Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-IRX3-80:14
Sequence Length
464 nt
GC Content
0.7435
AUUGUCAUGGAGACGGGAAGCUGGCUGCAGCGGCGGCGGGGACCGUGGGGCCGAGGUGGCUGCCAGCCGGCCAAUGUCUAAGCGAGGCGGAGCGGCCCAGGCGGCCCGAGCCUGGGGGAGCGCGCAGCCGGCCAGUGGCGGCCUCGCCGGCGGCCUCUUCCCGGGCUCGCAGUAGGCCCGAGUCGUCGCCGGGAGCUCCUGGGAGCAGCGUCCCCGCCCUGCUCCCCUCGCUCCCGCCUCUUGCGGCCCCACGGCCCCUCAGCGCCCGCCCCCGGCUCCGCCCGCCGCAGCCGCAGCCCCUGGCGCUAACGGUCGGUAACGGCCCGCGCGCGCCGCCCGCCGGGGGCUCGCGCCAGCCACGAGGGAGCGUCCGCGGCCCGCGCGCCCGCGCGGCGGAGGAGAGGUGUUAAGUGUGAUGCUUCCAUAAUACAUUUGGAUGCUGUCAGCUAAGUUCACUUCUGAAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-250.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -259.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 143.41
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((.(.((((..(((((((((....)))))((((.((((((((((((((((((((((.((((.....(((((.....)))))...))))...)))))))((((((((((((((.((.(.((((((.((.(....))).)))))))))))).))))))))))).....(((..((....)))))((((((....((((((((.((....)).))))))))...)))))))))))....)))))))))))))).)))).)))).).))..(((((((.(((((.(.(((..((((((((......(((((....))))).(((((.(((.((....)).))).)))))..)))).).))).))).).)))))..((((....))))))))))).(((((((...(((.((((((.((((.........)))).)).))))))).....)))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,..((,(.((((..(((({{{{|,}}{|||||((((.(((((((((((,{(((((({...}})}}))..,.|,...,,((((((((((({(((((((.......)))))))((((({({..((((,(,...},)))),,}}|(((((((..((...{((((||......))))))))..)))))))}|,))))).((((((((.({....)).)))))))).,))))))))))))...))))))))))))))).,,,}}))))})}))).|||||{({(((((.({{((.,(({{((((|,....(((((....))))).(((((,({{,{({,,,|}|}||,|}|}}..}}|,.}.)}}.)),,),))))).,||||,,..))))))))),}.(((((((...{({.((((((.((((.........)))).)).))))))).....)))))))....
Back