Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-FGF9-3:16
Sequence Length
2698 nt
GC Content
0.4407
ACACCGAGCUACCCUGCCGGCAGCACAGAGUGAACAGCGCCGUGCACCCAUCUGGGCCUGACCUGCCUACAUUGUUAGCCUAAAAUACUUAAUUCUAGUUUUCAGGUCUGUAACGAUGGGCAGAUUUUCCAUGACACGACUAAAGUCCAACGCCAGUGCCACUUCUCCCAUGAUGCUUCCCGUUCUCUCUUGUGCCCACCGAGGCCCUGUGGCUUUUCCUUGAAACUUCCCCGUGGCCCUCAUCGCGUGCCUCAUCUUGUGUCACAGUUAUCUGCGCAGCAGAGAAAAAGGAGCACAGACCUCACAGACAGACAGAUUGGGCUCAACAUGCACCUGGGCCUUGAGGAGAAUCUGCCUGUGCAGGGAGGCUCACAUGCUGACCGCGAGCAGACGGAACAAUCCUCGUUUGUUCAUGGAGAAACAAGACCACGGGUGACUCUGGGUAACUGAGACCUCAGGAAGUGAAACCUCAGAUAAAGGAUUCAACAGAGUUGGAUUGCUGAGAAUAAAAUUACGGAUUUCUCCAUAAUGGACACACGCACUUUUUGUUUGUGCUGUUUCCUUUAGAAUGGACGAUGAGUCAAAAUUGUUCGUUUAUGCUUCUUCACAGAAGGAUCUUCUGUGUCGUAGGAGGUGGCCUGCAGCAAUCUGGACAUUCAGUGGUCCUCCUGUGAUUAAUAGGUGAACGGAUGAGCUAUUCUGAUAAGAACUGGGGAACUUUUGCCAUUCAAAAGCAAAUAGAAGAACUGGGAGAUUCCUCAACUUAGCUUUUCUUUUUUUUGGUUCUAAAGUGACUGCGAAUGGAGGUAGAAGAGAAGAAAAGCUUUCAAAAACAUCUUCCAUUAAGAAAAAUAUGUAUCUUCAUGAAGACCUAUCUGAGUAAAAUUACUAAAACAUAAUGGCUUUCUUGAAAUAGAAUGGAAUGAAAGGCAUAUUAGGGAGUAUGAAAGUAUGAAGAUUUUAUUAACAUACUUCUAGAAGUUUAUUAAAUAUCUGCACAGGAACUGUAAUUUGAGAUCAGUGGUGGAAAGAGAAUAAAGGAAUCACGUGGACAUCAGCUCUGAGGCCUGUGGCCCCACUUGCUUCUGGGCUUUCUAUAGACAUUUGCUGGUGACCUGCCCAGGCAGGCUAGAGUACCCUUCCUCAUUGCACCCUGUGUUCCCAUCCUCUUUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUUCUUCCUCCAUCCCUUAUGAAACCCUCGUUGUGCAGUUACUUAUUAGGUGCUGUGUGAGCGUCUGAAGUCUCCCCUCACCCACUUUUCCAUUUGGGCCACUUGGCCAGUGAUUGCAUCAGUACCAGGGUUCUAGGAGCCAUGCAGGGAUCCCCAGUGGGCAGAGCUGGCCGUAGCAUUUGGAAAGGAAGAGAGAGAACUGGAGACAAUGCCUAGGAACAAAAGCAGAGUCCAGACCCAGGCAUCAAGUGCAAAUCCAAAGGCUCUGGAUGAGUCAGUUCCCAGCAAAGGGACACAAGUAGGCACAGAAGGAAGGACAGCAGAAAACACUGGUCCAGAGAGGGCCUGCAGAGCCAGAAGCGAUGACGCAUCCAAGGUUGUGUUUGACUUCUGCACUGCCUCUGCAACCUGUAAGCACAUCUGAGCCAGUUCAGAAAGUAGGAAAACCAAAGUAUAUCAGAAAUGGCCUCUUAUCAUCAAGGAGAUUUUGGUCUAGAUUGCUUAUUGCUCAGGAGAAAUCACCACUUUUUAAAAAGAUAUGCUGAGAUAGGGUUUAGUUGGGAUAGAAAAGGUUAUUAAACUACGGGACACCCUUCCUUUACAGAGUGUAAGCACUACUACCCCUUUUGUUUGUCUGUUUUUCUUAUUUUUCUCACAGAUGCAGUUCCUGCAUUAGUAUUGAUAAAUGUGUGGCUGCUCCACUUGGAGUGUUUUCAAAGCAUAAAUCACAGCAUUGAUGGUGCUGUGGUUUGGCUCUUCCAGCCCUCUUAACAACGGUCUGAUGGACUUGGCGAGAGUCUAGCCACGUGUUCUGGCCUCUGUCACUCUCAUGGCUGAAACGCAUGCACACCCACAGAUGGGGGCCCCGUGGUAGAGAUGUGCCUCUACUUGUCAAAUAGACUGACUCCAAAUUCGGAAAUAUGCCUCAGGAAUCUAGAAAGAUAGAAAAGGAGUCUUCGUCACUGUAGGGUCUCAUUCACAAUAUGGAGGAGAGAUGGAGGGGAGUUUUUGGUAUAAAUUUUGCCUCAUAAAAAUUCUCCACGUUGUUUUGUACUGUAUGAGGGUAGCGAGAAAUUAGUUGAUGGUUAACAAUCAAGCUGGAGAAGAAUAUCCUCAAUUUUUCACAUGGAAAAUGAAAAACUACAACUCCUUCCAAAUAUAUGUAUGUUUCUUUUCUGAAGAUAGACGUGUGUGUGUUUGUGUGUAUCAUAUAACAUUUAUUUUUUGAUUUCUUUGUUAUCAACAGUAAAAAUACAGAAAAUGAUGCCAAAGAGAAUUUCUGAUUUUUCUUUCCUUGUUUUCCAUUAAAGUGUAUUACAAAUAAUGUCUUCAAACACAAUAGCAUGCAUAGUGGCUUAAAUUGGAUUCUUCCUGGGCCACUCUGUUUAGGAUCCAGGUUUUUAACAUUGUUCUUCUAAGUGCAUCCAUGUUUCCUGAGAUCCACAAAGCUUGAUCUCAUCCGUGGAACCACCUGGCCUAGAACCAGCUGCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-795.