))))))(((((((.......)).))))).......((.(((((((.......))).)))).))............((((((((..(((((((...................................((.((((..((.......))...)))).)).(((((((((((..((((.((((((...((.((((....((((((((..(((.........)))...)))).....(((((....((......((((((((((((((((((((....(((((.....(((((..........))))).....)))))))))))......)))))).))))))))((((.((.((((............))))..))))))))....))))).((.....))))))...)))))).)))))).)))).))))).))))))(((((((((...((((((((((((((((((........)))))))).......((((((.......)))))).......)))))..(((((.....))))).....)))))...)))))))))..........)))))))..))))))))...))))))))))))))))))).)))...((((((((((........))))))))))...(((....(((((((((((.(((.(((.........)))))).)))))))))))...)))))))))....)))))))).(((.((((.(((((((........))).)))).))))))).............(((((.....)))))..))))))..)))))))))..)))))))).....)).)))))))))....))))))))))).(((.((((((.....))).(((((.((........)).))))))))...))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..............,,,{,,....||||.(((({(,...{{{,(({{.(({(,.....}}}},)))),{,{......})}||||,{(((,,(((....{{{{{.......{,...,||......,))}}}.......,|||,.....,,,,,.{((((((({((({,....))))},,,.)))))))},,.},,,|{(({(,{.{({{(((({,.({,,.....{{{||.{||,|||,}..,},},...|||||||,,,...,,}}|{(((((((.(((........))).)))))))}..||||}.|}}},|,}}|}}}|,{|{{|{(((((((((.{..{((((..(((({....||{|{(((((|,.,|{{{{|,|||..,|(((,,,,,,|||.((({((((.,{{((((((((((.(((((({{..((((((,.,,{{||||,.((((..((((((((..((((.(((.........))).)))).))))))))..))))...,,,,,..,,.{{(({....}}}||{{..,...||||||}|||}}}||,(({{,{{(((((,,,||,}}..|,))))}.,,,}},.,|((({(((({,,...,((((({{(,{(((((((({{.,|||||||||,.|||||{{{||{|||...,},.{((((((((.((.((........)).)).))))))))}.,...,.{(,,(((((,....,,,}},|||{,{|{{,...,,,|(((.,((((.(((((({....})))))).)))),.))),.....{(((...((((((..(({,((..(((.......(((((.((((((((.((((.{.((((...)))).}.))))..)))))))).))))).......))).)))))..)))))))))|||{|||}}}}..,}}..,)))}},,,..((.(((((((.......))).)))).))............,,,,,,,,..,,,,,{,,,......,{{{{{,....................,..,,,({{((,.......,...,|||{||..(({,,(((((..((((.,,((((......,,,|}}}.||||||||}.,{|}..}}}}}},,),}}))},.....(((((....{,.....,((((((((((((((((((((..,,(((,,.....(((((..........)))))..,,,)),,,))))))......)))))).)))))))){(((,{{.(((({{.......,,.))))..}))))}}}....))))).|,....}))))))...,}}))).))))))}))),})))))})),}}|((((,,,||,},||||,|,||||,{|||||}.,,,,,}))))))))}},,,,.,{|||{,},,,},)))}),....,}})}))),.,{{{(.....))))}}.|,,|}|||...,||}}||||{{{.......,)))))),.}}))}}))|,,)}))))))),..,}}}))),}}}...{(((((((((........)))))))))}...{({.,,.(((((((((((,(((.{{{.......,,)))})}.)))))))))))}},}}}||||||{...|||.}}|||||}|.(((|,((((({...,))}))))})}},,||)|}},}}},}}}}},|,,(((((.....)))))..})))}},}))))))...}))))))))}.....)))))..)))))..,}))))))))),,}))}}}|||||}},}.)),,}}))}})}}...,}}}}},}}}),.,,}))))).
Back