Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-MUC22-1:5
Sequence Length
1980 nt
GC Content
0.5000
ACAUAUAAACCCACAGCCACUGCGGGUGGAAGGAGAAGGGCAGGGUGGAAAAAGUUUGAGAGAAGGAGGGAGGAAAAGGUGUCCUGGCUAGCACCAUGUGGAUUCUCUUGAGAUGAGAAGAAAAUGCCCCGCUACGUCCCCCUUCUGCUGCUCCUGCUUCUCCUGAGGUGUUCAGAACGGGGUGGAGGAGUUAAUUUUGGUGAGAAGGAUGCAAAAGUCCCCGGGACCUGGAGAGAUGGAGUCAGGGUCCCUGGAGAAGGAGCCUCUUGGGACUCAGACAGGGCCAGUCCCGAGCGAAGGUACGGAAUAGAUGGAGCACCUGGCCAGCUGUCUCAUUUUAAAUCAUAUACCAAGCAUGACCUGAGUGUAAUCUCUAACAUGAAUCACAGCUUCUGCCUCAUUGGUUUGCCAGAACCGCAGGCACAAAUGGAUGAGAGGAGACACCUAUGAACAUGGAGCCAGAAUACCCCAAUUGCUGAAACACCAGUUCAGAGAGGAGUGAGCUUGAGAAAGAGUCAGGUUUAGUGUCCCACGGAAAGAGACCAGACCUGGAAAAGACAGAGUCAAAGCUGGGUGAGCAGGCCUUCGAAGGGCGUGGCUCAGCAAAGAUAAUCCAUAUUGUAGUGCAAGAGGAUUCUUGUGGAAUAUGUUUUACCAGAAUUAAACCAAAAAUGCCAAAUGAUCCCUAACUGGAAUAAAUCUCACCACAUUACCUGGGGAGAGGUGUCAUUUGGAUGUGAGGAUAGUUAUGAAAAUACUGAGCAGAGCAGAUGAGGAUAGGCCAUCAACAAUUCACAUUAAAUGAGAUUACUUUUUAGUAGGACUAAGCCAAAGCAUUUCCACUAAGCACCCAGAGACCAGCCCUAAAGACUCAAGAAUAAGAGAAAAUGAUGUAACUGCAGAUGGAAGGACCACUGAGGACCACAUCACUGCAGACCCAGGGACCACCGAGGACUCUGUCACUGCAGACCCAGGGACCACUGAGGACAAUGUGACUGUGGACCCAGGGACCACCGAGGGCUCUGUCACUGCAGACCCAGCGACCACCAAGGACUAUGUGUCUGCAGACCCAGGGACCACCAAGGAUUCUGUCACUGCAGACCCAGGGACCACUCACUGAGAACUUUGUCACUGCAGACCCAGGGACCACCAAGGACUCCAUCACUGCAGACCCAAGGACCACAGAGGACUCCGUCACUGCAGACCCAGGGACCACCAAACACUCCAUCACUGUAGACCCAGGGACCACUGAGGACUCUGUCACUGCAGACCCAGGGACCACCAAACACUCCAUCACUGCAGACCCAGGGACCACCGAGGACUCCGUCACUGCAGACCCAGGGACCACAGAAGAUGAAACCACUAAACAUGGUGACACUCACCUUCUGUGAACUACUUCAGUCACAGCAGUGAAACCCACCAGGCUCCUGACACCCAUGGGAAUUAUCCUCAUAUCCCUGGCUGCAACCACAGUCACUGUUGUGCUCUUUGUUGGAUUGGGCUUCAUUGUGAAAGAGUGUUUCCUGCCUCCAUUAAAUCCAUCCACCAGGGUUAUUUAUCAUCCCCAUGUCAUGGACUACAGUACACCAUAAAGAGGACCCCAGCAGUGACUACAGUUGGUUCUAGAAAAAGGAGACCCCUCAUCCGCCUCUGCAAGACUAUACAGCAUGAUGUGUAUCCUCAGGCCUCCACUCCUCCGCCCUAGUCUGGAGCCCUGGGACCACCACAUGAGGAAGGCAGCUGGCCCCUGGAAUAAGCAUGUGGAGGACACUCAGAAGGAUGCCCAUCUGCUCUGAGUGUCUCCUAAUUCUGCCUGACCUUGGUUACUUCCUCUGGACAAUCGCCUUUACCUAUCUACCAGGUUUUGAGGAAUUACACACAGCUCAGGUAUAAGAGAUAUUCGGUAAGUCUGAUCAAAUCAAUAAAGCAAAUUUUAUCUGUUUUUGUCUGGGACAUAUCUCUACAUUCAUUCAUUUAACC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-628 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -662.02
Frequency: 0.0000
Diversity: 448.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((.(((...))).))))(((((((((..((((((((((............((((((.((((.(....(((((........)))))..(((((((.((((........)))).)))...))))..).)))))))))).)))).)))))))))))).(((..((((((..(((((((((((((.......(((..((.((((((....(((((.(((..(((.((.((((((((...(((((((((.((.((((((((((((((((...........)))))))))...))).........(((((((..(.(((..((((((.((((.(((.....(((((..((......))..))))).....))).))))...))))))(((.(((((((.(((((((.........))))..))).)))))).).)))..(((.(((((.(((.(.((((((......))).)))...).))))))))...)))(.(((((((((.......))))))))).)(((((..((.......(((....)))....(((((((((....((((((..(((((((((((.(((((.((((((....((((..((((...((((...))))..))))))))((((((.(((((((.....................(((((((((.((.............((((.(((.......))).)))))).)))))))))((((((((((.(((((....((.(((.......)))))....))).)).))).....)))))))..........((((....))))((......)))))))))))))))..........))).)))))))).....