Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-FGFR2-12:1

Sequence Length

769 nt

GC Content

0.4616

GAGUCCGGGUGGCCCCCUCGGCGCCGCUGUCAGGUUCCUCUAGAUUCAAGUUCUACAGGCUCCGGGUUCCACCGCUCCCGGAUUCCAUCGCCCCCAGGUUCCGUUGCCUUCAGUUUCCUAGGAUCCUAGGUUCCGCACUCUCCAGAGUUCCGCCGCUUAGGCGGUUGUGCUAAUCUGCGUCAGCUGGGGCUGUAUUUGGAAGAAGAGGCGCUGCCUCCAGUCAAGUCUGUUUUUUUCAGAGGAAGUUAUUGUCCCAAAGUUGUGUGUCAUGCCCGAAGUGUCUGGGAUCCCCGAGUGCCUGUGGUGCCCAAGAGCUAUGAAUCUGCUAUCAUCAACACAGAGGGUACCUUCUGAAUGGGCUAUGUCUACAGUGAUGCUGCAAAUGGAAGCUAACCCUAGGAUGACUGGCCUCUGACACUUGAGCCAUCCCAUCAUCUGUCAUGGGUUGACCCAUCCAUCCCCUCAAUGAGCCUGACCUUCAGGACCACUGACAGAGGAGCAGUCAAUAGAAAUUAAUUGUUAAAUACCCAGAAAAUCUGAAAUGGUAUUUAAUAUGCAGUUCAUCAAGAGCAAAAGUUCCUUAAAUCUUCAUCUAGAAAAGUUAUUUAUAAGGGAUGAAUAUGUUGUAUGAAUAUGUUGUAUGCAAAUAUUAUAUUCAAGGGCAAGACCAUGAAAACAGUUUAAGAAUCCGACAGGGAAUUAGAUAAAGACAUCGGAGUGCACUUGUCAAAAUACAGCUAUCAAGAAUGAUGAUGUUGAAAAAUAGUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-215.5 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -230.71

Frequency: 0.0000

Diversity: 262.3

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.......((((((((....)).))))))....((..(((.((((.......)))).)))..))((((.(((((((((..((((((((.(((....((((......)))).......(((((....)))))......((((....)))).(((((.....)))))(((.((......(((.((((((((((.((((((((((((((((((((((....))))...)))).)))))))))))......))).)))))..)))))))).....)).))).)))..))))))))..)))))...)))).))))..(((((((...((.((.(((((((...((((((....))))))..(((((...)))))..((((.((((((...((........)).....((((((.(((((((((..(((.........)))..))))(((((....)))))........(((.((..(((((...)))))..)).))).)))))..))))))............(((((((((((((((...))))....)))))))))))))))))))))...((((....))))........(((((((..................)))))))...((((((((((((((.(((......))).)))))))..((......)).....................((((((..(((.(((......)))..)))...))))))...))))))).........))))))))).))...)))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((({(({((((((((....)).)))))}..,.||..{{{.((((,,,,...||}}.,||,,|}((((.{{{{{({({.,((((((((.(((....((((......)))}...{,..(((((....)))))....|,((((....)))).(((((.....))))){((,((......|||.||||((((((.((((((((((((({((((((({,,..}}|}...}})),}))))))))))......}}}.))))),..}}}|||}|.,.,||,|},.}}}..))))))))..)))))...)})).})))..}}})},|}}}}}}|{,{{,,{{{,,.({{(((,...}}||}}..{{{((..,|||},..,{||}|||||,..,||},}.|,,|}|}.||{(({{(({(((({{{{{..{||,........)))..)}}}|,|||}||.|,}}}||,|,,..(((.((..(((((...)))))..)).))).,)}))|,|,}}}}............(((((((((((((((...))))....))))))))))),}}}||||}}...||||....))))|||...,.((({{{{..,..,....,,,....,)))))}}.,,{{{{{{((((((((.{((,,....))),)))))))}.||}},.,.)),||,.....{{{{{{...{((....|)),.})}}}}...||||,,|,,,},,.}})}))...,}}}}}},{{{{....})))),)))}),...,}}},..