Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-KHDRBS3-4:20
Sequence Length
4164 nt
GC Content
0.4565
AUGCGUUACUGAGCAUGUCCGGUGCCCGAAGGGGCGCUUUGGACGCCAGUGAAGCGAGGAGAGGCGGAGAAGGAACCGAGCGGGCAGUUGAGGGAAAUCUCGGAGGAGGUUACCUGCGAUCAAACUGGGGCUGCGUAGUGUUAGGGUCAGGCAGCUUUGAAGUGGAAUCCGGAUCCGCCACUCUCGCUGCGUGAUAUUGGGCAUGCCAUCAAAGCGCUCUCAACCGAACGUCUCGGGUAAAAUGGGAUUAGUGAAGUCUACCAAGGAAUUUUCUGGGAAGUUAAGAAUUUCCAAUAAAUCUUGGACUACUCUAAAAUGCACCAGAAAUUACGUGGUCACACUCGUGCAGUGAAAGAAGGCUUUGGCAGUAGCAUAAGACAUUAAGCAGAAGUAGGAAAUGCAGUGAGGAAGAAGUUGUAAUGUUUUCAACAGCUGCCACUAUGGAUCUAGGAUGAGAGCUUUCCACAUGUUGUUAAGAAUGAGAGACAGAUUACUCCAAGGUAGUAACUCCGGAACAAUGAAGGAGGAAGAAUGAAUGAGUUGCGCCCUGAAGAUGGUGGGCUCUCCUUUAUGCAUGAUCAUCACGAUCUCUCUGCAAUGUCUGUCCUGUGACCUCGUGAGGUGUGCAGCGUCAUGCCAGACAUCUGUGUUUGGAUGGCCCUCUGGCUCCUCCACAAUUACUGCAGAGUCAGAAGUGGAAUUUCCGCCUGAUGUUUUAUGUCAAAAUCAGUAUGAAAGACUGCAGCAUGCUGAGUGAGCUUUCCGUUCUCGCUGAGAUGCAAUGCAGGGUCCACCCUCUGCAGGCCACAAUUUUGCCUGGAGGCAAAGCAUUCAGUCUUUCCAUUGGCCUGACAAUUUGAGCCAAGCUUUGAGGCCAACAGACAAAAUGCACUAGCAACUGGAGAGGGCCUGCCUGGUGGCCCUCCCUGUGAGAAGGUAUUCUUCCUGCUCCAUUGACAUCAGGCUUAUUAGCCAUGUUUCUGGAUUUGGUCCAUUUCAUCAUAAAGAGAACAUGGAGCAGGGCUGCAGCUGAUCUUCAAAGGGCAUGAACACAAGCCAGAGAGAAGCCGUUAUUGUUGUAAGCCCUGAAGAUUUGGGGGAUAUUAUUGCAACACAACUCAGCCCAAGCUGACUAAUACAACAAGUUUCUAUGUAUACAUGGAAAUGUAUGUAAUCUUAGCCUCAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAGAGUAUCUGAAAAUCCCAGGAUACUCGGGGCUCAUGGUGCGUAGUCAAUGAAAUGAUUAGCUCUCUUUCUUCAUCCUUCCCUCUCCAAUCUUUUCUUUUCAUUCUCCUUCAUCUCAUUCUCCUUCUCUCUGUGAUUUACAAAGCUGGUCAUGGAAAAAAAAACAUAGGAGUCAGAAGGCUUCGAUUCUAGGUUCAUAUGUAUGAGAUUUUUUGGAAAAAACUCAUACUCUCAAGGAGUCUCAGUUUCCUCAUCUUCAAGUGGGGAUAAUAACACCCUCUUUACCUAUUCUGCUGGGUUCUUUUGUAGAUCACAUGAAAGAGAGGUUAUGGAAAUCCUUUAUAUAUGUUUUGAAAAUUCUAUCCAGUUGCUGUGGCCUGAAUGUUUGUGUUCUUCAAAAUUUAUAUGUUGAAACCUAAUCACUGAUGUGAUGGUGUUUGAAGGUAAGGCUGUUAGAAGGUGAUUGGCACAAACCCCUCAUAAGAGAAGCCCCAAAGAGAGCUAGCUUGCCUGUUUCACCAUGUGAGGACAUGGUGAGAAGAAGCCAUGUAAGAAUCAGGAAACAGGUCCUCACCAGGCAUGGAAUAUGUCAGCACCUUGAUCUCGGACUUACCAGCCUCCAAACUAGUGACAAAUAAAUUACUAUUCACUAGCUGCCCAAUUAAUGGUAUUUUAUUAUGAUAGACUGAACUGACUAGGACACUAGUUAUAUGAUGAAAAUACCCUACUACUAUUACUACUGCUAGUACUUCCUGUAUUUGCUCAUAUUUUUGGAGGUCUUAUUAUGUUCCAAGUAUGGUUCUAAGUGCUUUUCAUCAGUAACUCUUGUAAGAGCCUAUUUUUAAUUCAGCAAAGGCAACAAAAUACUUUCCCUGGUUUAGUGAGGAGUAUUAACUAAUUGGGGGUAUAAACAUAACAUGGUUUCGUUUUUUCAAUAGUUGCUACUACUCUUGUUCUCCAUAGCAACUUUGGUUUCAAUUCCAUAACUUUCCUGUUGUUUCUGGUCAAAGGAACAGUUGCCUCUAGUUCCUCUGUCUAUUUUAAUAUUUUGACCCUCUCCAUUCCUGUCAGGACAGGUGGAACUCGUGGCAUAGGAAGUUCAAGUGGCAGAGGGGGCCCAGUCUGUACUUGUCUCUACUCCCCCAGAGGAGGAAAGAAAGCAAGACAGAUGCUCCCUCACGUGGAUGUCCAUGGUAUAGUUGCUGUCCUCCCCUUGGGUGGCCAUGACUGCUAUUCCUGUCCACUGAGCUUCAUGAGGGUUGGGGUGCCUCCCUCACCAGGAUCAGACUCUGGGGUCCCCCAGCAGGAGGUACCGUGUGUAUUCCUCUGUGGGCCUUGUAUGGUCCUCCUUCCCCUUCUGCUGCGUGGGUCCCUAGGGAUGCCAUUGCUCCAAAAAUACUUGCUUUCCCAAGCUCUUCAACUCCAGGGCUCAAAAUCCCCUGGGGAUCCCCUUCCUGUAGGUCUUGAGAAUUGCAACUUGGGGGCAGUCCUGACCUGGUCAUCAUCCUCCUCACCACCUCACUGUGCCAUCUCCUCACCUCAUUCUCUAACCCCCAAAAGAUGACCACUGAUGACCAGUCUCCAGGUCAGUGGAGAACGUGUGUGGAGAAGUGCAGGAGGGGUGACAAAGCAUCCCCAAACCUUACAAGUUAUUUCCUUGAUUUUGGAGAAGAAAUCCACUGGGUAGUGCCCACCACCCCCUCACACAGCUCCAGCUAGAAGUAACGAUUUACUCCCUCCCUACACUCCUCUUAUUUUGUCUUUGAGGGUGGGGGUGCUGGUUUUGCUGAAAUGACUCUGCUCAGUCAGGCUUUUGAGAGUGGGAGGGCAGGGGGCAAAGGCAGAAAGGGAAGCAACCAGGCCUUUCUCUGCCUGUUCUCUGAACUCAGAGCAUGGGGUACUAAGGACCUGGGUUCUCUGCUGUGGGCCCAAAGAGGAAACAACAAGAUCCACUUGGUACCUAAUACCCUGUCACACAGAGGUACAACAUCUCCAGCUUGAGGUGGUGUCCUGUGAGUGAUAGCAGCUCCAGGAUGGUGCAUUUACCACUGAGGAAAAGUAGAAUGAGCCCCAGCGUUGGGGGAGCGAUCUGGGAACUGCCCUCCUAUUUGCUCCCACAAUAUCCUGCAGGUUCUAUGAUACAGGUAGUUAGAGCUACUCACUAGGCUGCCUGUCUUCCCCUCCACUGCAGGACAUGCCUGUAUUUUGUCCUCAUCUGUUGCUGUAGUUUGGAUGUGUUAUUUUUUUUUCCUUUGCAUGAGUUUCCAUGCAGAACACAUGUUGGAAUUUAACUGCCAAUGUAAUGGGUGUUGGGAGGUGGGGCCUUUAUCCAAACUUUAAUUAGGUCAUUAAGAUGAUUAGUGUCCUUCUCUGGAGAGACUGGAUUAGGUCUCUUGGGAAUGAAUUAGUUCUCGUGAAAGCUGGUUGUUAUAAAGUGAGGCUGCCUCUCGUGUUUGGUGUCUUUGUACGCUUCUGCUUCCCCUUCCUUCUGCUUUCCACCGGGAGUCAAAGCAGCACCAAGUCCUCACCAGAUGGGCUGCUGGAUCUUGUACUUCCCAGCCUGCAUGACUGUAAGCUCCAUAAACCUCUUUUUAUUCCUUGUAAAUUACCCGGUCUUAGGUAUUCAACAGAAUUGAAUUGCUUAGGUAGCAACACAAAACAGAUGAAGACAUCUGUAUUCCCAGGACCUGGGACAGCACCUGGUAUAUGCAACCUACUCAGCAAAUGUUCUCUAGAAUCUUUAGAGAUUUGGGAAUAUGAAGGAAAAAAAAACUAGAAAAAUGGGGUGGCAGAUAUAUUCCAGAUAAAAAAUAUUUCAGGUGAAUUCUACAAAUCAGGGUGGGUUUCAGACAACUGUGAAUCAUGAGUAUACUUGUUGGGGGAAAAAUUCACAUAGCAAAGACAGCUACUUCUUGCGGUACCCACUGAGGGACUGGGGCAAGGGCAAUGAGAGGCAUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1362.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1440.29
Frequency: 0.0000
Diversity: 827.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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