Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-HMBOX1-13:1
Sequence Length
1873 nt
GC Content
0.4159
ACUGAUGCCUGUGAAAAUGAUCAUGUAGGUCACAGGCAAACAUCCUGCUACCUCAAGUCCCUCUGUCCAGCCUAUGGACUGGAAAAGCCUCUGGAAACCUUUUCUCUCUGUCUUCCCCACAUUCCUCACCUUUGGGCUGAUUUUAAUGCAGAAAAGACCAUAACAAAUCAGAGUUCCUUCUCUGCUCAGGGACUCCUGAGAAUCUGGAGGAAGGUGUUGCUUGUCCUUAGUAAAAAGCUCAGCCUAUGGAAACACAGGGGCCUCUCCGAGAUACUUUGUCUCCAAAGAAAACCGAAGCUAUUGUUUAUAGACUUUGGAGUUUAUUGUUAGAAAAAGGCUGGAAGAUAAACUGUGCCAAGUACUAAAUUAAAAAAGAAACAAAUGCCGAGACACCCCUGAGUAAGGAUGAAUGUGAAAGUGGCAAUUGAUGCUCAGAGAAUUUAAAUUCUCAUUUUCAGCAAUCCUUUCUUCUUUGUCAAAAAUAAUUUGUUAUGAAAUGUGAAAGAAAUAUUUAUGGCUGUUUGGUUUUCCCCUCUCAUAUGCCAUUUUGCUAAUCUUUACAAAAAUAUUGUAAGGUAGGUAAUAUAUAUACAUAUUUCACAGAUUAGAGGACUAACCUCAGAGAGGCUAAUUGACAAGCCAAGUCACUUAAAUGAAGGUAUUUUUCUCUCCACAUUUUUAUAUCUGUAGCCACAGAUCUAGGGUAAAGGACUAGGUCUGCUUUGUGCAGUACUGAUGAGCUGGUACAAUUCCUGGUACAAAGUAGGGGCUCAGUAAAUGCUUGCUGCAUAAAAGAAUGAAUGAAACUGUAAAAUGAUUAUAACAAUUGUCUCUUCCACCUAAUAGUGGCAUAAAUUGGGAUGAGCUAGGUCAUAAUGUGGAAAAAGCAACCCCAAAGUUUCAGCAGUUCAAAACACAGGUCUGUUUCUUGUAUUCUUACUUGAUGUCCAUCAAAGGUUGGCGGGGGAGGGGGAUGCGGGGGCGGGGGCUCCACUUCACUCCUCACAGUUACUCAAAGGCCGGGGCUGAUGAAGCUGUUCCUAUCUCGAAUGUUGCUACUUAUGUGUAAUGAAACCAUUUAAAGUGGAAGUCACCCACUUCUCUUUCGUCACAACUCAUUGACCAGAACUAUCCCCAUGGCCCCAACUAACUACAAGGGAGCCAGAAAGUGCAAUUGUAUCACGUGCCUGGUAAAGGGUAGAUCCAGAAAUAUUUGGCAGAGGGCACUAAUGACAUCCAUAGGACAUAGAGGUCAAAUGAAAUGAUUUAUAUAAAAAUGAUUUUUAUCACGAGAGGCAGUUAGUGGUGACUGGUGAUUAUUAGGCUUAGCAUGGCCUCAAGUCAUUGUGUUUGCUCCUACAUUAGGCUUCUCAUCAGGAAUUUAUCUUGGGCAAUGAUAGAAAGGCCCCGGGACCUUGUCAGAAGGAAUAUCAUGUCUGAUCCUGAUUCUUUUACACGUGUCAGGAUGGUUUUCUUUCUAGAUGCAAUUUUUACAGCCCCCUAGUCAUGGGAGUUUCUCAACCACACAUAGGUUGGUUAGGAAGCUACUCUCUGAUCAAGAGGAUGAAUGCCUCAAGAAGGCUCAUCACCCUAGUAUGCUUGGAUCCAUCCUAUUCUUAAGUGGUGAAUAAUAUUGUCCCAAUUCCUUUCUUUGCCAAAACACCACAGACUCAUCUGGUUUGAAGAGUUGAACUGCAGCGGUUGAAGACCAGACAGUAGAGUUUCAAGCUCUGCUGGGAUGAUUACUAGGUGGGGAUCUGUGGAUAGUGGAGAAAAGUUCUUACUCAUUUUCAUCAUUGAGUAUGGGCCAGUGGCAUAGGUCAGCUGGAAUUUGACCAGAUAAGGUUCCCAUGUAUCCUUUUUGGCAGAUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-532.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -568.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 563.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((((...............)))))))))....(((.(((((((........((((((((.....))))).)))...(((.((((....((((((((((((((((((((((.....(((((....((((.........(((((......(((((((((((((((......)))))((((((....)))))).....(((((((((.((((((((((((((.(.......(((.....))).....((((((..((((.((((((...)))))).........((((((((((.....)))).))))))((((((((.((((.......))))..))))))))((((...))))........................))))..))))))).)))))))))...(((((((((((.....))))..((((((....))))))))))))))))))))))))))).............))))))))))((((((((.(((((((((((((((((((((...((..(((((((((((.....(((((...((((((((.....))))))))..)))))........)))))...........((((.....)))).))))))..))....)))))..)))))..))))))........))))).).))))))).....))))))))).(((((((((.........))))))))).(((((((((((...((..((((((.....(((((........))))))).))))..))...))))))))))).