Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-FGF9-3:4
Sequence Length
2010 nt
GC Content
0.4234
UACAGGGAUUCAACAGAGUUGGAUUGCUGAGAAUAAAAUUACGGAUUUCUCCAUAAUGGACACACGCACUUUUUGUUUGUGCUGUUUCCUUUAGAAUGGACGAUGAGUCAAAAUUGUUCGUUUAUGCUUCUUCACAGAAGGAUCUUCUGUGUCGUAGGAGGUGGCCUGCAGCAAUCUGGACAUUCAGUGGUCCUCCUGUGAUUAAUAGGUGAACGGAUGAGCUAUUCUGAUAAGAACUGGGGAACUUUUGCCAUUCAAAAGCAAAUAGAAGAACUGGGAGAUUCCUCAACUUAGCUUUUCUUUUUUUUGGUUCUAAAGUGACUGCGAAUGGAGGUAGAAGAGAAGAAAAGCUUUCAAAAACAUCUUCCAUUAAGAAAAAUAUGUAUCUUCAUGAAGACCUAUCUGAGUAAAAUUACUAAAACAUAAUGGCUUUCUUGAAAUAGAAUGGAAUGAAAGGCAUAUUAGGGAGUAUGAAAGUAUGAAGAUUUUAUUAACAUACUUCUAGAAGUUUAUUAAAUAUCUGCACAGGAACUGUAAUUUGAGAUCAGUGGUGGAAAGAGAAUAAAGGAAUCACGUGGACAUCAGCUCUGAGGCCUGUGGCCCCACUUGCUUCUGGGCUUUCUAUAGACAUUUGCUGGUGACCUGCCCAGGCAGGCUAGAGUACCCUUCCUCAUUGCACCCUGUGUUCCCAUCCUCUUUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUCCUUUCUUCCUCCAUCCCUUAUGAAACCCUCGUUGUGCAGUUACUUAUUAGGUGCUGUGUGAGCGUCUGAAGUCUCCCCUCACCCACUUUUCCAUUUGGGCCACUUGGCCAGUGAUUGCAUCAGUACCAGGGUUCUAGGAGCCAUGCAGGGAUCCCCAGUGGGCAGAGCUGGCCGUAGCAUUUGGAAAGGAAGAGAGAGAACUGGAGACAAUGCCUAGGAACAAAAGCAGAGUCCAGACCCAGGCAUCAAGUGCAAAUCCAAAGGCUCUGGAUGAGUCAGUUCCCAGCAAAGGGACACAAGUAGGCACAGAAGGAAGGACAGCAGAAAACACUGGUCCAGAGAGGGCCUGCAGAGCCAGAAGCGAUGACGCAUCCAAGGUUGUGUUUGACUUCUGCACUGCCUCUGCAACCUGUAAGCACAUCUGAGCCAGUUCAGAAAGUAGGAAAACCAAAGUAUAUCAGAAAUGGCCUCUUAUCAUCAAGGAGAUUUUGGUCUAGAUUGCUUAUUGCUCAGGAGAAAUCACCACUUUUUAAAAAGAUAUGCUGAGAUAGGGUUUAGUUGGGAUAGAAAAGGUUAUUAAACUACGGGACACCCUUCCUUUACAGAGUGUAAGCACUACUACCCCUUUUGUUUGUCUGUUUUUCUUAUUUUUCUCACAGAUGCAGUUCCUGCAUUAGUAUUGAUAAAUGUGUGGCUGCUCCACUUGGAGUGUUUUCAAAGCAUAAAUCACAGCAUUGAUGGUGCUGUGGUUUGGCUCUUCCAGCCCUCUUAACAACGGUCUGAUGGACUUGGCGAGAGUCUAGCCACGUGUUCUGGCCUCUGUCACUCUCAUGGCUGAAACGCAUGCACACCCACAGAUGGGGGCCCCGUGGUAGAGAUGUGCCUCUACUUGUCAAAUAGACUGACUCCAAAUUCGGAAAUAUGCCUCAGGAAUCUAGAAAGAUAGAAAAGGAGUCUUCGUCACUGUAGGGUCUCAUUCACAAUAUGGAGGAGAGAUGGAGGGGAGUUUUUGGUAUAAAUUUUGCCUCAUAAAAAUUCUCCACGUUGUUUUGUACUGUAUGAGGGUAGCGAGAAAUUAGUUGAUGGUUAACAAUCAAGCUGGAGAAGAAUAUCCUCAAUUUUUCACAUGGAAAAUGAAAAACUACAACUCCUUCCAAAUAUAUGUAUGUUUCUUUUCUGAAGAUAGACGUGUGUGUGUUUGUGUGUAUCAUAUAACAUUUAUUUUUUGAUUUCUUUGUUAUCAACAGUAAAAAUACAGAAAAUGAUGCCAAAGAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-575.9 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -619.58
Frequency: 0.0000
Diversity: 503.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.((((((((...)))))))).)))((((((((((((.(((....))).)))).(((((((((((.....((((...((((((.((((.((((((.(((.((((.....((((((((((((......((((((.((((((..(((((((.((((.(.((.....)).)..))))))))..))).)))))).)))))).......)))))))))))).(((((((....)))).)))...))))))))))))).)))).))))))..))))((((((((..........((((((((((((((((..(((((..((....))...)))))...)))))))))))))))).........))))))))............(.((((((((.(((((.((((((.((((....)))).........(((..(((((((.................((((((((.(((((((((..((((.........))))..)))))))))....(((((((((.(((.....(((((((((((...(((((..(((((.(((((.(((.((((.(((....((((.....(((((.(((((..(((....)))..))))).))))).............((((...(.(((((....))))))...))))..((((((.((((.(((((((.((..(((..(((((((((((((((...(((..(((...((((((((((((((((((((...(((((((.(((.((((.((((((((((((((..(((((((((.....)))))))))............................((((....)))))))))))))).))..)).))))))))))).