Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-IRX3-80:29
Sequence Length
2705 nt
GC Content
0.3516
GCCCGCCGGGGGCUCGCGCCAGCCACGAGGGAGCGUCCGCGGCCCGCGCGCCCGCGCGGCGGAGGAGAGGUGUUAAGUGUGAUGCUUCCAUAAUACAUUUGGAUGCUGUCAGCUAAGUUCACUUCUGAACUAAGGGGUUCCUCCAAAUGUUGGCUGAAAUUCAUCCCAAGGCUGGUCUGCAAGUGAGUGUCUGCACACAGUUUGCUUGUAUGUGGAGUCGAUCCAAAAUAGCAUCAAUGUUGGUUUUACCAAAGUAUUUAUUAUUGAUAAUAGAGGCUAAGUACAAAAUGUAGAGAAUGUCAGCUACUUGAGGCCUUUGAUUAUUAAAAAUUUUAUUAAUGCAUUAAACAAGAGUACAGUAAAUAGAUAAAUUUUAGGUUCAUGAAAUAAAACUGAAUAAUUUAUUUUUACUUACUAUUUAUCAUGGAAUUACUUUGAAUAAUUUAUUUUUAAUGGUAUAAUUGGACAGUAAAAUUUAUAAACUCAGUGCUUUUCAUAAAAAUCAAAGUGAAGUUUGUAAUAUUUUAUACAAAUAGAAUUAUUAUUUAAGAGAAAUAACCUGUUUAUGCCUAAUUACAGUUUUUAAUCAUUUCAGUUACCUAUUUCUUUUAAGAAUAAAUUUAGUGGGAAUAUCAGUUCCAGUCAUGGGUACCAAACUUUUUUAGUGACAGAGUACACACAGGUAUGUAAAACUUGUCAUUUCUCAUCAAAUAGAGGCUGCUGAAUAUAGGCAGGUAAGAAAAGCUAUGAGAAAGAAUUGUUUUGCAGAAUAUUUGUCUAGUUGUCAGAGCAAGGAACUGAAUUUAUUGACACAGAACAUUUUAUUAAGUAAAAAAAAUGGUUCUUAUAACAAAAAAAAAAGCUAAUUUUACAGAAGGCAGUAGUUAAUAUAGCCGCCAAUAAAAUAAAUGUUUCUCUGAAUACUUUCCGAGGCAUUACAGUGAUUUUUAACUAAUAUGAAGUGAUAUAUAAUAAUUUUAAAGUAACAUCCUUGAGUUUUCCUAUUAUUAAUUGCUUAUGGAAAUUGGGUUUCACGUAUGACUGAGAGCUAAAGCAUUACAGUGAGUUAGAAAACACAACACAAAUGUAAAGAAAAUGUUAGGUGGUGAGUAAUCUGAUUCCUUUUUGUUUGCCUUUAAGCUUAGUUUUUUGUUUUGUUUUACUUUGUUUUAAACCAUGUAUAAAAUUGUUGAAUUUAAAAGAUAAGAGGAUUAAGUAAUUUCUUUUUUCCUCCUAAGGAUAAAUGUAGGAAAAAUCUAAACACAUAGGCAGAUUGGUUGAGUUUUAUAUCUGUUAUCGGCCACAUUUAUUAAGAUUCAUAUUUCAUGUAUAUUAGAGGUAUUCACAUGUAUUAAAAUUCUUAUAUUCCUUCUAUAUAAAAUAGAUGUAGGGGGUUCCCACUCUUGAAAAUAUGAAGAAAAGAUGUCCUUUCAGCAAUAAUGGGUUAUGGUUGAUUAACUGAGAAGGUUGUAUUAAACGUUCUCUAGUAGAAAUGGCUAAAGAGCAUGCUUUUUGAGAAGUGUAUCAUCUAGGAAGAAAAUCAAAUGGAGUAUUGGUAAUUAAAUUGUAAUUCCAUGAAGGAAGGAAGUGGUGCAAAAGAUGAAGCUAACUAUUCCUGUUUUUCUUUUUAAGAGUCUGCAAUUCAUAAUGGAGCUACUGUACUGGCUAUUGGAAGGAGGAGAUUCUGAAGAUAAGGAGGUAAAACCUGUUUAGAAAUUAAAAAUGAGUUACGAUUUAAAGAAAAUUCAGAUGACUCAUUGUGAGUGCUAGUUCUCUUGUAGGAUGCCACUGGAAAUGUUGAAAUGAAAAAUAUUCAGCCGUUGGUCUUUGAAAUUUCCUGUGAUGUGUUUCAAUCUAGAUGCAAAGAACAUGGAAAAAUCAAAGUGCUCGAGUGGUUUAAAUAUGUUUUGGGAGCCUCUUUAUUCAAAAUACUUUUAAAUGCAGUGCAUAAAAAUAGCAGGCCACUUCCACUUGCAGGCUUUUGAAGCUGGAGAAGACUUGUUUUUCACAUGAGGAAACUGAGUCCCAGCAAGGUGAAAUGACUUGCUAGUAAGUGAUACGAUUAAACUUAUUUUUUGACUCCAAAGCACAUUCUGCCAACUUGAAGAUGCUUGUCCCAACUUCUGGAAAUUCACCCUAUCAACGUCUGUAUCACAACCCCAUUCUUAAUAAUAGUUUCUUCACAUUAGAAAUAAAUGUCAGAAAUAAAUGUCUACUUGUCAUUUGUACAUGUCAUGCAAACAUCUUGGCACCAGAUAUGGGUACAAGUAGAAAGCAUCAGCGUGUUCAUCUAAGAACUGGAUUUUAUCCAAUGGAAUGUUCUGUUUAUUCAUUGCUAUUCAUGCAUACCUGCUGUGUUUUAACGUUGUGAUAAAUCCAGAGAAUCAAAUAUGAAUAAAAAUACUCCCUGAAUUCAACAAAGUAGGCAUUGGCUCUGGCCAGGGGACAAAAUGUUAAAUGGCAUGCAGUCUUCACCCUGGCACAACUUGAAGCUUAUCACCUAUUGUAGAGAUGAAGCCAUAAACAGAUCAUUUCAGCACAGCAUGAUAAGGGGGAGCUCCAGGGAUCAUGGUAGUACAUGGGCCCAGUCCCUAAUUAAAUCUGGUGGAGUGUGGGCAAAGUUAAGGAAGGCUUCCUAGAGGAGAGGGCAUUGGGGUUGAUCCCUGGCAGGAACAGGGCUCCAGGCAAGGGGAACAAAGACCAGU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-671.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -730.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 749.39
