Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-JMJD7-PLA2G4B-2:7
Sequence Length
2183 nt
GC Content
0.5126
CUUAGGUUGCCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGGCCUCAACGAUCUUCCCACUUCAGCCUCCUGCAUUGCUGGGAUUAUAGGUGUGAGCCACCAUGCCUGGCUUACACAGUAUAAAGGGAAUGCAUUGGCCCACACAGUGGAAAAAAAUAUCUAGUAGGAAUAGGAAGGACUUCAGGUGAGGUUUGAUCCAGCAGCUCAAAUGUUGUCACCACAGGCCUGGAUUCCUCUGGCCUUUCUCAAGGUCUCUUUCAUUUUCAUGCUCCACAAGAUGGCUUCUGCCAGGCUGACCUCCCUCCCCUGACCCCAGCAGCUCUGGACACCCCUCUCAGUGCCAUUUAUAUUGUUGCAUCAAUAGGCUCAUUUCUAUAUACUGCAAGGUUCAGAGAAGACAGAGUAUCUCUCUCAAGAGUUCUAACAUAAGUCUGGGGGUCCUGGCUCUCAUAGGCUUGAACAGGGCCACAUGUCCAUUCCUGAGCCAAUAUUUGUGACCAAGGGGAUGUGGUCAAUCUCAUCCAAACCUCACUUGAAGUGAGGGUGGGAGGAGGAGUGCUCUGCAAGGAGACUGUAGGUCUGGACCACCAAAAAGGUAGAUGGGUUGGUGGGAAAAGCCAGAUGCCUACUAUGGUAGUGGGCGGGGGGAGGGCACACUGGCAAGGUACAGCAAGAGGCAGGGGCAGUGCUGGACAGGCAGGGGCUCCUCCCUAGCACGACUGGAGAAAGGACUCCUGUGAAGCGGUCACCUCCAUGAGUCCCUCCUGUCCUGGCUUCCAACCACUCUGAAGUGGGGCUUUUGUCCACAGACCUGGCCUCUGCUGCCUACCCUCUUCUGUCCCCACCUGAUGGGGCCGCUUUCCUUCUGAAGCGGCUGCAUUUUGGGUUUCUCUCCACAGGAAGAGUUGGGGCUCACAGGCACACCCUCUCCCUAACUCUUCUCCCCCGGUUCAACCUGGAUCCAGGGAUCCACACUCUGCUCCGAGAGGCCAGCACGCAGCCACUGGAAAAUGAGCCAGUGGGAGAGGGCAGCUCCAUGUUUAUUGAUCAGCAGACUAUGUCUUUUUGUUUGAAACUUCUAAAUAAGAUUACAAAAAGAAAAAAAAUAGAAGCAUUGCGUAUUAACUGCAUUGGUUAACCAACAUUGGAACCCAAUACUCUUGUAUUAGGCCCGCAUUUACCUGAGUAAACUCAGUGGUUUUCUGUCCUAAGCAUGCUUGCCUGCUACAUCCCAUGGAGAAAAUAAACAGUGAAACACUUUCCUCAUCUUCAAGGCAAUUGUCUCAGGCAUCCUCCAGGCAUCAUGAAGGAGGGUGAGCGAGGGUGCGAGGUGGAAAGGUCCAGGCCGCGGCUGUGACUCCCGCGGGUGAACCACAGCUCCACAGCCCCAAAUCCAAAGAUGCUCUUGCUGCAGCACGACAAGUGUUCAAAAGAGAACCAGGCCCAGCCCGGAGAAAGGAAAGCCAAAAGCCAACUGAAUGAAUGACCCUCCCCCAGAAGAGCAACCCUGCCCCCAGGCCAUCCAAGUGCGAACAUUACCAGGUGCCAGCAGGGAAAGGACUCCGCUGCCUGACGCCUCUCCCACCUGAGAGCGCAGAGGUAGGGAGAUCACAGUGCCUGAGAGGUUUUCCUCCACGGAGAAAUCAGAGACCUCAACCUGCUGCCCUCUAAAGCAGCUUUCUGUAUCCAGACAAAACUUACAUAUGUACACGUUGUUUUAAAACGACAUACUCAUGUGACACACAUGUAUAUAAAUUCAUGUUUAUAUAUGACAAUUGAGGAGAGUUAAAGAACAAGAUAAUUCUGGAUGGAAAAAUCAGUUUGCCUGGGCAUCUGUAAACCUUUGGGCAAGUGAAUUCCCUCUUCUCUCUCAGUUCACCCUUUGGUGACCUCCACCGUGGCUGCAGACUUCAGGUGGUCCUCACGCAUUCACAGAACUGUCUGCUUAGGUUACAGCACUUUGGGAGGCCGAGGUGGGUAGAUCACGAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUAUUGACCAACAUGGUAAAACCCCAUCUCUACUAAAAUACAAAAAUUAGCCGGGCGUGGUGGCGGGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCAGGGGAAUCACUUGAACCUGGGAGGCGGAGGUUGCAGUGAACUGAGAUUGCGCCACUGCACUCCAGCCUGGGUGACAGAGACUUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-808.5 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -841.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 543.9
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((..((((((((((((((.......(((((((..((((.(((.(((((.((((((((((((.....((((((((((((((((...((((((((((((((((......((((...((((((.((..((((......((((.........(((....)))...(((.(((((((....)))))))..))).(((((......)))))..)))).)))))).))))))((((((((......((((...(((((((............((.((((((.((((((..((.(((((((((.(((.(((((.(((((((((.(((........)))))).........(((((...(((((......)))))....)))))((((((((....((((....(((((....(((((.((....(((((((((((((....))))))..))))))).....((((((((.(((..........................))).))))))))...(((.(((...(((((((...)))))))...))).))).)).)))))....)))))))))...))))))))(((.....)))....)))))).))))....).)))..((((((((...))))))))))))))))).))..))))))((((((((.((((((...(((((((((((((((((.((((((((..............(((((....((((.((....)).))))..))))).))))))))))))))).)))......(((((....)))))((((...(((....)))..))))...)))))))..))))))))))....))))((((.(((((((((......))))))))).))))((((.(((((((((...(((((((((((((.....