Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-FGFR2-12:13
Sequence Length
2014 nt
GC Content
0.4071
AGGAAGUUAUUGUCCCAAAGUUGUGUGUCAUGCCCGAAGUGUCUGGGAUCCCCGAGUGCCUGUGGUGCCCAAGAGCUAUGAAUCUGCUAUCAUCAACACAGAGGGUACCUUCUGAAUGGGCUAUGUCUACAGUGAUGCUGCAAAUGGAAGCUAACCCUAGGAUGACUGGCCUCUGACACUUGAGCCAUCCCAUCAUCUGUCAUGGGUUGACCCAUCCAUCCCCUCAAUGAGCCUGACCUUCAGGACCACUGACAGAGGAGCAGUCAAUAGAAAUUAAUUGUUAAAUACCCAGAAAAUCUGAAAUGGUAUUUAAUAUGCAGUUCAUCAAGAGCAAAAGUUCCUUAAAUCUUCAUCUAGAAAAGUUAUUUAUAAGGGAUGAAUAUGUUGUAUGAAUAUGUUGUAUGCAAAUAUUAUAUUCAAGGGCAAGACCAUGAAAACAGUUUAAGAAUCCGACAGGGAAUUAGAUAAAGACAUCGGAGUGCACUUGUCAAAAUACAGCUAUCAAGAAUGAUGAUGUUGAAAAAUAGUUUAGCAAUAUAAUUGUCUAGAACCACAGGGAGUCUGAGAUUUUACCCAACUUGUGAGUUAACAACUCUGCUAUAGCUUCAUGAAAGAAGACACAAGACUCCUGGGUCAGGAACAAAGGUCUCUAAUACUCACAGCAAUAUCAGGAGCCAGAAUUUCAGGAUCCUUUUUCCUGCCAGUUUCUCAAGUCCUAAUUACCACCGAGUUACAGGAAAGGGCCAGGUAACACUAGCACUGCCAUCAGUGGCUGUAUUACAGAACAGGAACUCCAAGCUUAGGAAACCCAAAUCUUUUAUAGUUAACAAUGAACACAUCUGCCAUUGUUCUGAAGGGAGACGCUACCCCAAUCUUCCACACCUGUUCACUAUAUAAAUAUCUGUGAAAAGAUAGACAGAAAAAUAGGUGGAGAAUGCCUCUGCUCACAAGAUGUGCAGAAACGUGAGAGGCUCAUGGAGAACUGUUUCCCUACAAUGACAAAAUGCUGACGAUAUAUUGUUAUGUAAAAUAAAGCAGGCAUUUUUCACCUCAUUUUCAUGAAAUAUAGUGUGUUUAUAUAGAUAUUUAGAAAAGUAUGAAAGGACAUUCAUCCAGAUAUCAAUAGAAGAGUUUAUUAUUUUUGCUAGUUGUAAGUUCAAACUUUUCUAGUAAAAAUAGAUUACUUGUGAAAUUAUUUUUAAUCUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUUGCUCUGUCGCCCAGGCUCGAGUGCAGUGGCAUGAUCUCAGCUCACUGCAACAUCCACCUCCUGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUAUAGGUGCAUGCCACCAUGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGAUUUCACCAUGUUGGUCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGACCUCGUGAUCUGCCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUAGAAUUACAGGUGUGAGCCACUGCACCCCUCCUAAAUGUCAAUUUAAUAACUGAGGGAGCCCUUAAAAUACCCCGCUGACUUCCACACGGGUGUGUAAAAUAGAAUCUGCUCACGUCUUAGAGGAGAUAAGUACAUGCUUAAUGUUCUUAGGAGAGACCUGCCUUUUGACAUGGAAGCUGUGGUAUUGUUGACAAGAGCAUACCUCCUUAAACCAUGCAAACCACGUUCACAUCAAAGCUGCCUACGAAUGAUUAUUUUCCAUGAUGCUAUGCUCCCUCCUGCCUGCCUCAGUGGCAAGUGUGACUCAGCAAGUGUAUCCAGGGCAUCCCUCACUCUUACUUAUUUUUGCCAAAUGCAGUGGAAAUGUAUAGACUUUUUUUCAUAUUUAUGUUGGCUGCAGAGCAUAAAUCUGAAUAGGUUCUCCAAAGUAAGCUUUUUCUGCAUGCAUUUGCUCCCAAUGAUGAUAGGUAUUAUGAAUUGCUUUAUAGUAAUCAUUAUCCUUUUCCAUAUGUUUUACGGUUAGUCUGUGCUAUAAACUUGUUUGAUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-537.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -575.77
Frequency: 0.0000
Diversity: 607.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((........))).....(((((.(((.(((((...(((.((.((....)).)))))((((((.(((((..(((.........)))..........((((((....))))))..))))).....))))))((((((((((...((........)).....((((((.(((((((((..(((.........)))..))))(((((....)))))........(((.((..(((((...)))))..)).))).)))))..))))))............(((((((((((((((...))))....))))))))))))))))..))))).((((....))))........(((((((..................))))))).........((((((((.(((......))).)))))))).))))).))))))))...........(((((.((((((....(((....((((((((((((((((((((((.....(((((((((....))))(((((.(((......(((((((((...)))).)))))..((((((..(..(((....)))..)..)))))).((((((((...(((((((((((((((..(((((.........(((((...)))))....((((((((..................((((...((((...(((((.......))))).....))))....))))........((........)).((((((..((((..........))))..((((((((.....(((((.(((((.(((((..(((((((((...........