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.(((((((...((.(((....((.(((((((((.(((.((((....))))))).)....(((((((((....)))))))))...........)))))))).)).....((((((....))))))..(((((((((((..((((((((((((((((.......(((((((((((((((((((((((((..(((...((((......((((.....))))....))))....)))((((...))))((((((((.....(((....(((((((.....(((((((((.........(((((((((((..(((((((((((((........)))))(((((..(((((((.(((((.....(((((((..(((((....((((((((.........)))))))).)))))..)))))))...(((((.(((((((((((((((((((((((((((.....(((.((((((((((((((((...((((((...........)))))).))))))))).))))))).((..((((.(((((.(((((((((((((..(((...(((..(((.........)))..)))..))).....)))))))))))))))))).)))).))(((((....))))).)))....))))).(((((((((((((((((((((...(((((((((((((((...((.((((((((........(.(((((.......))))).)..........))))))))))...))))))))...)))))))........((((((((((((((((.((((..(....((((((((((...........))))).)))))....................((((((.....(((.(((.....))).))).....)))))).((((((((...(((....))).))))))))...(((.(((((((((....((.((((........................(((.(((((................))))).)))..((((.(((((........))))).))))..)))).))...))))))))).)))....((((((.((((.....(((((((........)))))))..)))).)))))).)..)))).))))))))))))))))...)))))))))...(((((((......(((((((((............(((((..(((......)))...)))))...((((((((((((((((.(((((...(.....)..)))))...(((((((((((..(((........)))..)).))))))))).....((((((((((...)))))..)))))........))))))))))((((((((((.......)))))))))).......((((.(.....).)))).....))))))))))))))).......))))))).....)))))))))))).........(((((.((((.......)))).)))))(((((((....)))))))......(((((((((((.((...(((((((((((.......(((((...((((...........)))))))))........))))).)))))))).)))))))))))(((((((.(..(((.((((..(((((......))))))))))))...).))))))).....((((.((((...)))).))))...)))))))))))))))...)))))))..))))).....(((((...)))))))).)).)))))))..)))))..(((((..((((.........)))))))))((((.(.((((((..((((....(((......)))....)))).)))))).)))))...))))))))..)))))))))))....)))))))))..)))))))....)))))))))))....((((...)))).......))))).))))..))))))))))))......(((((....((((((.(((((......))))).))))))))))).((((((...(.(((.(.(((..((((((((((..............(((....(((((..(((.........)))..))))))))(((.....))).................))).)))))))...................((((((.......))))))......((((....(((((((((((((....((.((((((.((((......((((...(((....)))...))))......))))..)))))).))........((((((((.(((((((((((((.......))))).........((((((....))).)))......))))).)))))))))))...........(((((...............))))))).)))))))))))...))))((((((((((...(((((....)))))...)))....)))))))...))).)))))...)))))).............)))).......))..)))))))).)))))).....)))))))))))((((((((((......)))((.((((((((((.......(((((.(((((.(...............).))))))))))