Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-ERICH1-19:11
Sequence Length
4753 nt
GC Content
0.4694
ACCUGCUGUCCUUGACAGCAGCUCCGACGGCACCUCUGUGGCUCUGCAGGAGCCGCCUCCCCGCCUCGUGGGCACACAGAAUCGACAUCUAGAGGAGUACUCACCACUUAAUUGAUGAUCAAUACACGUUCCUUGAAAGAACCGAUAGCAUGCGAUCGAUACAGAGCAUCUGCACUGGGAUUGUCCGCCCCGCCUGUCAGGGAGGCCUCGGGGGCUAAUGGAGCUGAGGGUAUAGUCGGCCUUGGACCCUCGCUUUUUUCCUUUCCUGUACUAUGAAGAUAACUGCCUUAUCUCCCCCUCAGGACUGUUUUGGGGAUUAAAUAGGACGUUUAAAUUACCAACGCUCUUUGAAAUAAACAUUUCAAAAUUAUUAUAACCCUUUAGUACAUGUGGGAAAACGUUGACAUUCAUGUUCAAGUUUAUUUUUCUGCUGGCUCAUUUAGGUUUGUUGAAGCCUUGAGUCCCUAGGAUUGUCUAAGAACAUGGGUAAAUGUGUGUGGAGGCCUCCCUGGAGGCCAGAGAACUGCCAGCAGCCUUCAUGAUGUUAGGGGAACAGGAACCUAGGAGAGCCAGGGUGACAUCGUUUUAAAAUCAACAACCCAUCUUGGCGGGCGCGGUGGCUCAAGCCUGUAAUCCCAGCAGUUUGGGAGAAAAAAAUUAGCCGGGUGUGGUGGUGGGCACCUGUAAUCUCAGCUACUCAGGAGGCUGAAGCAGAAUUGCUUGAACCCAGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUCACGCCAUGGCACUCUAGCCUGGGCAACAAGAAUGAAACUCUGUCUCAAAAAAAUAAAAAUAAAAUAAAAUAAACUCCAUCUUAAAACCAGUGAAACCACCAUUGCAAAAUUAUAACUGAGACAGUGAGAGAUCUGACCUAACCAACUCCAUCCUACUUUUAACCUCCAAACUGUCCUUGUUCAUUCCUGGGUGUAGGCCAAACUAACUUUGGAAGAAACUUAGUUUAUGGUUUCCCGAAACAAAUCCUUUUCUUGUCUGGAGACUAGACUGCCUUUGUAGGACUAACAAAUUAGCCACAAGAUUAGAAAUUAUGGUUUAGAAUUCAUGCAGCUGGAGAUUACAAGAUUCUGACCCUCCCUAAAUUGCUCCUGGGGAUAACAUCACUAUUGAAAAACCUAACAACAGUGCUUGAGAUAUUUUGCAGACCUUGCACUUGCUGAAUUAGCUGGGACCAUCCAGAUGGAUAAACUGGCUCAUCUGAUCUUGUGGCCCGCACUCAGCAACCGGCUCAGGCCAAGAGGACAGCUUUGAUCCAUACGAUUUCAUCUCUGAUCUGACCCCUCAGUGCUCCCAGCUUACUGGCCCCCUACCUACCAAAUUAUCCUUAAAAACUCUGAACUCCAGGGCUGGGCACGGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGGACUCUGGGAGGCCGAGGCAGGCGGAUCACUUGAGGUCAGAAGUUCAAGACCAGCCUGGCCAACAUGGCAAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCAGGCGUGGUGGUGCACGCCUGUAAUGCCAACUACUUGGGAGCCUGAGGCAGGAGAAUUGCUUGAACCCUGAAGGCGGAGGUUGCAGUGUGCUGAAAUCGCACCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGCAAGACUCCAUCUCAAAAACAACAGCAAAAACUCUGAACUCCGAAUUCUUGGGGAAAUUGAUUUGAGUAAUAAUAAAACUCUGGUCUCCCGCACAGCCAGCUCUGUGUGGAUUAUUCUUUCUCUAUGCAGUUCACCUGUUUGGAUAAAUCAGCUCUGUGUAGGCAACAUGAACCUGAUUGGCAGUUACAGUAGCCUGUAAUCCCAGCUACGUGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUUGCCUGAACCUGGGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUCAUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGCAAGACUCCAUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAUGGCUAUAGUCAUGCUUAGAUGUAGUUACGCACUGAAAUGCCAAGGAUAACGUUAUUUACAUCCACCAAGUACUAGAUCUUGUCACACUGCCAGCCCACCUGCACUUACACGUAGCUUGGCUUUUACAUUGAUACAAGAUGCCUUUGAAACAAAGAUGGCACAUUCUUCUUCCUGCUUUCCGCGGGCUCCCCACUCUGUAUCAGAGCAGCUGUCUCUCACUGCACUCUGCGACUGCCUUGAGUUCCUCCCUGCGCAAGAUCCGAGAACUCUCUCUUAGGGUCUGGACUGGACCCCUUUCUCCAUCAGCACUGGGUUCCUUAGAUUCCUACUAACAGCAUGCUGAGGCCUGUCUUAACAAAGAAUGAAGUGAGGCUUAGAAAGAUGGAACCAUAACUUGCUCAGUCACGUGGCUAGUAAGCUCUUCAGCUUGAAUUUAAACAUUCCAGGACUGUGUCUUUCCACUCGGCCAUCUUUAAAGCAGAGUGAUAAAAUAGUUUUGUUUUCUAAAAAACCAUCACAGGCAUAACUGAUCACAGGUAUAACCAGUAUCCAUGCGGGGUGUGGAACACUGAAUGAAACCCGGGCGGAUUCCCAGCUUGCUCCGUCUCAGCUUGGGCACUGCUGUUUACAGCCUGUGUACUCCCCUCCCGCCCUGCCACCCACAAGUGUCUCACCUCCUUCCUCGACAGAUCGAAUGACACAACAAACAUUUAUCUUGGGUGCACAGCGUGUCAGGCGUCAGGCUAAGCACUUUGAUAAACUGGUUCUUUCAAACAUCACAGGUGUCUGACGCAGGCACCAUUAUCCACGUCAUAGAAAAAAAACAGUGUUCAGUGAGCCUGAGGUUAGCAAUGUGUGCACCUCCACACACUGCUAAAUGACAAAGCUGAAUUUUGAAGUACGAUGCCAUGAGGUGUCUGGAGUAGACAACCAAAAUGACUUAAUUGAGGUGUCAGGGGACUGUCUUACUUUCUGGUCACACAAGCAAUAUACGCUCAUUGUGAGGUUUGGUUGUUCCAUUACAAAAAAGACUGUUUUAAAAGCCAUUAGCGGAGGGAUGGGAGGAGUUCUCUUCUGCCUGUUUCUUCCUCCUAAACAGCAAAAUGACGGUGUCCUCAAAGGGAUGUAUAAUGAGCGAGAGGCGAAAAAGAACGUCUGUGAUUUUAAAUCCAGUGUCCUUCACCAGUGAGCAAUAGUAGUUCUGUGAGUGGGAGAGCAGGACCGCGGUGCUUGCAAACAACACUUUAAAACACUGGAACCCAAGUUCAGGAUCUGCUGACAGCACAUCUGCAGGAAGCAUGAGGGUCUCUGGACUCCCGCAGAUCAGCUGCUCAGCUUCUCAGCCUCAAUGUGGCAAAGACUCUACCUGACCUAACUCCAGGCAGGGUCCUCGAAGCCCUCAAGGCUCUGACCUGGACCCCUGUCCCCUUUCGUCCAAAAGAAUCCUGCUGGGUCAAUGCAGUGACAGUUCCCCGCCCCUGAUAUCAUACUCCUCAUCCCUCACCCUCGGUAUCUUAUCACCUGGCCUGCCUGUGGCACGAAUCCUACCAAGUGGUUCUAGCAAGAACCCCCCUGGCCUGAUGUAGCCUCUUCAUAGUUUUCCGUCCGUUCUCACCCUCUCCGUGGCUGUACAUUCCCGUUUUUCUUCUUACACUCAGAGUUGAGCCUAGUCCCACUGCAGUGGCCCCUGCACCUAUCGCGAUUCCUUUGAGACUGUAAAACAAAAAUAAAAUUCUAGUCCCCCGCCAACCCCGUUAGCCACGAGCUUUCCAAAGUAAACCUUAGAGACUAGUUCAGACCGUGAUGGGAAGUGGGGGUGGGACAGGCUCCUUAUACCCGCCUUCCGUUGAAAUCCAGGCACAGCUGACCUGCAUUAACGUCAAAGCAGAGAUCUUAAGGUUGACAAAACAGACUCUGUAGCAAUAAGAUACUACAUUCCAACCUGACUCUAGUAUAGCAUCACAUGAUAGAGAGCAGGCCCUGGAAGAAAUCAAGCAUUUUACCCCAGAAUAUAUUUCUUUGACAUAUUUUGAAGGGGCCCCACACGGCUGUCUCUUGAGGGGAAAAUCCACAUCCUGCCAGAAUCCCCUUCCCUUUCCAGGUCUUUUCCCUGAUCUAGGAGAGAUUUAACUAAGAGUCUGGCACCUCUUUUAGGUCCAAUAAGAGCUCUGAAGAUAAAAAACCUUGGUCUCCACAACCUUUAUCGUAACCCAGACAAUCCUUUCUAUUCAUUCCAGGUCUCUACAAUAAUAACUUAACUCUUUCAAUUAAUUGCCCAUCAGAAAAUCGUUGAAUCCAUCUGUGACCUGGACACCUUCCACCUGCAUCCAUGGAGUUGUGUCACCUUUCUGGACCAAACCACUGGACACCUUACAUGUAUCGAUUGGCAACAUGUACACCUCCACACACUGCUAAAUGACAAAGCCGAAUUUUGAAAUACGAUACUGUGAGGUGUUUGGAGAAGAGAACUGAAAUGACGUCAUGGAGGUGGCAGGGGAUCGUCUUGCCCUUUUCUUAUUUUCUGCCUGUAACUUCUGUCCCCCUAAAAUGCAUAAAAUCCAGCUAGAACCCAACCACCUUAUGCAGCAGUUCUUAGGACCUCAUGGGGCUGUGUCAUCAAUCAAAGUCCUCAUAUUUGGCUCAGAAUAAAUCUCAUCAACUAAUUUACAAAUUUGACUCUUUGUGUUGACAAGUCUGUCUUACCGUUCUUUAAUAAGGGCCGUGUAUAAUGUUUUCUUUAGCAAGUGUGGCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1436.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1520.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 1023.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((...))))))))((((((.(((......((((((((...))))))))......)))))).)))(((((......((((((..(((..((....))..)))....)))).)).(((((((.(((((((((((((.((((((..((((((....(((.((....)).))).))))))..((((((.....((((((((((((((((((((..((.(((((........)))))))))).))))).....((((((..(.(((((((...((((((.....))))))...((((((((...))))))))........(((((((.........)))).)))(((((((....)))))))................))))))).).))))))(((((...((((((((((..........(((((..((((((...((((((....))))))))))))..)))))........)))))))))).))))).....))))))))))))((((((.(((((((((..((((((((((((.((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((......(((((....((.(((((((((((.((((..(((((((((((.