Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-IRX3-80:42
Sequence Length
709 nt
GC Content
0.3709
GUCCACGCCUGUUCCCUUCGUCGCCGCGGCUCUCGUCCGGGACACGGCUUUCCGGAGUAGAGCCCUUGGAGGUGUUAAGUGUGAUGCUUCCAUAAUACAUUUGGAUGCUGUCAGCUAAGUUCACUUCUGAACUAAGGGGUUCCUCCAAAUGUUGGCUGAAAUUCAUCCCAAGGCUGGUCUGCAAAGUCUGCAAUUCAUAAUGGAGCUACUGUACUGGCUAUUGGAAGGAGGAGAUUCUGAAGAUAAGGAGGUAAAACCUGUUUAGAAAUUAAAAAUGAGUUACGAUUUAAAGAAAAUUCAGAUGACUCAUUGUGAGUGCUAGUUCUCUUGUAGGAUGCCACUGGAAAUGUUGAAAUGAAAAAUAUUCAGCCGUUGGUCUUUGAAAUUUCCUGUGAUGUGUUUCAAUCUAGAUGCAAAGAACAUGGAAAAAUCAAAGUGCUCGAGUGGUUUAAAUAUGUUUUGGGUAUUCCUGUUUAUAGACUAUAAUACUUUUCCAAUUAAAAUCCUCAGUUGUCACGCAGAAGAAGGUUAAGCUGUAUUUGAUUGCCAGUUUUACUGAAAAUGCUUAGUAUUUUACAGUAUCACCAAAUAUAUUUUGUUUAGCCAAGGUAUAGGAAAAAUAAAAUAAAUUGUAUAGGUUGACUUUUUUCUAAAAUGUCUUUAUUGGAUUGAAUGAAUGUUUAUACCUGAAAAAAAAAGGUUCAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-181.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -195.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 158.62
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(.(((.((((.................((((((..(((((((.......)))))))..))))))..(((((((((((....)))))))))))..........(((((...(((((((((((((....))))))..((((...))))......)))))))....)))))..))))))).)((((.....))))((((((((.(((((((..(((((.((..((((((........))))))...((((.((((...)))).)))).........((((((((((((.((......)).)).).))))))))))).)))))))))))).)))).))))((((((.((...((((((((.....)).)))))).....((((((((..((((((((....(((.((......)).)))....))).)))))..)))))).)))).)))))).........((((((((((...(((((((........................(((((......(.((...(((((((((((((.((((((..........((..((((((((((((...))))))).)))))..))..(((.((((((((((..((........))..)))))))))).))))))))).)))))))))))))....)).)......)))))..)))))))...)))))))))).................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{.(((.((((..........,,{{{{.((((((..(((((((.......)))))))..))))))..(((((((((((....)))))))))))....,{{{{{(((,(...{({{((,((((((....}))))).,|{||...})))}}}}}}})))}))....}}},},,})))})}.}{(((.....}))}((((((,,.(((((((..(((((.((..{{{{{(,,,.....))))}}...((((.((((...)))).)))).........((((((((({((,((.....,)).)}.}.))))))))))).)))))))))))).}||,{||||{{{{{(,(({{,(((({{,{.....|}.)))))}||||{({((((((..((((((((..,.(((.((......)).)))....))).)))))..)))))).})}),)})))),..,,,,,..,||((((({{...(({....)))...}}})),},,}}},....,||||},,,..{.{{...(((((((((((((.((((((..,.......((..((((((((((((...))))))).)))))..))..,,,.((((((((((..((........))..)))))))))).})})))))).)))))))))))))....,|,|,.....))))}..}}}}}}.{{{..{{{{.........))))..,,....
Back