Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-NCAM2-14:1
Sequence Length
861 nt
GC Content
0.3031
UUUGCUGUUUAUUCUCCUCUGGCUUUGAUUGACUAUCCAUAUAUAUAAAUCAUGAUGCUUUUUAUUUUCUAAUGGAAGGCUUUUAUUUGGUUUUGUGAAUAGUUAUUUUGUUUCCAAUGCAUUUCUAGCAAUCAAUUAUUGAAAAGACUGUCCUUGCUGCAGUGUAUGUUUUUGGUACUUUGUCAAAAAUGAAUUGACUGUAAAUGUGUGGAUUGAUUUGUAGGUUAUCUAUUAUGUUCUAUGUGUCUGUUUUUAUGGCAGUACCAUGCUGAUUUUAAUACUAUAGCUUUGUAGUAUAAUUUGAAGUCAGAUACUGUGCUUCUUCCAGCUUUGUUCUCUUUGUUCAGAAUUGUUGUAGGUAUUCCAGGUCGUUUGUGGUUCCAUAUACAUUUUAGAAUUUUUUUUUAUUUCUGUGAAGAAUUUCAUUAGUACUUUGACACAUACUGUAUUGAAUCUGUAGAUAAUGUUAGGCAGUAUAGACAUCUUAAUAAUAUUGAUUUUUCUAAUUCAUGAUUAUGAAAUAUCUUUCCAUUUUUGUGUCUUCAAUUUACUCCCUUGAUGUUUUAUAGCAUUUUUAUCAACAAAAAUUGUGUAUGUUUAUAAUAUACAGCAUGAUGUUUUGAAAUAUGUAUAUAUUGUAGAAUGGGUAAAUCGAGCUAACUAACAUAUGUAUUCCCUCAUAUGUAUAUAUAUUUGUGUGUGUGUGUAUGGCGAGAACACAUAAAAUCUAUUUUCAAGUUAUUUACAUGUGGGUGGAUUAUCGUUGUACAUUGGCUUAUAACUUAAUUUGUUGUUAAGUGACAAAAGUGGAUGGAUAGUAUGCUUCCUUUUAUGUGGAAGAGGGAACUUGGGGAGCUUAGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-200 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -216.7
Frequency: 0.0000
Diversity: 196.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((..((((((..........(((((((.((((....(((((...((.((((((((((....)))))))))).)).)))))....)))).)))))))....((((((..(((.......)))((((((.((((..((((.((((..((((((...((((.......))))........((((.((((.((.........)).)))).))))..(.(((((((((...((((((((((((......(((((.....)))))(((((((((((((((((....))))))))....))))))))).(((((((.(((((((((.............((((.(((.(((.(((((....(((.(.....).)))..)).)))))).))).))))............))).))))))...)).)))))....)))))))).......))))..))))))))).)...))))))..))))))))..))))))))))........(((((....))))).(((((.(((((((((((.......((((((((.......(((((((((((((((((..((((...((..((((((((...))))))))..))..)))).))))).))))......)))))))))))))))).(((((((...(((...(((.(((((((((((((.(((.(((((..(((((((...........)))))))...........)))))))).)))))))))).))).)))...)))...)))))))...(((((((.....))))))).))))))))))).))))).....(((((........))))).))))))..))))))..))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......,(((..((((((.,,....{{.(((((((.((((....(((((.,.((.((((((((((....)))))))))).,}.)))))..,.)))).))))))).,,.{{{{||..,((.......))|((((({{((((..((((.((((..((((((...{{,{,....,{||||...{{{{.{{{{.((({,((.,,,,,,,,||,||}},|||,..,.||||||||{.},|||{|||{{|||.,},,.|{|||,}},})))},(((((((((((((((((....)))))))}...,))))))))).{((((((.(((((((((....,........((((,(((.(({{(({((....(((.(.....).)))..)).))}))),))).))))........,...))).))))))...)),,))))....)))))))).......))}}..))))))))).}...))))))..))))))))..))))))))))},,,{{{,(({{,,,,,)}))).(((((.(((((((((((.......((((((((..,,.{{({,.((({{((({((({..((((...,{,,((((((({...})))))))..}}..)))).})))).)))),}),},}}}}}}..)))))))).(((((((...(((.,,(((.(((((((((((((.(((.((((({{((((({(,,...,,....)))))))...........))))}))).)))))))))).))).)),,,,)))...)))))))...(((((((.....))))))).))))))))))).))))).....(((((........))))).))))))..))))))..))}.
Back