((((((((((((((((((..........((((....))))(((.((...((((((((((((((...(((((..(((((.((.(((((((((.(((((((((((((((((((.((((((.(.(((((..(((..(((......)))..))).............(.((((((((......................(((........)))....(((((.......)))))............)))))))).)...))))).).))..............))))..))))))).....)))).........)))))))).))))).........(((((..((((((........)))))))))))...............((((((...))))))....(((((.((.((((....)))))))))))......)))).)).)))))..))).)).)))).)))))))).))...)).)))))))).))))))))....)))))....(((....)))...........)))).)))))))......((((.....))))..((((((....((.(((.((((.(((((((..........))))))).....)))))))))..))))))))))))))..)))))))))......)))))....))))).))))).)))........((((((.((((((((.....((((.....................................(((((((((((.((((((.....)))).))...)))))..))))))(((((.(.(((((((((....((((((........)))))).)).)))))((((...))))....))).)))))......................((((((((......))))))))....)))).....))))))))))))))..((((..((((((...(((...((((((((..((((((((((.......))).))))))))))).))))))).....))))))..)))).............(((........)))..((((((....)))))).....((((.((((.........)))).))))..((((((((......))))))))...........((((.((((.....)))).)))).......)))))(((((((......((((......(((((((.(((((((.((......)))))))(((((((((..(((.((((((((((((...((.(((.((((((((..(((((((.((.........))))))))))))).)))).((((.(((.((..((((.(((((........................((((((((....))))).)))))))).))))..)).)))...))))..((((...((.....)))))).))).)).....(((((((..((.((..((((...((((........))))...))))....)).))..)))))))..(((((...)))))..)))).)))))))).))))))))))))(((...)))..((((...))))((((.((.....))))))....)).)))))))....))))...))))))).((((((((((....))))...)))))).((.((((........))))))....))))))))))..).))))).)))))).))))..)))).)))).........((..(((((.((((..((((((((((........((((((.((((....))))))))))...........((((......))))(((((((((.......(((((.((..........)).))))).....)))))))))............)))))...((((..((.((((...(((.....((((.(((((((...)))))))..))))......)))((((.((...((.((((...........)))).))((((.((((....))))..)))).....)).))))((((((((((..((.((((((((..((((((.((((....)))).(((((((((.........(((((((((((((((.(((((.((.(((((((...((((..((...(((((((......)))......((((((((...))))))))........................))))..))))))))))))).))(((((.((((((......)))))).)))))..)))))..))))...((((...(((((((....(((((...(((((......(((((...(((((((..((((((((((((((..........(((((((((((..(((.......)))...))))(((..(((...((((..........(.((((((......((..((((.(((((((.((.(((((....))))).))...)))))))..))))...)).....)))))).)((((((.(((((((((((.((((.(.(((((........))))).).........((((((((.((((((((..((((.......))))..)).)).)))).(((((((....)).)))))...............)))))))).....((.(((((....(((((((((..((((((.(((..(..(((...)))..)..))).))))))..)))).))))).(((..(((.......)))..))).....))))).))...(((((((((((.(((.((.....)).)))))))).))))))...(((((((.....(((((((.(((((((((.((((((.(((((((((((......(((..(((((..(((((.................)))))..)))))...)))....))))(((....(((...(((...((((((....))))))....)))...)))...)))......................