(((.....)))..))))))))))))).....((((((.((((((((......(((((.(((..(((((((((((.((((.((..(((((((........)))))))...(((((((.((((((((..(((((((((((..(((((((((((((.....................))))))))..................)))))....))))..)))))))..)))).)))).((.(((((....))))).))..........((((((....))))).).....)))))))..)).)))).)))).))........)))))................((((((((((((((((........(((((.(((...)))..)))))........))))))))).))))))).))))))))..))))))))((((((.........)))))).))))))...(((....))).....(((....))).(((((..((.(((((.....))))))).))))).....(((...))).)))))...)))).)))))))))).))))))))).))))(((........))).....((((((((.((((.(((((((((..........(((((.(((((((((......))).))).))).))))).......(((((((...(((((.((((((.((((..(((((.((((((((......(((((....((((...((((((...(((((........)))))..((((....))))......((((((..(((...((((((....)))))).)))..)))))).......((((((((((....)))))))))).....))))))(((((((..........))))))).(((......))).......))))...)))))))))))))))))).)))).)))))))))))))))))).(((((....)))))........(((((((((((((((..((((...........)))).)))..))))))...)))))).)))).))))).))))..)).)))))).....))))))))(((((.(.((((((..........)))))....).).))))).......)))).......))))))))))))))))...)))))))))))))))).....))))))))))))..))))))))..))))..)))))))((((.(((.(((((........)))))))).))))...)))))))))))))).))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((..((((((((((((((.......(((((((..((((.(((.(((((.((((((((((((,....((((((((((((((({...((((((((((((((((......((((...(((,,{,(,,,(((({{{...}|||..........{({{,{{{{,,.(({,(((((({.,,,||||}}}..}}}.(((((......))))),,}}..,}))))},)}))))||||((({,,,,..(((({{{{(({{{{,,.,,,,.....{|,{((({{.((((((..((.(((((((((,(({.,((((.(((((((((.(((........)})))}.........{((((...(((({......}))))....))))}((((((((....((((....(((((.,..(((((.((....{((((((((((((....)))))),.})))))}.....((((((((.(((..,,,{{.,{{,....,}).}..,,,))).))))))))..,(((.(((...(((((((...)))))))...))).))),)).)))))....)))))))))...))))))))(((.....)))....)))))),})))....,,}},..((((((((...))))))))))))))))).})..)))))}|((|((((.((((((..,(((((((((((((((((.((((((((..............{((((....((((.((....)).))))..))))}.))))))))))))))).)))......(((({....)))))((((...(({....)))..))))...)))))))..)))))))))).||.|,,,{(((.(((((((((......))))))))).)))}{(((.(((((((((...(((((((((((((.....(((.....)))..))))))))))))},{{..((((({.,,||||||,.}}).{{{{(.((({{({({||||||{.||{|.|{..{((((((........))))))),,.{{(((((,{{((((((,,{{(({((({(({{({,,(((((((((.......,{,,....,)),..)))))))))..........,,,{,.,||||.....)))),.))}))}}..}}}}.})),.((.(((((....))))).)).,,,.......(((((....)))))}))}},.)))))}),,))}))}}.)||)|}},,,,,||.|||{{{........{{{{...||||{{,,,,,|||||,.}}....|||{{,||||,,|||||}}}},....,..})))))))}).))))))).))))))))..|||}}}||((({((,,(,,.,..}}}}}),}},})).,,}||,}}}}))),,..,{{....}}},|||||,.||.(((((.....)))))}}.)))))..,,.{({...))).))))).,})}}).)))},,)))).,}},,,},,,},}}|||,..,....}}}.....((((((((.((((.(((((((((.......,,,(((((.(((((((((......))).)))},)).))))).......(((((((...(((((.((((((.((((..(((((.((((((((((({{{,.{||....||.,...((((({...(((((........)))))..((((....))))......,{{({{..({{...((((((....)))))).}},.||||||...,,,,||(((((((((....)))))))))),....}))))){{{((({..........)}}))))))},)}}}....{((..{{{..,,)}}.))).,}))))))))))).)))).)))))))))))))))))).{((((....))))}....,,..{{||{{(((((({((..((((...........)))).))}..))))))...)))}}}.)))))}}))).))))..)).)))))).....},))))}|{{||{.{,||||,,.,,.{{{,..,))))......,.}))))}.,,...)))).......))))))))))))))))...})))))))))))))))....,))))))))))))..))))))))..))))..)))))))((((.((,{(((((........)))))))).))))...)))))))))))))).))).....
Back