Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-FGF9-3:13
Sequence Length
1410 nt
GC Content
0.4787
GGAAGUGACUGGAUGUGGAGAGGAGUGUAUCCGCGAAGGAACGCACAAGUGGCCUGACCUGCAGAAGAACGCUAGCUAGGCACUAGGCAUGCCGGCAAGGUCAGCUGAGAGCUGACCCCAGUGCAACGUGGAGGAGUUUGGUUGGGGCAGUCGGAGGAGCACCUGGGCCGCCAAGCGGCCAGACUUCGGGGGAAAGCCAUCUCUCUUCUGGCGCCUUUAUCGGCAGAGAGCUACUUGUACUCAAAACCUUGCACUCAUUCUCCAAGCCCACGUGGGUAAGAUUCACCCACACUGCGGAGGGCGUCGGAGCUCCACAGCCUGCCUGUCUGUAUGCUCCCAUAGAGGUUUGAGCAGCGGGGCACUGGAGAAGCAAGUCACACCCCCAUUGCACGCCAUGGGAGUAGGACAAGGCAAAUUAAAAAGAGGAGAAAAACCCCUCAAUGUACAUGUGUAAAAAGACUUCGAGAUUAUUUCUCAAAAGUUGUUGAAACCUUUUUUAGGUUUGGAUUUGCUAAACAACAGGGUGCGAAUUCAAACACAGGCAGGAACAUUUCCCUGACUUCUUUAAAAAAAAUGCUUUGAGAUGUUAUGUGAUAUGCACCAGCACUUCAGAAAAAUCCUGCCAAGGAAGCCCUGAUUGACUGCAGUGGUGUUAGGCCGCUCUCUGCUUGUCGGGUUGCCUGAUUGAGAACUGGCCCUAGUAGACUGCUAUGCACCAAAAUAGUCUGUUCUAACGGAAGACCUCUGUUUGCCACUGGCACAUAAACAGGAGAGAGGGUGAGAUGCCAGCUUCGAUUGUCAAAUGUGGUGGGGCCUGUGGAAAGAAUUAACUUCCUUGGAGUUCACGUUUUGCAAGAUUGAGCCAUCCAGCACACGAGGGAAACAAGAAGAGCCACGUGGGAGUGCAAAGGCUCCAAUUGCCAGCCACGUCGCUUCUAAAUGUGAACGCUCUGGUUGAGUAGGACAAGGCGGCAAGUUGAGUGAGUCUGAACAUUUAGGAGAGACAGCCUGAUGUGGAGGGAGAAACGGGACACCAAGGCCAAGCCAAUUACCCACCCAGGCAGAGGGAAGGUGACUCGAGACCCCUGCCUGCCUUUUGGGGGGUGUUAUGGGGAUCAAAUGAGAUUAUGACUACAGAAUCAUUUUGGGAUCUUUCUUUGAAUUUUAAACUAAUGAAAUCAUAUUCUUCCCCUUAGGGAGGGGAUAAAAUCAAUAAAUGAAUAGUUUUCAUUUUCCUAGAAUGGUUCAAAAUUCGGCUUGAGAUUCUACCAUGUUCUUUCAGUUCUCACACCUUAACUGAUCUCUCACAUAACUGCCCAUCAAAUGUAUCAUGCUGAUCCAUCCAUCCUAUGCCUGGAUUAAGGUCCAUCAAACCCUUUAAUUUGAAUUCCCAUUAACUUUAAAAAGAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-451.9 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -478.61
Frequency: 0.0000
Diversity: 424.15
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((...(((..(((((..........)))))..(((..(((....))).)))(((((((........))..(((.((((.......)))))))..((((((((...))))))))(((((((((..((((((..(((.((((((((((.(...((.(((((((((((((...))))))......))))((...((((..((((.((.(((((((..((.((((((((((..((((.((.....((((((((.(((.((...........((((((.......)))))).(((.((((..(....)..)))).)))..(((((((((...(((((((((...(((....((((.((((...((((........)).)).)))).))))..)))))))))))))))).))))).........((((.(......)))))........(((((.....(((((.((((.....))))..)))))....((((((.....))))))((((((((.............))))))))..)))))(((((((...((((..((((.((((...............)))).))))..(((..(((....)))..)))))))..))))))).(((....))))).))).))))).)))))))))..)))))))))).)).))).)))).))..))))..))))))(((((...)))))))).))......).)))))))))).)))..)))))).))).))))))........((((....((((((.((((.((((...(((...((....(((((((...((((((.(((........((((((.((((.((((((((..(((......)))..)).((((.((.............)).))))(((((......))))).....((..(((((((((((((((((((((.(((((.(.(((.((........))..))).).)))))..))...)))))))))))........))))))))..)).)))))))))).)))))).((((((((((((((.(((((((((.(((..(((........))))))..)))))...))))))))(((((((...((....))..)))))))....((((((((((((((........(((.(((((......))))))))......(((((((...)))))))..........(((((((.....)))))))))))))))))))))..)))).))))))(((...........))).((((((..........))))))))).)).))))....)))))))..)).)))..))))...))))))))))...)))).....)))))..(((((........)))))....)))...))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((,..((({{(((((,,,,,{{{{.|||,,,..||,.}||,{.((({{((({.{,,((........)),.|{|}||||,,.,|,.}})),})..((((((((...))))))))(((((((({..|{((((..(((.((((((((((,(.,,((.,..}||,{{((((...))))))}}.}|}}|{(({...{(((..(({{.((.(((((((..,{.((((((((((..((({.,{.....((({((((.(((.{(|||..{{,,..((((((.......)))))).,{||||||||{.,.{|.{||||.,}},.(((((((((...(((((((((...(((..,.((((.((((...((((........)).)).)))).)))).,))))))))))))))))}})))).........((((.(......}))))........,{{{{..,..(((((.((((.....))))..))))).,}.,{((((.....))))|(((((((((....{....,...))))))))),))}},(((((((...{(((..((((.((((,{{{........}}})))).))))..(((..(((....)))..)))})},..))))))).{{|..,,))))}.))).))))).)))}}})))..)))))))))).}}.))),}))).))..))))..))))}}|,{,{,..,|||||,,.,,...,}})})))))))))).)))..)))))},)))||)))))}},,,...{(((....((((((.((((.((((.,.(({,,.,,.,,.{((({{(,{,{,{((,,,{......,}}||((((.((((.((((({{{..{{{,|||||}}},.}},((((.((,............)).))))({{({,....,))))}..,,,((..((((((({((((((((((({,.(((((.{.(((.{(........))..))).}.)))))..,},..))))))))))).,......})))))))..)}.}))))))))).)))))),{{{||||,,,{(((.{{(((((((.(((..(((........}))))).,))))),..|)))||||((((((({{{((,..,||{.}},|||}...,((({((({{((((({{{{...,((((((((,,{,,,,|||},,},,.{{,,(((((({...)))))))..........{((((((.....))))))}}}}}}}}})))))},,)))),)),,})})}}))),..})))))).|||||},,,....,}}).,)))))))}}.))))}}.}))),}}}.,}}.}}},.))))...))))))))))...)))){{{|,|||}},.,{,,{.,,,,,,,))}},..,,))}...))))).........
Back