Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-KHDRBS3-4:9

Sequence Length

973 nt

GC Content

0.4820

GUGGGCGGGGCGGGCUCGGCUCCCGGAGUGGCGUGAAAAAUUUCCCGAGGCAGAGCGAAAAGUCUUCAUGCGUUACUGAGCAUGUCCGGUGCCCGAAGGGGCGCUUUGGACGCCAGUGAAGCGAGGAGAGGCGGAGAAGGAACCGAGCGGGCAGUUGAGGGAAAUCUCGGAGGAGGUUACCUGCGAUCAAACUGGGGCUGCGUAGUGUUAGGGUCAGGCAGCUUUGAAGUGGAAUCCGGAUCCGCCACUCUCGCUGCGUGAUAUUGGGCAUGCCAUCAAAGCGCUCUCAACCGAACGUCUCGGGUAAAAUGGGAUUAGUGAAGUCUACCAAGGUAGUUGUGAGGAUCAAAAGAGAUAACGCGGAAAACGCCUCACCUGGCACGUUAUAGAUCCUAAAUGCCUAGCUAUUAUUAUGGAGCCCACAACCUCCAUAUUUUACAACUGGGAACACGGGACUCAAAGAGAUUAAAAAACUAAAUGACUCACUCAAGGUCAGGUAGUGGUGGAGACCCAGGCUUCAAGUUCAAUACUCUUUGUCCUACAAAGCCUUCCCUUAAGCAGGGGUAAUAAAACAUUUCAGAAAAACCACCUUAAAGAGCAUCGCUUGUGAUCUGUGGAUCACUUGGUAGUCCCCACCUCCCUCCCAUCCCCGCAAAGGUUUAGAGCUGGACAUAAGGGCCUUGGUGCAACUUUUGGAGGGCAGUUGUUCAGCUUCUGAAUUUGCAUCUGAACGAGCAAUAAGGGAAUUUUCUGGGAAGUUAAGAAUUUCCAAUAAAUCUUGGACUACUCUAAAAUGCACCAGAAAUUACGUGGUCACACUCGUGCAGUGAAAGAAGGCUUUGGCAGUAGCAUAAGACAUUAAGCAGAAGUAGGAAAUGCAGUGAGGAAGAAGUUGUAAUGUUUUCAACAGCUGCCACUAUGGAUCUAGGAUGAGAGCUUUCCACAUGUUGUUAAGAAUGAGAGACAGAUUACU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-293.5 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -313.19

Frequency: 0.0000

Diversity: 289.15

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((.......)).))))..((((((((...(((.((.((.(((((((.......(((((.(((.((((((.((..(((((((((((....)))))))..)))))))))))).))).)))))((((((...(((.(((..(((...((((.(((.((((((....)))))).))).))))....)))(((((((................))))))).....)))..)))...)))))).)))).))).)).)).)))...))))))))......(((((((.((.(((((.((((((.......((((.....((.((((....)))))).....))))....(((.....(((.....)))))))))))).))))).(((((((......(((((.......(((((((........)))))))........))))).....(((((..((((((........((((..(((((.......)))))..))))..(((((.(....)))))).........)))))))))))..(((((((((..(((.(((.((((.....(((.((((((((((..(.(((((....((.(((...((((((....)))))).(((......)))................((((..(((((((((((((((....(.((((.(.........).)))).)...)))))))).))))))))))).......)))))..))))))..)))))))))).))).(((...(((((......)))))....)))....((.((((.........)))))).)))).)))..)))..)))))))))((((((.....((((((((((((...........................))).))))))))).....)))))).....))))))))).)))))))..)))))...(((((..........)))))......

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((((((.,...,.)).)))},.{(((((((...,,{.{({(({(((((((,,.....{{{((,(((.((((((.((..(((((((((((....))))))}..)))))))))))),|||,||||,((((((...(((.((....,|.,,((((,(((.((((((....)))))).))).}}})}..,}}}(((((((.{..,.........}.))))))).....}}}..)))...)))))).))))}))),))})).,}}|,.)))))))}.....,|||||{{.{{.,,,||}|||||,....,{{((((.,{,,.{,((((,..,||}},{,{,,,||||....,,|,,...(((.....)))}}}}))))).))})),|,||||||,..,,{|{{{,{,....{((((((........))))))},,..,,,,|||||,....(({{({{{,,{((,,,.....{(((..(((((.......)))))..)))}{{((({(,{...{{{|||.,,,,{,,,.||}}}})||}|.{{((((((((..({,.(((.((({.....,,{.{{{{{{{{{{..{.{{{{{..{{((...}))}((((((....)))))).,{{,.|.,.,}}},,,,||,,,......{{{,.,(((((((((((((((....(.((((.(.........}.)))).)...))))))))}}))))))))}}..,.,..,}}}}..}}}))}..}||||||||}.|||.(((...(((({......)))))....)))....|,.{|||},,....,.)))),..)))).)))..}}}..))))))))}|{{,,,.{|.,((,,,,|||.||....||||,,..,|||||,..,,,,,,}}}.,,,})))))}..,.)))))).....}))))),)}.))))))),,)))))..|||||{,...,}}.,,)}}}.......