(((........)))....((((((..((.(((.(((.....)))))).))...))))))((((((...(((((.((.....)).)))))...)))))).(((.(((.((((................)))).))).))).....))))))).))))..((((((((.((....((.....))....)).))))))))))))))((....))...))))))))).((((((...(((((....(((...)))..)))))...)))))).))..)))))..))).)..))))))).((((((......(((((.....))..)))....)))))).....((.....)).....)))).)).((((((...(((((.((.....)).)))))...))))))..))))))))).......)))))))).)).))).))).)))))....((((.((((.....(((((..(((((((.((((((((.(((...(((((....)))))....))).))))))))..........((((.(((.(((.....)))...)))..))))....((((((....))).))).))))))))))))(((((((((((((((((.((((((((((((((((((..((((.......))))......))))......))))))((((.(((((............))).))...))))............)))))))).))...))))))))))...).))))..........))))...))))....((.(((((...........))).)).))))))))))..)))...)))))))))))))..))))))..))).......((((((((((..(((.....))))))........))))))).(((((((((((.((((....))))..)))))))))))........(((((((.((((..((.((((((.((((.......................)))).)))))).))..)).)).)))))))..((((((((.......((((.(.((((.(((((((......))))).))..))))..).))))))))))))...)))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
........((((.(((...))).)))){({((((((..(((((((({{............((((((.((((.(....(((((........)))))..((((,(({(({{.....}}}))}}.,,,...))))..).)))))))))).)))).)))))))))))).(((..((((((..(((((((((((((.......(((..(,{((((((,...(((((.(((..(((.((.((((((((..,(((((((((.,..{({((((((((({{((.......,,,,|||}|||}|,..}})).},,....(((((((..{{(((,.((((((.((((.(((.....(((((,,{(......}),.))))).....))).))))...))))))(((.(((((((.(((((((.,.....,.))))..))).)))))).).)))..,((.(((((.(((.{.((({{{......}}}.)))...}.)))))))).,,,}},,(((((((((.......)))))))}}{|(((((..{{.......||{,,,{||}....(((((((((....((((((..(((((((((((.(((((.((((((.,,.,{{{,{((((...{(({...))}}..}|}}}|||((((((.(((((({..,,,.,,,...,,.......((((((({(.((.....}}......((((.((,,,.....))),))))}},})))))))}{{(({{|..||{{{,{....,,,|||.,|...}}.((((.(......))))).....}))}))),,,}}}},,,|{||.,,,||}}{{.....,},})))))))))))).,,,......))).)))))))).....(((........)))....((((((..((.(((.(((.....)))))),),...))))))((((((...(((((.((.....)).)))))...)))))).(((.(((.((((...,..,....,..}.)))).))).))).....))))))).)))),.((((((((.((..,.((.....)).,..)).))))))))}))))|((....,,...))))))))).((((((...|{|({,...{{{..|}}}..}}}}|...||||||.,},.|||,|{.,,..)).))))}}}.||||||...}.}||.||,.,}})).,))).|,.}}}}})..}},|||,,..,,.....))))})).((((({...(((((.((.....)).)))))...))))))..))))))))).,.....)))))))).)).))).))).)))))....((((.((((.,,..{((((.,(((((((.((((((((.(((...(((((....)))))....))).))))))))..........((((.(((.(((.....)))...)))..))))....{{((({....))),)}}.)))))))))))|(((((((((((((((((.((((((({{(({,{(((,..({,,.,,...,||,|,.....))))}.....,,{{{{{.,,...(((...........,))}.,},.})))}...,,,,...}})))))))).),..}))))))))))...),}))),...,.....))))...))))....,,.{{{{{...........))}.}}.})))))))))..)))...)))))))))))))..))))))..))){{|....((((((((((..(((.....))))))........))))))).{((((((((((.((((....))))..))))))))))))),.....(((((((.((((,,{(.((((((.{({{.....,,...,,,,.......}}))},.)))))).})..)).)).)))))))..((((((((.......((((,(.((((.(((((((,....,))))).))..)))),,,.))))))))))))..................
Back