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -850.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 692.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(..((((((((....(((((((((((.((((((((.((((..........((((((..(((((..((((((((((((.(((.(((.......)))))).))))...)))))))))))))..............(((....)))......))).)))........)))).))))....)))).))).))))).....(((((((((((((..((((((.....((((.((.((((((((((..(((........(((((..(((((((..(.(..((((((.....((((((((((....(((((((((((((..(((((((.((((((((((((.((((((((...((((.((((((.((..(((......)))..))))..)))).))))....)))))((((.((....)).))))))).)).))))))...((((((.......))).)))((((((....(((((......(((((....)))))......)))))............(((((((((.(((.(((.(((.((((.........))))))).))).)))(((((((((((........)))))))))))..(((((((((((((((...))))))))....)))))))(((....((((((((((((..(((.(.((.(.(((((.....))))).).)).).)))((((((((((((...(((..((..((((((.....))))))......(((((((((((((((..........((((((((((((((((..(((((..((....))...)))))...)))))))))))))))).........)))))))).............)).))))).......((((((((((((....))))........(((.(((((.................))))).)))....(((((((((..((((.........))))..)))))))))................(((((..(((((..(......(((..(((.((((.((.(((....((((......(((((....(((((.(((((..(((....)))..))))).))))).))))).......((((...(.(((((....))))))...)))).)))).))).)).)))))))..))).......)..)))))....((((((((((.((((((((((.((((((((((((((.(((..(((.((.((((((.((((((((((((((..(((((((((.....)))))))))............................((((....)))))))))))))).))..)).)))))).)).)))..))).))))).(((....)))((((((((....)))).))))))))))))).))).)))..))))...((((((.((...................)).))))))...((((.........(((((.....))))).((((((......)))).))......)))).))))))))))..)))))....((((((.((((..(((..(((((((((((((((((..(((((.(....).)))))))).))))))....).))))))).))).........)))).)))))).))))...))))....))..))).)))))).))))))(((((.......)))))......))))))))))))....)))..)))))))))..)))))).........)))).))))....((((((((................))))))))..((((......))))....((((((....)))).)).)))..)))))))))))))...)))(((((.((..((.(((((((...))))))).))...)).))))).(((((((((((....)))))((((...))))..(((((((((((((...)))))))))))))((((.....))))(((((..((..(((((...)))))))..)))))...)))))))))))))...))))))..).)..)))))))..)))))........))).)))))))))).)).(((((((......))))))).((((.......))))(((......)))...........))))((((......)))).)))))).....)))))...))))))))....(((((.(((((((......((((.(((.(((......))).))).)))).......))))))).))))).......)))...))))))))..)........((((........))))((((((.(((((((.......)))))))..(((((((((((.................(((((((((((((((((((((...)))))..)))))))))))))))).((((........))))((((((((((((((..(((((...)))))...)))).))))))))))....((((((((........))))))))..)))))))))))....((((....................))))........(((.(((((((((....(((....)))))))))))).)))(((((..((((((.........