Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-IRX3-80:32
Sequence Length
4544 nt
GC Content
0.3440
GGAGCGUCCGCGGCCCGCGCGCCCGCGCGGCGGAGGAGAGGUGUUAAGUGUGAUGCUUCCAUAAUACAUUUGGAUGCUGUCAGCUAAGUUCACUUCUGAACUAAGGGGUUCCUCCAAAUGUUGGCUGAAAUUCAUCCCAAGGCUGGUCUGCAAAGUCUGCAAUUCAUAAUGGAGCUACUGUACUGGCUAUUGGAAGGAGGAGAUUCUGAAGAUAAGGAGGUAAUAUUAUCUCUUUUAAAAGAAUACUUUCCUCUGUAAUCCUGAAUCUUUAUUACAUGUAAGAACUUUGUGCAGUAGACAGCAAUUUCUUUGAAUUUGGUAUAUGGAAACAAUUUUAUUUUCCUCUGCUAAGUUUUUGAGCCUGCCUCUUCUAGUGCCAUGGACUGCAUUGGUAGAGCUGAGAAAUAUCAUUUAGCCAUACUCAGCACCCUUAAAAUAGCUUCUUUCUGAGAAUUAGAUCUGUGAAGGUGUCCUGCACAGUUCUUGUAGAUGUCAUUUUAGUUUGUGGUUGACGUGCAUGCAUUUAGCAUGUUGCUUAACCGUCCUCAUUCGCCUCCCAGUUCUUUGUUGCCUUCAUUUGGGGGGAUGUGUUUUCUGCUGGAUGAUUUACUGCUAGACAUGACCAAACUCUGAGUAUAAGACUUGGUGUUUGGCAGCUGGUUCCAGUGCUCUGCUGAGAAGUAGUUGGGCCCAGCCUGGGGCAUUGUAGUGUCCUGGAGGCCGGGAGCUCCUGCACAGGGGUUCUUUUCCUGGUUCAGAGCCUUAGGUGCCUUUCCACUUUUCACGUAAUCUUUUCCUAGGUUGGCUUGCUGCUUACUUUGCAGCUGUUGCAGGGAUUCACAUGGAAUGGAGGGCUCCCUUUUAUUGUGGAUUAUUUCUUUGAUAAUUUACCCAUGUGCUUUUUCAUUUUCAAAAACCCAGUGGUGUUUAAGAAUGAAAGAUUCUUGAAGAACAAAAAUUGGGUUAAAUUUGUAUCUAUCAGAAAAGAUUCUAUCCUCUGAUGCUAUGUAGGCACAUUGAAUAUGCAGGCUAAAUUAAAAACAGAGUAAAACCUUUUUAUAAUAUGCCAAUUACUAUAUCUAAGAAUGUUUAUACAGGCUGAAAUUUUGUAAUGGUAUUUAUAUCUGUUUUCCUUUUUAAGGAAAAUAAUAUACUUUUCUAGGCAUCAAAAAUAUCUGCCCCUUUCACUAAUGCUGAUGUACCACCUUCCCCCAACCCCCAACGCUAAAUUUGACUGGCUUAAAAACAUCUGCCCCCUGAACUAUAUCUGGGGAGGAAUAUUAAUAAAACAAUGAAGGACUUCAUGGUGUCUAGUUAUAUAAUUAGGAAAUUGGUUAGAAACGUGGCUAAAACCAGUUUCUUUCAUUAAAAGAACUAGUGUACAUUUAAAAACAAAAACCUUCAGGAAAAAGACUCUUUGAUCUUUAAGUCAAAUAGUAUUUUUGGUUAACACAGCAGGAAGGGGAAAUAUACCAAUUUCAGAUUCUUUUAUUUAUGCCUAAGUAGAGGUUGUAAGCAGCUAAGGAAGUGAUUAAAAUGUAGUCUAGUAAAAAAUGGUGCUGAUUACUUGGAAAGCAGUUUACAUUUGCAAAAAAAUUCAGUAUUAUGACCUUCACCAACUUUUACACAUCAUAUACUUGGGUUAUUACUUAUGGUAUAGCUUGUGUAUGGAAUGCAAGGGUAUUUUCAAAUUGACUAGGUCUUGCUGGUCAUCUUAAAAUAUGUUACAAUAUUACAAAAUUGAAAUGUAAUAUUUUUUAAUAGAAGGAAAAUAUAAAUUUAAUAUCUGGGCAAUUGAGACCUUUAAACUUACUUUAAAAGUAUGAUCUUGAUGUAUAUGAUACUGUUUUGUCUUUGCUAUAUUAACAGAAUUAGAGGGGUGUUCUGCAAUUCAAAUACCUUAUAUAUUCCAAAUUUUAUUCUCUAUAAUGGACUUUUAAAAUAAAAGGUAUAUGUGCUUCAAGAGGGCAAAAUUUGAAUCAUGAGCUAAUUUGCUAAGCAUCAGAUUAUAGAAAAGCAUCCUUGAUUAAUUUGGAACUGUGAAAGGGGGCGGGUAAAACUGUUUUCUGCAGAAAUUUACUAGUGCAGCAACCAUUUAAAUUAAAUGUUUGUUAACAUAAUAGUGAUGGCAUUUUCUCCUCCCCCUCCUUGUGGUUUUGUCCAACUAGAUGUUACAGUGGCAGUUGCACUGACUGUUAAGUGUUUAAAUGAUGACACCAUUAUGUGAAGUGAUUUUGAAAUGAGAGAUUCCAGCCAAGAAUUACAUCUGCUCCCAUCUCCUUCAAAUCAUACUCUCUGGCAGUACAGAUUAUGAUUGAUUUGUUUGUGACAGAUUGCAGGAAACAGUCAUUGAUUUUUCAAUAUUUUACCUUAAAAUUAUUUACAGUUGUAACCAUGGGGAGGUAUUUUCAUGGGCUGUCAGCCCCUGAAAGACUAGGAUAAUAUUCCCUGCUCUCUGACAAGACAAAUUACCUGUAAUGAGUGCAGUAGCUGAAGGGUAUACUUUUAUUUUAAAAUAUGUCAAUAACCCCAGUGACUAAACGAAUAUUGAUUUAGCAUAAUGAAGCCUGAGUAACGUGAAAAUGAGCUUUUUCAAGGGGCAUGGUAAAGUCUUUCUUUUUAGCUGGUUGUAAGAAGCUUUUGAUUCUUUUCAGCCAGCUGGUAGGAAUAUAGAAUUUUAUAAGCAAACCAUCAGGAAUGAUAGUGUUGUUUCUGAUAAGCAACAUCCAAAUAUUUUGACCCUGCUUUUAGUGGUUUUUUUCAAAUCUUAUUUUGAGUCUUACUUUUAGUCAUAGAAUAGCUACUGAUUUGAUGCGGUCUUUAACUGACUUAAUAUUUUUACAAUUUCAAUAUAUUUUGCAUUGGAAUCUCCAGUAAUGAAUAUUAAAAUAUAUGUACAAUCAUUUGUAGAUGAUAUCAAUUAUAUUAAGACAUUUCAGAUGGGCUAUUGUAGUAUUUAAUGUGCCGUAUUUUAUGGUAGAAUAAUUCUCAGUCUCUGGACAUCAAGAUUGCUUUCAGUGGGAAUGAAGAUUAAUUUACUUCAGUCCUGAUUUUUUAGGCAUCAAUGCAUGUUUUCAUUUUUGUCAGACUUUUACCCUCUUUUAAUGUAAUUCUCAACUUCUUAUGGAUUUACUUCCCAAUACAUAAAAUCCUUCAAAACAAGAAUGAUAAUAAUUUUUAUACUUUUUAUAAAAAUAAAUUUAUUUUUAGUCCAUCAAGGUGUCUGAAGAUUUUAUGCCUAGGUAUCUCCAUAUCUAACUUGAUAAGGAAAAUAGGAUAAACAAUGCUGGUAAUAGCAGGAAAGUAAGUAUUUGAAUAAGAUGUCAAACUGAUAUUUCAUGUGAACCUAACUCAUUUUAUGGUAACUAAUAAUUAUCUUAUUUAAAUCAAUAGGUAAAACCUGUUUAGAAAUUAAAAAUGAGUUACGAUUUAAAGAAAAUUCAGAUGACUCAUUGUGAGUGCUAGUUCUCUUGUAGGAUGCCACUGGAAAUGUUGAAAUGAAAAAUGUAAGUAUAUCUUUUGGUGGAAAAAAGGAUAGUCUCUAGGACACAAAAUUACUGUUUUAUUUUUUUCUCAGGAGUUUGCCUAAGGGUGUGACAGAUGAUCUCUGUCACUUGUCUUAGUUGUGUCCUGCAAUAAACUGGAUGCUUUAUAAAAUACUAGACCUGUGAUUUCGUAUGCUGUAAUAUUUCAUUUCUCCAUCACCCCUCCAAAUUAUUUCUUAGUUUGGAGUAAAAUAAUAAAUGUAUUAUAGUCAACAUCUCUUGACCCCUCUUUAGUUUCAGCUAAACUAAGCAUGUGUGUUUGUGUGUUCAUUUUAUAGUUCAUGUGUAGAACUAUGUGAAUUAAAUUUAAGAAACAUGUAAAGUAGAGGAAAUAGUUUUCUGGAGAAAUUUUUCCUUUUUGGAUAUUAUGCCCUUUUCCAUUGCUUUUCUCUGCUUGAAAGCAAAAAAAAGUACCCUACCCCUGUUCUCCUUUAGGGAAAAACUAUUCCUAUAAAGUAUUUUUAAAUCGUGCAAGUCAUUGCCUAGGGUUAGCUAAAACAUUUCUUUUUAAAAAGGAGAAAAUGCCCUGGCUUUAACAUUUUCUUGUAUUUGUAUCUAUUAAGAUAAACAGUUUACUUUGAUACAGUACAUACCAAUCUACUUAAUUUUUUUUCCAGGAUUCCUUUUACUAUGUUUGGUCUGACCUUUUAUGAUAACUUAAUAUGGGAACAAAUUAGCAUAUAAUUCUAUUUUCCAUGUGACCUCAACCAGUUGCAGAAUUGUACCACUACUUUAGGGGGGGCAAUUUGACAGUUUAUGUAGACUAUAGCAUUAAUUGUUCCCAAAUGUUCAGUGCAUCCUGGCUAAUGUGUUAUUGAAGGUGUUUUCACGUAAGCAGUUAGAGGAAGCACUUCACCCCUAUUACUAAGUUAUUAAAAUGCCUCCUAAAGGUAGCAUUUUAAAUUAGUAUACAUAAUUGAUUAGUAAUUUGUCUUCUCCCAAGCAUAAAACAGCAUAGCAGAGUUAAGUGUGACCAGUGAAGUAUAAGAUAUUAGGGAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1162.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1252.17
Frequency: 0.0000
Diversity: 1248.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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