((((((.((((..(((((..........)))))....((((((...........)))))).....)))).))))))((((((((((((.(((.(((..(((((((..(((((((((((((((((((.((.....)).)))))...(((((...)))))(((((....))))).((((.((((((.((((....).))).))))))))))..........))))))))))))))..))))).))........))).))).))))))))))))((((((..((((((....(((((................((((...(((((((((((((....((((....))))..)))))))))))))...)))))))))....))))))..))))))..))))))))).)))))))))).))))).(((((((...((((((((((((.((....)))).)))))).)).)).....)))))))....(((.......)))(((((....)))))((((((((..(((.((((.....)))))))))))))))((.((((((.((((((((.....((((......((((..(((((((..(((.....)))))))))).))))....(((......))).))))....)))))))).)))))).)).))))))))...(((((.(((((....)))))......))))).))))))...((((((((.((.......)))))).))))........((((.(((........))).))))(((.((((.....)))).)))...))))))))..)))))..))).))))))))))))))))))))....((((.............))))........))))))))..))))).....(((........)))..(((.((...((........))..)).))).)))))))))).))))(((((((((((.(((((((.....................))))..(((((.......))))).(((((...((((.(((((((((........))))))))).)))).)))))....((((....))))..))).)))))))))))....((((((((...(((((((((....)))))))))))))))))..................))))..))))...)))....)))))).)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((........))).....(((((.(((.(((((..{((.,{((((..{{||{,...,{||,||.,||||.,|||}{{{,,.{{||,..........({{(((,,..|||||}..|||{|...{{|,,,,,,||||{{||,.,|||}}}.,,|}}|}.,|,((({((,(((({({((..(({,........)))..)))}|{|||,,,.},}}},},,,...(((.((..(((((...)))))..)).))).,)))),.}})))}............(((((((((((((((...))))....))))))))))),))))}}))),..{(((....}}}|,{{,.,,.((({{{{..,..,....,},.,..,))))}}}..},}|,,.((((((((.{((,,....))).)))))))).))))).))))))}}...........{((((.((((((....(((.,..(((((({(((((((((((((({.....(((({{(({....})))|{{||||{,.....{(((((((({...}))).))}}},}({((((,{{,,,{,,,,.,,,..}..}}))}},(((({(((,..(((((((((((((((..(((((.,.......(((((...)))))....((((((((...,{{{,,,.,....,,((((,..{(((.,.(((((.......)))))..,},}}}}....|}}}........,.}}},....}}.{{{{{{..{(((,..,.,{{,{||},..||||||||},.,,,|,(((((((...{{{.,,.,,.||}...}}....,},....||,,{((((((..,......,.))))))),}}..((({({......,,...}}}}}|,,,|||||}},(({{{(((((((((((,...,.|||.,{{(((((..(((((((((((((((((((.((.....)).))))}..{(((((...)))))|{,{,...,||}},.(((,,((((((.((({....}.))).))))))))))......,,,}))))))))))))))..))))).}}...,,,,}}})}))),)))))|||||||,{,{|||,{{{{.{,{..,,,.}}},||,,,,.,,{,{,((((,,.{{(((((((((((....{(({....))))..))))))))))))},,,})}}.||||,.,,,}}})}{{||{..........,)})}}((((..(((((.((..(((((((...((((((((((((.((....)))).))))))},).)).....))))))).)))))))..))))...{((({....)))))((((((((..{,{.((((.....)))))},)))))))).,,,,{(((,((({{({{{{{..(((,..,,,,{{{(..(((((((..({{.....,),))))))).)))),...,||}..}}}}}}.}}}}.,,})))})))),}))))}))))))}}}}}),,.(((((.{{{{(....}}})}......))))).)}}}}}...((((((((.((.....,,}})))).))))........{(((.(((........))).)))}{((.((((.....)))).)))}..)))))))),.)))))..)))}}}})))))))))}}))))}}..,{({{{,.,.........,}}}},,,...,,|}|}}}}},.}}})}.....|||,,......}},,,||{.|{,,,||,,......}}.|||.,},.}))))})))),))))|||{{|{||{|.,{(({,..}}}}.....,,,,,,,,...||||,,{{{{{|{|{{{{,||,,,{({{{,..{(((.(((((((((........))))))))).)))}.}||},..},,}})},,}}..,}}))),}))))))))),...,|{{{,{{.{((.({.((({{(((((....))))))))).)))))..,,},}..,.....}))}..)))).,,)))....)))))).))))}
Back