(((.((....)).)))((((((.....(((((((..........)))))))..))))))...)))))))))))..))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((,((,.....||||((,((...,.{{{..,.,}}},)}})},...((((((((.,..(((((..((((((((((((.(((.(((.......)))))).))))...)))))))))))))....{{,..,..,{.{{{.{.(((((..(((((.((((({,(({{.((((.((((((.(...((((...((((((..(((.(((((((((((((((.(((........(({((,{,.{{,.(,({(((((.{((((((({.,..,..(((((...)))))......}..))))))}{{{{{{{|,||{|.,,,|.|||{{{{....,,...})))))}.,,,,,...}}}}.}}}}).))|}}|||.,.,}}),}}.))))}.{(((((((.......,))))))))))).)))))....)).))))))).}.)))))))))...))))...).)))))).....(((((......(((((,,,.}}))),,,},.)))))......{{{{.(((....))).}}}}(((.(((.((((.........))))))).)))....(((((((((((........))))))))))).........((((((((...)))))))))))).))))))))))))..))....))))).}}.}|}||||(.(((((.....))))).}.(((((((((.,,,{((....,||,,({({(({,,{{{{,,,..},,,,{({..(((((((((((((((((..........(((((((((((((((((.(((((..((....))...))))).)))))))))))))))))).........))))))))...,,,......,,,.||||,,{((((((({.,.,.((((....)))).........,{|,,|{{{||,,.,|||{{{{{{.,..(((((((((.(((((((((..((((.,.......))))..)))))))))....((((((({({(({,((..(((((((((((.{,(((((..(((((.(((((.(({{(((({(({....((((.....(((((,(((((,.(((,,..}}}..)))}).))))).||,,|,|......|||},,|.(((((....))))),..,||||.,{{((((.((((.(((((((.((..(((..(((((({{{{((((({{{((({{{({{,{({{((((((((((((((((((({..{(({{.({((((((.((((((((((((((...,{((((,,{.{{{||,|.,,||.....,.,}}}}},}}},..........((((....)))))))))))))).)}..)).)))))))}))).(((.{((.(((...))).))})))...((((....))))...)))).}))))))))).)))..)))}....((({(.((,,{....,{...{{{{,{,.|,.,({{{...}))}.........||||})),,},.)),.|||||{.,,...)))).....,.))),}..))))))))))..{{{{{.......(((((.....))))),(((({(((((((({{,.((((((.{....}.))))))}}.)))))),.,,)).))))),.(((({{((((.{((((,({{{{{||,||,,(((({,..,(((,,,{....,,....))}.{||||,,..,,.,}))),,,))))).}}}}))))))}.,}},)))),{{,,........}},,.,))))).)))..)).))))))).)))).)))).,}....||{|....,}}}..(((,..,,,.}}}},,,.|,{({{....)))).)),,..,.))).)}}}))).))))).)))))..))))).,,.))))))))))),,..,))))))))))))..(((((((((((....))))|(({,...,}))..(((((((((((({...}))))))))))))((((....,||}|((({{..({..{{{({...))}))))..))))),,,))))))(((((.,((((..{(.......,,.))))}.)))))..{{.{.((({...,})))))).....(((((((......))))))).((((.......))))(((......)))))))))))),{((((.,.((({((({{{{{(((((((.........(((((,,{.{({,,.(((((.(((((((....,,((((,(((,(((......})).})).))))..,....))))))).)))))..,,.,,....((((((((........{((((((((,.....,.))))}})))}.......)))))))},{(((((....)))))))}}.,..)))))))))))}.((((((((({(((((((((({...)))))..})))))}))))))))){((({..,,,,..}}}},,,,,,,,{{{((({{(((,({{{|,},|,,.,,,),),},,,,))))).}}||||||,.}))},,}))))))))))},,,.}))))}}...||{{|,.||,.....|||..,...,}},....,.}}|||,(((((((((....(((....)))))))))))),)))},}||||||}}}))))}}.,...)))))))))..)))....,.}}}})))||}|}}.....,}..,},.)))))))))))},,,,,,.))))))))...,)))}}.
Back