Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-NCAM2-12:1

Sequence Length

1318 nt

GC Content

0.3551

CACAGAGAGUAAAGCCCAUGAAGUUAGUAAAAUAGUUUUAUUAUUUUGUGAUACUAUAUAGCUAAAUUAAAUUGGCUACAUUGUUUCAUAAAUACAUCUAGUGUGGAGAGAGAGAGAGAGUGAGAGAGAGAUAGAGAGAGACUAUGUAUAUUUAAAUGUGUAAAGAAGAAGCAGACCAUUCUGCUCUUUUGUUCAUGCAACUCUCUAUCUGCUCACUUAAAGACACAUUGGCAUUUGAGACCUAAAAUUGUUACUUUGUUGUUGAAAUAAAGAAUGAACGGAAAGUCAAGGACAUUGAUUUUGAUGACAAUAUUGUCAAGAUCUGUAUUUUAGGAGGAAGUAUGUAAUAUUUUUAUUUUAUAAAAAAGUAGAUCUUUAGGGAGAAUGCAUUUAGGGCAACUUGAAUCUGUCUCCUCAGUUUAAAAAAAUAAAAGAUCUUUGGCAAUUUGUUUGAAUUUUAAAAGCCCCAAAUUCUAAAAAUUUACCUCUGGUUUGAUUCACGCACACAUUUAUUCUUGCAUAUACCAUGUCUGAUCUUGGCACAAGAAACUCUCCAUAGUGUGUCCUACAUGCAGUGAUUCAGUGAUCCAGGCUGAUCCAAUCUCAUAAUACUGCUAACUCCACACCAGGCCUCUGCAUCUCUCAAGCAGGGUAGGCAAUUGCCUUCGUCCCUCUGUGCUGCUAUAACAGAAUAGCACAGACUGAGUAAAUUAUAAAAAAGAGAAAUUUAUUUUCUCACAGUUCUGGAGGCUGAGAAGUUCAAUAUCAAGGUGCAAGCAUUAGUGUCUGGUAAGGGCUUGUUCCAUCGAUGGCAUCCUCUCACAGUGACAUCCUCCCAUGGCAGAAGACACAAGUGCAAAAAGGGGCAAACUCUUGCUGAAGCCUCUUUUUUAUUAAUCCAUUCAUGAGGACAGAGCACCAUGACUUCAUCACUUCCCAGAAGGCCCUCACCUCUUAAUCUCAUCACAAUGGAGAUUAAGUUUCAACAUGAAUUUUGUAGAGGAUGCAUUCAACCCGUAACAGCAAUUAUGUUCACACAUUAAUAUAAAAACAAAGAUCUAUCUUUAUAAAAUGUUAAACAUUUAUUUUGCAUUCCAAAUUCCCAGAUCCUAGAGUUAAAAUCAUUAUGAAGAAGUUUUUGAGCCUCUAUUAUAUGGCUGUAACAUUUACAAACCUCCAAAUAUUUCAAAGCCACUGUUUUGGUAUUGAUUAAAUGAGAAUAAAAUGUGUUAUGAGCUCACCUCAAUUGCCCUGUCAUAUAGUAUUUUAUCCCAUUUUUAUCUCUCUCUCUUCCUCAUGAAGCUUUUAGAGCAAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-321.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -347.78

Frequency: 0.0000

Diversity: 319.38

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..........(((((.(((((...((((((((...))))))))..((((((.((.((.(((((((......))))))).)).)).))))))((((.....))))((((((((((((((((((.(((((((((((((((....(((((((((......))))).((((((.(((((....)))))))))))...))))...)))))))))).)))(((....((((....((((.(((((........(((((.(((((((.....))))))))))))....((((((((.....))))))))..(((((....))))).(((.(..(((((((((((((..((((((.((...(((((((((((...((((((((((.((((((..(.(((((((....))))))))..))))))..........................(((.((((.(((((((((...(((((((.........(((((((..(((((.((......((((((......((..((((.....))))..))(((((...)))))...........)))))).......((((((..(((((.......))))).............))))))......)).)))))(((.((((.........)))))))((((....))))...((..(((((((((...........)))))))))..)))))))))........((((((.....)))))).......))).))))..)))))))))...)))).)))....((((((((.((((((..(((.((((....((..(((((((((.(((((((...(((....(((..((((.....((((.((((((((((..............)))))))))))))).........((((((.((........)).))))))..)))))))..)))...))))..(((((((((.........))))))))).((((...))))...))))))))))))..)).....).))))))..))))...)).))))))))........)))))))))).)))))))))))..........)).))))))......))))....)))))))))..).)))..((((((((.(((....))).))).))))).(((((((((((........(((........((((.((((......)))).))))......)))........))))))).))))...))))).)))).))))....)))......)).)))))...))))))))))))).)))))..)))))............

Thermodynamic Ensemble Prediction

..........(((((.(((((...((((((({...}))))))).{((((((.((.{{.(((((((......))))))).}}.)).))))))|,((,,...))))((((((((((((((((((,(,(((((((((((((......,,{({{{......}}}}}.{(((({{(((((....))))))))))},,.,,,)},.)))))))))).)))|||....((((....((((.(((((........{((((.(((((((.....))))))))))}}..,,((((((((.....))))))))..(((((....))))).((({({.{{{(({((((((({{(,((((..,,,.(((((((((((...((((((((((.(((,((((((((((((({{..,|||||,{{{,,,,,,}}}}}}},.........,{{,.{{{((,{,((((,{{{{,,,{,..,|{,,|||}}}}}},,.{{{{{{{..(((((.((....,.((((({,,...{(((((........||{|,....,.|}},})))))}..........)))))).......(((((({,(((((.......))))),,...........,)))))......)).)))))(((.((((.........))))))}((((....))))...{{..(((((((((,{.....,,..)))))))))..)}}}}}}}}........((((((.....))))))....{{{{{{{||,{{{{(({|,,,....||.(((((..(((((.(((((((,((.(((..((({.,...((.{(,,.|||,|,,,.|,}}}}.,..}}}.}),},|,|}}))).}))))((((((((((...........,..))))))))))......(((........)))....))))).))))))).))))))}}})))),)}}}).....(((((((((.......,.))))))))).,((.{{{.,,....))),))))))))))))..))}{,,,,|},..|||||||.,.,,...}}},,......)))))))))).)))))))))))..,,,...,})}.,))),)})}...,}}},,,,))}||||||,,|,|}|..{,{{{{{|.|{|,,,,}}},))).,,,,,,(((((((((((........(((........((((.((((......)))).))))......)))........))))))).)))},..))))).)))).))))....}},......,,.}}}}}...)))))))))))))})))))..))))).....,......