Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-MUC22-1:10
Sequence Length
2183 nt
GC Content
0.5034
UCAUUUUCUCUUGCCGCCACUGUGUAAGAAGUGCCUUUUGUCUCCCUCCGUGAUUCUGAGGCCUCCCCAGCCAUGUGGAACUCCUCUUCUGCCCUGCCCGGCCACUCCUUUGAGUGACAGGGGGUAAUUGAGAAGCUGCUCCUCCCUCCAGGAAGGAAGACCCGGAGCUCUGGCUUCCCUCGGCAAAGCACAUAUAAACCCACAGCCACUGCGGGUGGAAGGAGAAGGGCAGGGUGGAAAAAGUUUGAGAGAAGGAGGGAGGAAAAGGUGUCCUGGCUAGCACCAUGUGGAUUCUCUUGAGAUGAGAAGAAAAUGCCCCGCUACGUCCCCCUUCUGCUGCUCCUGCUUCUCCUGAGGUGUUCAGAACGGGGUGGAGGAGUUAAUUUUGGUGAGAAGGAUGCAAAAGUCCCCGGGACCUGGAGAGAUGGAGUCAGGGUCCCUGGAGAAGGAGCCUCUUGGGACUCAGACAGGGCCAGUCCCGAGCGAAGGUACGGAAUAGAUGGAGCACCUGGCCAGCUGUCUCAUUUUAAAUCAUAUACCAAGCAUGACCUGAGUGUAAUCUCUAACAUGAAUCACAGCUUCUGCCUCAUUGGUUUGCCAGAACCGCAGGCACAAAUGGAUGAGAGGAGACACCUAUGAACAUGGAGCCAGAAUACCCCAAUUGCUGAAACACCAGUUCAGAGAGGAGUGAGCUUGAGAAAGAGUCAGGUUUAGUGUCCCACGGAAAGAGACCAGACCUGGAAAAGACAGAGUCAAAGCUGGGUGAGCAGGCCUUCGAAGGGCGUGGCUCAGCAAAGAUAAUCCAUAUUGUAGUGCAAGAGGAUUCUUGUGGAAUAUGUUUUACCAGAAUUAAACCAAAAAUGCCAAAUGAUCCCUAACUGGAAUAAAUCUCACCACAUUACCUGGGGAGAGGUGUCAUUUGGAUGUGAGGAUAGUUAUGAAAAUACUGAGCAGAGCAGAUGAGGAUAGGCCAUCAACAAUUCACAUUAAAUGAGAUUACUUUUUAGUAGGACUAAGCCAAAGCAUUUCCACUAAGCACCCAGAGACCAGCCCUAAAGACUCAAGAAUAAGAGAAAAUGAUGUAACUGCAGAUGGAAGGACCACUGAGGACCACAUCACUGCAGACCCAGGGACCACCGAGGACUCUGUCACUGCAGACCCAGGGACCACUGAGGACAAUGUGACUGUGGACCCAGGGACCACCGAGGGCUCUGUCACUGCAGACCCAGCGACCACCAAGGACUAUGUGUCUGCAGACCCAGGGACCACCAAGGAUUCUGUCACUGCAGACCCAGGGACCACUCACUGAGAACUUUGUCACUGCAGACCCAGGGACCACCAAGGACUCCAUCACUGCAGACCCAAGGACCACAGAGGACUCCGUCACUGCAGACCCAGGGACCACCAAACACUCCAUCACUGUAGACCCAGGGACCACUGAGGACUCUGUCACUGCAGACCCAGGGACCACCAAACACUCCAUCACUGCAGACCCAGGGACCACCGAGGACUCCGUCACUGCAGACCCAGGGACCACAGAAGAUGAAACCACUAAACAUGGUGACACUCACCUUCUGUGAACUACUUCAGUCACAGCAGUGAAACCCACCAGGCUCCUGACACCCAUGGGAAUUAUCCUCAUAUCCCUGGCUGCAACCACAGUCACUGUUGUGCUCUUUGUUGGAUUGGGCUUCAUUGUGAAAGAGUGUUUCCUGCCUCCAUUAAAUCCAUCCACCAGGGUUAUUUAUCAUCCCCAUGUCAUGGACUACAGUACACCAUAAAGAGGACCCCAGCAGUGACUACAGUUGGUUCUAGAAAAAGGAGACCCCUCAUCCGCCUCUGCAAGACUAUACAGCAUGAUGUGUAUCCUCAGGCCUCCACUCCUCCGCCCUAGUCUGGAGCCCUGGGACCACCACAUGAGGAAGGCAGCUGGCCCCUGGAAUAAGCAUGUGGAGGACACUCAGAAGGAUGCCCAUCUGCUCUGAGUGUCUCCUAAUUCUGCCUGACCUUGGUUACUUCCUCUGGACAAUCGCCUUUACCUAUCUACCAGGUUUUGAGGAAUUACACACAGCUCAGGUAUAAGAGAUAUUCGGUAAGUCUGAUCAAAUCAAUAAAGCAAAUUUUAUCUGUUUUUGUCUGGGACAUAUCUCUACAUUCAUUCAUUUAACCAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-697.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -736.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 521.98
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(((((((((....((((((.......(((((((.(((((((((....((((((((..(((.((....)).)))...))))(((((((((((((..((((((....)))))....((((((.((....)).))))))(((.(((..((.(((((..((((....))))))))).)).((...))........((((.(((...))).))))))).))))..)))))))))))))........))))..)))))))))))))))).(((.(((((((..(((((((..((....))...((((((.....((...((..............)).)).....))))))((.(((..((((((..(((((((((((((.......(((..((.((((((....(((((.(((..(((.((.((((((((...(((((((((.((.((((((((((((((((...........)))))))))...))).........(((((((..(.(((..((((((.((((.(((.....(((((..((......))..))))).....))).))))...))))))(((.(((((((.(((((((.........))))..))).)))))).).)))..(((.(((((.(((.(.((((((......))).)))...).))))))))...)))(.(((((((((.......))))))))).)(((((..((.......(((....)))....(((((((((....((((((..(((((((((((.(((((.((((((....((((..((((...((((...))))..))))))))((((((.(((((((.....................(((((((((.((.............((((.(((.......))).)))))).)))))))))((((((((((.(((((....((.