Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-IRX3-80:20
Sequence Length
1023 nt
GC Content
0.5152
GGACCGUGGGGCCGAGGUGGCUGCCAGCCGGCCAAUGUCUAAGCGAGGCGGAGCGGCCCAGGCGGCCCGAGCCUGGGGGAGCGCGCAGCCGGCCAGUGGCGGCCUCGCCGGCGGCCUCUUCCCGGGCUCGCAGUAGGCCCGAGUCGUCGCCGGGAGCUCCUGGGAGCAGCGUCCCCGCCCUGCUCCCCUCGCUCCCGCCUCUUGCGGCCCCACGGCCCCUCAGCGCCCGCCCCCGGCUCCGCCCGCCGCAGCCGCAGCCCCUGGCGCUAACGGUCGGUAACGGCCCGCGCGCGCCGCCCGCCGGGGGCUCGCGCCAGCCACGAGGGAGCGUCCGCGGCCCGCGCGCCCGCGCGGCGGAGGAGAGGUGUUAAGUGUGAUGCUUCCAUAAUACAUUUGGAUGCUGUCAGCUAAGUUCACUUCUGAACUAAGGGGUUCCUCCAAAUGUUGGCUGAAAUUCAUCCCAAGGCUGGUCUGCAAAGUCUGCAAUUCAUAAUGGAGCUACUGUACUGGCUAUUGGAAGGAGGAGAUUCUGAAGAUAAGGAGGUAAAACCUGUUUAGAAAUUAAAAAUGAGUUACGAUUUAAAGAAAAUUCAGAUGACUCAUUGUGAGUGCUAGUUCUCUUGUAGGAUGCCACUGGAAAUGUUGAAAUGAAAAAUGUAAGUAUAUCUUUUGGUGGAAAAAAGGAUAGUCUCUAGGACACAAAAUUACUGUUUUAUUUUUUUCUCAGGAGUUUGCCUAAGGGUGUGACAGAUGAUCUCUGUCACUUGUCUUAGUUGUGUCCUGCAAUAAACUGGAUGCUUUAUAAAAUACUAGACCUGUGAUUUCGUAUGCUGUAAUAUUUCAUUUCUCCAUCACCCCUCCAAAUUAUUUCUUAGUUUGGAGUAAAAUAAUAAAUGUAUUAUAGUCAACAUCUCUUGACCCCUCUUUAGUUUCAGCUAAACUAAGCAUGUGUGUUUGUGUGUUCAUUUUAUAGUUCAUGUGUAGAACUAUGUGAAUUAAAUUUAAGAAACAUGUAAAGUAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-381.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -400.73
Frequency: 0.0000
Diversity: 313.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.(((.(((.((((((..(((.(((..(((....))).))).).))(((...(((((.(.(((((.(((((.(.((((....((((.((((.((((.....((((((..((...(((((.(......))))))))..))))))((((((....((((((((.((....)).))))))))...))))))((.....)))))))))))))).....)))).).)))))))))).).)))))...))))))))))))))).)).))))))......(((..(((((.(((.((....)).))).)))))..)))..(((((..(.(((((....(((((....)))))))))).).(((((((((....))))))))).((((((((((((((((...(((((((((((((....))))))..((((...))))......)))))))....)))))..(((((.........)))))(((.(((((((.(((((((..(((((.((..((((((........))))))...((((.((((...)))).)))).........((((((((((((.((......)).)).).))))))))))).)))))))))))).)))).))))))....((..(((..(((((((((.((...((((((((((((((.(((((((((((((((.....(....)......)))))))..))))))))))))))).....((((((..((((((((.....))))))))...))))))..((((((...........)))))).....(((.(((.......))).))).)))))))...)).)))))))))..)))..)).((((((((((.....)))))))))).........))))))))))).(((((......)))))))))).(((((....)))))(((..((((((.(.((.....((((((...(((((((.......))))))))))))).......)).).))))))..)))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.(((((((((((,{(((((({,..||}}}}}..,,|,...,,{((({(({((({({({(((,,...,,|||}|||(((({{({,.(((({({.,.||}}}),,|}|{((((((..((...((((({{......))))))))..)))))))||{||}}}.((((((((.({....)).)))))))).,})))))))))))..,)))))))))))))|(((.{{{{,{({{|||||(,,{({,,(((((.(,(({.,(({{{({{.....,||{{{....))))}.(((((.({{,{{.,,,))}))).}))))..}}},.|.}||.}}},},}}))}.,||||,},.)))})))})}}|(((((.((((((.,,({((,,.,.((((((((((((((((...(((((((((((((....))))))..((((...))))......)))))))....)))))..{((((,,...,{,.||}||{({,(((((({.(((((({..(((((.((,.{{{{{{,,,.....))))||...((((.((((...)))).)))).........((((((((({((,((.....,)).)}.}.))))))))))).)))))})))})).)))),))})))...,((..(((..(((((((((.{{...((({((((((((,,.,,,,,||||||||{{,,.,,{{{{{{,,,,{.,|||,,,..,,,,},,,,))),})},,,,({{{{|,.((((((((.....))))))))...)))))),,|}})))}},,....,},}},})),,,,,,..,{{{.,,,...,,,.,,,.))))}})...)}.)))))))))..)))..}).((((((((((.....)))))))))).........))))))))))).).,,.)))).)))))).)))))|((((....}}})}{((..((((((.,.{{.{,..((((({..,(((((((.......)))))))))))))...,,..}}...))))))..))).,,,
Back