....)))).)))))).)))))))))))).))....))))))).)))..)))..............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((.(((((((,..((.(((,...((,({({(((,(.({((((((....))))))),).,|{(((((({{,.,,.||||||,|||,.........))))}))},)),,,,.{{{{||,,,,)}}}}}..(((((((((((..(((((((((((((({{.,,....(((((((((((((((((((((((((..,,,...(((({{{,{.((((.....))))....}|||....)))|(((...)))|((((((({....,(((,,,.(((((((.....(((((((((.........{((((((((((..((((((((,{{{{...,,,,.|,,||(((((..(((((((.((((({,..,((((((({,{{(((,...,......,.}}}},.,})))))))}}}||||{.,||||{{{({(((((,({{{{{{{{{{(((((((((((,,,...|}||||.|||||{{{{(({{{(({((,({{({{,....,|||.{{{|{|||||||||||,.,,,}}})}}}}}|{((.(((((.(((((((((((((,.(((...(((..{((.........}}}..))}..))).....)))))))))))))))))).))),(((..((((((((((((.{{,.(((...}},.}}}.....,||((({{,,{,...((({{{{((((((((..,{{.((((((({........|,(((((.......))))).|.......,..})))))))}}...)))))))}...))))))),}}.}}}))},,}}..))))))))...))))..)))((((((((((.{{......}.})))),}))))...{((((((.((((((((((.{({{..(((((((({{({{,.,.,.((((((,,,,.....((((({((,,.(((....))).))))))))...(((.(((((((((....((.((((..............,.........(((.(((((................))))).)))..((((.(((((.,,...,}))))).))))..)})}.)},..))))))))).))).,{{....|}}........}}}}.))))))..,},,,)))}},,,,,,,,,,}}))))))))).)))))))))).)))))))})))))))}}}},{{{|||{.,|,,,|{{{{{{|,........,,,,(((((,.{{(.....,|}},,,|||||,{{(((((({(((({((({..,{((,......,,},.|||||{{{(((,,,,,,,,..{|,..}}}}}}),}..},.|||||}},,,,...((((({{((,...,}})}..)))))........,)))))))}}((((((((((.......))))))))))..,,.,,{(((.,.....}.)))}.....)))))))|||||}||,......)))})))},...((((((((.(((......))).))))).)))...{{{{(((,..,|||{.((((({({.(({.{{{{...{(({{{{{{{{{{.{{...{|||||||||{...|..,|{|||,||||||,,.,,,,|||||||||||},........))}}),)))))))}.)))))}}|}},|||,,,|}|}.|||.|||.}}|||,,.,,,..)))))))),}})}}}),)))}}}}}}}},{(((.((((...)))).))))...,|}},,||||||||{.,{|||,,,,.,)}})).}.)))}}}}}}.}})))))).)).)))))))..))))){{,{((,{{((((,,,......,}),))))}|||,}|,}||,|,...{(((({((..,.(((.({......)),))).,..))).)))),))))))))..))))))))))),...)))))))))..))))))),,,.))))))))))),...||||,,.))),.......)))))},)))..))))))))))))......(((((....(((((({(((((....}})))))}.)))))))))).,((({{...,{||||,|{{,,,(({{,,,,,,...,.,,,,....,{{,..,.(((((..(((.........)))..))))),||({{.....}))....,}},.........}}},}|}}})).....{{.,{{{.{{{{{{({((((..{{{{{,,,,.,.}}}}}{|||,,..(((((((((((((....{(.((((((.((((......((((,|.(((....))),,.))))......))))..)))))).}}.....,..(((((({{{(((((((((((((....,..}}}})...||.,,.|,.||{....,}},)}},.....))))).))))))))))).{,.{{,....{||,,............,}.,)}).}},}}))))))))),,,||||((((((((((...(((({....}))))...)))....))))))).,,....}|,}},..,,,.))))))).)))))).)))).......)),.)))))))).)))))).....))))))))))),(((((((((......)))|{.((((((((((.......(((((.(((((.(...{........,..).))))))))))....)))).)))))).}})))))))))).))....))))))).)))..))),.............
Back