Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-MUC22-1:11
Sequence Length
760 nt
GC Content
0.5645
AUGCCCCGCUACGUCCCCCUUCUGCUGCUCCUGCUUCUCCUGAGGUGUUCAGAACGGGGUGGAGGAGUUAAUUUUGGUGAGAAGGAUGCAAAAGUCCCCGGGACCUGGAGAGAUGGAGUCAGGGUCCCUGGAGAAGGAGCCUCUUGGGACUCAGACAGGGCCAGUCCCGAGCGAAGGUACGGAAUAGUAGGACUAAGCCAAAGCAUUUCCACUAAGCACCCAGAGACCAGCCCUAAAGACUCAAGAAUAAGAGAAAAUGAUGUAACUGCAGAUGGAAGGACCACUGAGGACCACAUCACUGCAGACCCAGGGACCACCGAGGACUCUGUCACUGCAGACCCAGGGACCACUGAGGACAAUGUGACUGUGGACCCAGGGACCACCGAGGGCUCUGUCACUGCAGACCCAGCGACCACCAAGGACUAUGUGUCUGCAGACCCAGGGACCACCAAGGAUUCUGUCACUGCAGACCCAGGGACCACUCACUGAGAACUUUGUCACUGCAGACCCAGGGACCACCAAGGACUCCAUCACUGCAGACCCAAGGACCACAGAGGACUCCGUCACUGCAGACCCAGGGACCACCAAACACUCCAUCACUGUAGACCCAGGGACCACUGAGGACUCUGUCACUGCAGACCCAGGGACCACCAAACACUCCAUCACUGCAGACCCAGGGACCACCGAGGACUCCGUCACUGCAGACCCAGGGACCACAGAAGAUGAAACCACUAAACAUGGUGACACUCACCUUCUGUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-269 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -279
Frequency: 0.0000
Diversity: 210.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
............(((((...(((((.((....)).((.((((.(((.(.(((...(((((((((((((....(((((((..............(((((.(((..(((.((.(((((((((..(((((((((.((.((((((.(((((.........(((((..((((((.((....)).)))..((((.(((....((....))...)))))))..........)))..))))).....(((........)))....((((((..((.(((.(((.....)))))).))...))))))((((((...(((((.((.....)).)))))...)))))).(((.(((.((((................)))).))).)))....))))))))))).)).((((((((.((....((.....))....)).))))))))..))))))))).((..((..(((((....))))).))..))....(((..((.(..(((((...((((((.....(((.((.....)).))).....))))))...))))).)))..)))))))))))).)).))).))).)))))))))))).))))).)).((((((...(((((.((.....)).)))))...)))))).....((.....))...))))))....))).).)))))))))......(((((...))).)))))))....)))))((((((((.(((...(((((....)))))....))).)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,,......(((((,.,(((({.((.{{{||.,,..,,|}|},}}.}))}}.}}|((((.(((((,...(((((((..............(((((.(((..(((.((.(((((((({.,(((((((((.({.((((((((((((..{{.....(((((..((((((.((....)).)))..((((.(((....((....))...)))))))..........)))..))))).....(((........)))....{(((((..((.(((.(((.....)))))),)}...)))))}((((((...(((((.((.....)).)))))...)))))).((({(,,.,,,|}}.}}.....{|{,..||||.|||.|||..,.|||,|||||||{,,.((((((((.((..,.((.....)).,..)).))))))))..,}}}|}.}}.,}..))..(((((....)))))})),))).)),}||,}{|||..{{{|{,,.((((((.....(((.((.....)).})),....))))))...}}))}.))).))))),))))|)).||{|||.,,}.|||}},.,,....,,})}....{|{|||...|||||.{{.,,,.)).)))))...))))))..}}}}|},}}.)}....)))))})).)),})}.))).)))}}}}}}}}))})))).)),)}))))}....)))}}((((((((.(((...(((((....)))))....))).)))))))).
Back