(((..((.(((...))).)).)))...((((....))))....))).)))))))))).)))..))).....(((...(((((....((...(((((((.((..((((...)))).........)).)))))))..))..)))))..)))..))))...))).)))....))))))))))..(((((.......(((((.....))))).((((.((.((((((((..(((((.(....).)))))))).))))))).)))).)))))..((((((((((.(((((.((((((((.((..((((((...(((..............)))..))))))..))...)))...))))).))))))))))).....)))).((((........))))..))))).)))..)).))))))).)))).)))).))....((((....))))..((((......))))......((((....)))).))))....))).))))))).))))).)))))..)))))....))))))))))).....))))))))))))..(((((((((((....)))))((((...))))..(((((((((((((...)))))))))))))((((.....))))(((((..((..(((((...)))))))..)))))...))))))(((((.(((((..((.......)).))))).)))))..((.(.((((....))))))).....(((((((......))))))).((((.......))))(((......)))))))))))))))))).)))...))))))..(((((((.........(((((..(.((....(((((.(((((((......((((.(((.(((......))).))).)))).......))))))).)))))...........((((((((........(((((((((........))).)))))).......))))))))(((((((....))))))))).)..))))))))))))..((((((....)))))).))))))))))))).).)))))))))))((((((...))))))...))))))))....((((((((.(((((...(((....)))......))))).)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((.((((((((...)))))))).))){(((((({{(((.(((....))).))}},(((((((((((.....((((...((((((.((((.((((((.(((.(((({....((((((((((((..,...((((((.((((((..(((((((.((((.{.{{.,...)}.)..}))}))))..})).)))))).)))))).......)))))))))))).(((((((....)))).))).}.})))))))))))).)))).))))))..))))((((((((..........(((((((((((((((((.(((((..((....))...))))).)))))))))))))))))).........))))))))............{.((((((((.(((({,{,,,,,.((((....))))....,,,.,{{.{{(((,,.....,,,..,....}},||{|||{{{.(((((((((..((((.,.......))))..)))))))))....((((((({({(({,((..(((((((((((.{,(((((..(((((.(((((.(({{(((({(({....((((.....(((((,(((((,.(((,,..}}}..)))}).))))).||,,|,|......|||},,|.(((((....))))),..,||||.,{{((((.((((.(((((((.((..(((..(((((({{{{((((({{{((({{{({{,{({{((({((((((((((((((({..{(({{.({((((((.((((((((((((((...,{((((,,{.{{{||,|.,,||.....,.,}}}}},}}},..........((((....)))))))))))))).)}..)).)))))))}))).(((.{((.(((...))).))})))...((((....))))...)))).}))))))))).)))..)))}....(((((.((,,{....,{...{{{{,{,.|,.,({{{...}))}.........|||||)),,},.)),.|||||{.,,...)))).....,.))),}..))))))))))..{{{{{.......(((((.....))))),(((({(((((((({{,.((((((.{....}.))))))}}.)))))),.,,)).))))),.{((({{((((.{((((,({{{{{||,||,,(((({,..,(((,,,{....,,....))}.{||||,,..,,.,}))),,,))))).}}}}))))))}.,}},)))),{{{,........}},,.,))))).)))..)).))))))).)))).)))).,}....||{|....,}}}..(((,..,,,.}}}},,,.|,{({{....)))).)),,..,.))).)}}}))).))))).)))))..))))).,,.))))))))))),,..,))))))))))))..(((((((((((....))))|(({,...,}))..(((((((((((({...}))))))))))))((((....,||}|((({{..({..{{{({...))}))))..))))),,,))))))(((((.,((((..{(.......,,.))))}.)))))..{|.,,((({,,|||||||||,,,..(((((((......))))))).((({....,,,}}}}(((......))),}}}}}}}},.,,..{(({...,,,)))}..,||{||},,,,,...|||{|}}|.||||..{{{{{.((((((({.,.{{{,(({((({((({{{{{.,,,.,,)})),,..}}}}}))))))},}}}}}..,,.,.....((((((((........{((((((((......,.))))}})))}.......)))))))){((((((....))))))),,.,..}}})}}))))))}}}.,|||.,,}))})})})))}})))))))).).)))))))))))|(((((...}}))},,,.}))))))}....((((((((.(((((...{{{....}})......))))).)))))))).
Back