(((.......)))))....))).)).))).....)))))))..........((((....))))((......)))))))))))))))..........))).)))))))).....(((........)))....((((((..((.(((.(((.....)))))).))...))))))((((((...(((((.((.....)).)))))...)))))).(((.(((.((((................)))).))).))).....))))))).))))..((((((((.((....((.....))....)).))))))))))))))((....))...))))))))).((((((...(((((....(((...)))..)))))...)))))).))..)))))..))).)..))))))).((((((......(((((.....))..)))....)))))).....((.....)).....)))).)).((((((...(((((.((.....)).)))))...))))))..))))))))).......)))))))).)).))).))).)))))....((((.((((.....(((((..(((((((.((((((((.(((...(((((....)))))....))).))))))))..........((((.(((.(((.....)))...)))..))))....((((((....))).))).))))))))))))(((((((((((((((((.((((((((((((((((((..((((.......))))......))))......))))))((((.(((((............))).))...))))............)))))))).))...))))))))))...).))))..........))))...))))....((.(((((...........))).)).))))))))))..)))...)))))))))))))..))))))..))).))....))))))).........)))))))...)))..........((((.(((((((((.((((....))))..)))))))))))))(((((((....(((((.(((..........((.(....)))...........))))))))....))))))).))))))....))))..))))).....((((.((((.(.((((.(((((((......))))).))..))))..).)))).))))...................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,{{(,(((((((,,...,||||}}}}...(((((((.(((((((((....((((((((..(((.((....)).)))...))))(((((((((((((...{{(((,,,,}}}}}...((((({{.,,..,.}|.}})))||{{|{{{..({.(((((..({((....))))))))).)).{{...}).,......((((.(((...))).)))),)),))))..)))))))))))))........)))}..)))))))))))))))),(((.(((((((.|(((((((.,(({{...,...|||||{.....{{...((....,,,.......||.||....,)}}}||((.(((..((((((..(((((((((((((.......(((..(,{(((((({...(((((.(((..(((.((.((((((((..,(((((((((.,..{({((((((((({{((.......,,,,||}}|||}|,..}})).},,....(((((((..{{(((,.((((((.((((.(((.....(((((,,{(......}),.))))).....))).))))...))))))(((.(((((((.(((((((.,.....,.))))..))).)))))).).)))..,((.(((((.(((.{.((({{{......}}}.)))...}.)))))))).,,,}},,(((((((((.......)))))))}}{|(((((..{{.......||{,,,{||}....(((((((((....((((((,.(((((((((((.(((((.((((((.,,.,{{{,{((((...{(({...))}}..}|}}}|||((((((.(((((({..,,,.,,,...,,.......((((((({(.((.....}}......((((.((,,,.....))),))))}},})))))))}{{(({{|..||{{{,{....,,,|||.,|...}}.((((.(......))))).....}))}))),,,}}}},,,|{||.,,,||}}{{.....,},})))))))))))).,,,......))).)))))))).....(((........)))....((((((..((.(((.(((.....)))))),),...))))))((((((...(((((.((.....)).)))))...)))))).(((.(((.((((...,..,....,..}.)))).))).))).....))))))).)))),.((((((((.((..,.((.....)).,..)).))))))))}))))|((....,,...))))))))).((((((...|{|({,...{{{..|}}}..}}}}|...||||||.,},.|||,|{.,,..)).))))}}}.||||||...}.}||.||,.,}})).,))).|,.}}}}})..}},|||,,..,,.....))))})).((((((...(((((.((.....)).)))))...))))))..))))))))).,.....)))))))).)).))).))).)))))....((((.((((.,,..{((((.,(((((((.((((((((.(((...(((((....)))))....))).))))))))..........((((.(((.(((.....)))...)))..))))....{{((({....))),)}}.)))))))))))|(((((((((((((((((.((((((({{(({,{(((,..({,,.,,...,||,|,.....))))}.....,,{{{{{.,,...(((...........,))}.,},.})))}...,,,,...}})))))))).),..}))))))))))...),}))),.........))))...))))....,,.{{{({...........))}.)}.})))))))))..)))...)))))))))))))..))))))..)))}))}...))))))).},..,,,.)))))))...)))...,|.{{..((({((((((((((.((((....))))..)))))))))))))..}|.,(((((((.(((({{{{.((((((.((,{....,,,....,,........})))},.)))))).)).,)).)).))))))}..{((((({{..,,...((((,(.((((.(((((((,....,))))).))..)))),,,.))))})))))))................................
Back