((((..((((..(((..........................)))..)))).))))........))))))).))))))..)))......).))))).)))).))).........................(((((((....(((((((.....(((((.(((.(((.....))).).))..)))))......)))))))..))))))).))))))))))).))))))........((((((....((((((....)).))))..)))))).....((((((.(((....(((.....)))))))))))).....((((((.((...(((((.((((.(((((.(((........))).)))))..))))...))))).......)).))))))(((((((((((.((.....)).))))))))..)))(((......))).)))))))))))))))...)))...)))))))))))))))).....(((((((((........))))).))))((((((......))))))))))))))..))))))).....((....))..............))))))))))..))))))))))))...)))).................((((((((...(((........(((((..((((................))))...))))).......)))))))))))...........)))))))).))))))))))))......(((......)))((((((((((((((.((((((.((((((...(((........)))...))))))....(((((.....))))).....)))))))))))))))))))).)))).))..)))...)))).).))..))))))))))))))))..))))..........)))))))))...)))))..)).........(((((((.......................)))))))))))))))).)).)))).))))))..(((((.((..(((((...(((.(((((.............................))))).)))..))))))).))))).).))))).....)))))))..)))))).)))))))..((((......)))).)))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((((...))))))))((((((.(((......((((((((...))))))))......)))))).))}(((((......((((((..{{(,,((....,,.,)))....)))).)).(((((((.(((((((((((((.({,(({(.({..(((((((((((..,,.|,..{{(({{{.,,.{{{{{{.....((((((((((((((((((((..((.(((((........)))))))))).))))).....((((((..{.(((((((.,.((((((.....)))))),{{((,{({{,...}}}}))))........{(,((((.........)))).)}|(((((((....))))))),...............))))))).}.))))))(((((...((((((((((..,...{,..(((((..((((((...((((((....))))))))))))..)))))..},.,..)))))))))).))))).....))))))))))))((((((.(((((((((..((((((((((((.((((((((((({((((((((((,(((({((((((((.(((((......(((((....((.(((((((((((.((((..(((((((((((.((((((((((((((((((..........((((,,,,}}}|(((.((,,,{(((((((((((((.,,({(({..{({((,((.,{{{{((({.((((((((({|,{{({|||||(({,{.,.{{{||,,(((..(((......)))..))).............{.((((((((......................,..........,,.....(((((.......)))))............)))))))).|.{,|,,,|,.......,..,},,,.....,,..,},.))}...,}}}}},,,||,..|)))))))).})))).{{{{{{{.{{{,,...}}},}}}}}}}.{(((((((.({.,.{{,....,,}.,,|)}.)))))))),,|||..{((((.((.((({....}))))))))))..,,,.}}},.)).)))))..))).}).))))}})))))))}.)...)).)))))))).))))))))....)))))....{({....})}...........)))).)))))))......((((,...,))))..((((((....((.(((.((((.(((((((..........))))))).....)))))))))..))))))))))))))..)))))))))......)))))....))))).)))}),)))....,...((((((.((((((((.....((((,...........................((({(....,|||||(((((.((((((.....)))).))...)))))..,,})))}|}||}|,|{(((((((.,..((((((.,....,.)))))),)).))))}((|,...|||}........}},,...,,,............}},}.((((((((......)))))))),...)))).....})))))))))))))..((((..((((((...(((...((((((((..((((((((((.......)))}})))))))))).))))))).....))))))..)))).............(((........)))..((((((....)))))).....((({.((((.........)))).))))..((((((((......)))))))).......,{,.((((.