((((...(((((((.......(((..........)))....((((......))))......(((((....(((...((((...))))....)))...))))))))))))...))))...........(((((((((((.......(((.((((((......((((((..((((..(((((((.(((((.(((((((((((((........((((((..(((..(((....)))..))))))))).............(((((.((....)))))))...........)))))).)))).))).))))).(((.((((........)))).)))..)))))))....))))..))))))....(((.(.((...(((((..((........((((.((((...((.....)).....)))).))))))..)))))..)).).)))...)))))).))).......(((((.((((......)))).)))))....))))))))))).....)))))(((((((((((((((((......)))))..((((...((((((...((((...))))........(((((.....)))))(((((....(((((((....(((((...(((((((((((.((((.......(((((((.(........).))))))))))).)))))))).)))...........(((.(((.......))).)))..(((.((((..(((((.(((.....((((((((((((.....))))(((((..((((.....))))))))).....)))).))))....))).)))))......)))))))........)))))....)))))))))))).))))))....))))..((((((((.....((((.....))))......))))))))((((((((((...)))))))))).))))))))))))))))))).....)))))).)))))))))......(((((.((((....)))).))))))))).)))..)))).))).)))(((((.(((((.((((...........))))))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((((((...,.......,...)))))))))....(((.(((((((......,.,,,(((((.....))))).))}...(((.((((....(((((((((((((,....(((((.(((((((((.,((((({.......{(((({,,,,,,((({{(({({(((((.,,,,,|}}}}((((((....)))))).....(((((((((,(((((((((((({(.{.....|,,,,,||,.||,...,.((((((..((((.((((({...}))))).........((((((((((.....)))).))))))((((((((.((((.......)))}..))))))))((((...))))........................))))..))))))|,}}|||||,,...(((((((((((.....)))}..((((((....))))))))))))))))))))))})))),,|,.........|}}}}}}}}|(((((((,.{{{{{,{{{,,(((((({{,((,,....{({({{|{{{|,,||.(((((.{{((((((((.....))))))))}.)))))..,.....})))},,,...,,...((((.....)))).)))))),.}},,}}},))))}.,|||,,,...,},}}}}}},}}))}.},})}))}}.....||||||||,.(((((((((.........))))))))),(((((((((((...{{..{{{{{|,,...{((((.|....}.))))))}})))}..}}...))))))))}}}.|,,,...{{{,,{({,,,...,,|,,,...,,||||,,,,.((((......)))).,,,,|{{|,({{{{(,,,{{((.{{{{|||||...|||{,.|,|,,||},|||.{{||||,...{{{.|{,(((({{({{((,......{((,(({{{{......((((((..((((,,(((((({.(((((.(((((((((((({........{(((({..(((..(((....)))..)))}))))}.........,,,,(((((.((....)}))))},....,,,,..}))))),}))).))).)))}|{{{{,((((........)))).,}}..}))))))..,,))}}..})}})}....|||,|,||...{((((..{{{,.,,...(((((,{....|||},...||||...,,}}}))}}},,,)))))..}}.,.}})...))}}}}.}})|||,.,,{{{{{.{{{{......}}}).})))}.}}.))))))))}}}.,,})),}))))|{|||{,.,.(((((......)))))..|}}},)}}|}}}},,},)})))))}))))})))}}|,{{|,,,,,}||}|(((,,,...,,,|,{|}}}.|||||,,|{{{((((((((.((({..,,,,{(((((((.(........).))))))))))).)))))))).))}}},.......,,))}}||||,,,.,||}(((((((.(((((,,{....)}))))).))))))).,,((((.....))))(((((..((((.....))))))))),,||,||.,.,,},||,.,{||||,,..,....||||||,........}}}}}....}}}}}}}}))}}....}))}}),},,,..((((((((.,{..((((.....))))..})..))))))))((((((((({...})))))))))}}}}}....,.)))))))))..))))))))).))))))))).,,.,,(((({.{{{{....)))),)}))))))).)))..)))).))).)))(((((.(((((.((((...........))))))))))))))...
Back