((((.....)))).)))).,,,...}}}}|(((((((......((((,{.,..(((((((.((({((,,((......}||||}|(((((((((,.(((,((((((((((((,...{,{{{.((((((((..(((((((.((.,....,..))))))))))))).)))).||||.{,({(({.(((({(((((........................,||||||,...}))),)}))),||||{||}},,|}.||}...}}}}..{{{{..,||...,,)))))}.,,,.,,....,{((((((..{{.{{..((((...((((........)))).,.))))....)).))..))))))),,(((({...}))))..)))).}))))))}.))))))))}}))|||...})}.,{(((...))))((((.((.....))))))...})).))))))).,.,))))...))))))),{(((((((((....}})),..)))))}.{{.{(({........)))},,....))))))))))..}.))))).)))))).))))..))))}}))},,.......((..(((((.((((..((((((,(((((((((..((((((.((((....))))))))))...,,((((((({({......}}}}{|||{||((,......{{{((,((,,,.......}|,|}|||{,{{.}||||||||{{.........,{,.,,.(((((...(((((.(((.(({...|||,{{,.....,.((((,({((.(((((.........,.((((((...(({((((.(........,)))},))|(((.((((....))))..)))}.........)))))).}.........))))),}))))))}....((((....)))),{{{{........,,{(((((..((((((..(((.((.(....}.)).)))..)))))).)))))),}}|||...............((((((((...)))))))).........}},,,............))).)))))..))))).))|(((((.((((((......)))))).))))),..,}}})))))),,........,,.((((((.(((((.({..(((((({{{.,((..(((......)))..}|||||{((((((((((...{({{,{{{(((({..,,,......{((((((((((,{{.,(((.,,,.,,|..||,......((((((......((..((((.((((((((((((((((....))))).))))})))))))..)))}...}}.....))))))(((((....))))).}}}}}})}))},.{((((........)))))})}}},.....{||||{{{,|||||{{|}}||||.......)))}}})),,)}))}},|{|||||....||,}||}}......,,,,.....,}||||}|(((({,(..(((((({{(((((((((..((((((.(((..(..(((...)))..)..))).))))))..)))).))))).{({..(((.......)))..})|.....,{{({,.....,,||||((((({((({(.{(((.....)))),))}..,)))|,,.,)}}.......,,,....)),})))))))))))...,.}))})))))),}},..}}}}}}}},,,.))))))..}}.))))).....)))))),))))},}}}|,.,,,,.}}))).}},..........)))))))))((((((...((((({,({.{{{{..{{,,{{....,|,,...,}||.|,,,,,.,,.{(((((((((.((.(({{.{.(((((((((((,....((((((((((((((.((((((((((((......))))).......{{{.....}}).(((((...................}))))((((((....(((((((.....(((((.(((.(((.....))).).))..)))))......)))))))..))))))))))))))))))){{,,,....((,{,.((((({....((((({....}).))))..))))))...,.)),|.({(((.{{{({{,......{((((((({(((......,.,.)}}}.(((((.((((.((((,.{{{........})).)},))}}))))...))))),,,,,.....,,}}}.,,,((((((((.((.....)).)))))))){{|||((,{,....)),.}}}}}}}(((((((...,,.......,,...,,.)))))))..(((((((((((........))))).)))))).........)))))))|{.{{{{,,,,.)))))}.,,,,})))))))),||,,||......{((,,.}}}..,,.,}}}}}.....{{{({.................{(((((((...{{{........{{{{{..{(((................)}}}...))))).......})})))))))|{{{.,{(({..,|....}}))))).,)))},.....,,})).||,.....,{{(((((((((((.((((((.((((((...(((........)))...)))))}....(((({.....})))).....)))))))))))))))))))))))))))))).),}))))))))))))))),))))))))....)))))).....,,,..,)))}}))))...)))))..)).........(((((((.......................)))))))))))))))).)).)))).||||||{.{(........}}.||,}},||,.,,{|},...|,.....},,,.............,,,,,.,))..))))))))))),..)),))}).....)))))))..)))))).)))))))..((((......)))).)))))......
Back