Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-NCAM2-18:1
Sequence Length
847 nt
GC Content
0.3943
UUCCCAACAUGAGGCAUAUGAAAUGUGAAAAAAUAAAAAAGCCUCUAUUUGAAUGGAUUGAAGAGGAAACAGUGUGUUUAUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCCGGACUACAGGUGCGCGCCACCACGCCCAGGUAAUUUUUGUAUUUGUAGUAGAGAUGGCAUUUCACCAUAUUGUCCAGGAUGGUCUCGAUCUUCUGACCUAGUCAUCCGCCUGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCACGCCCGGCCUGCAUACUGUUUUUCAUAGUGAUUGCAUCAUUGUACAUUCCCAUCAACCGUGUUCAAAGGUGACAAUUUUCCAUACUGUCACCAAUAUUUAUAUUUUUUAUAUAUAGCAACCAUAUUAGCAGGUGUGAGCUGAUAACUCACUGUGGUUUUGAUUUUUAGUUCCCUUGUGAUUAGUGUGUUGAGCACCUUAUUUUAUAUCUGAUAGUCAUUUGUAUGUCUUCCCUGGAGAAGUGUCUAAGUUCUUGGUCCAUUUUCACUUUAUUUUUUAUUUAGUUGGGUAAGUUCCCUGCGUAUUUUGGAUAUUAACCCCUUGUCAGAUAUAUGCUUUGCAAGUAAUUUCUCCCAUUCCAUAAAUUGCCUUAUUAUCUUAUUAACUAUUUCCUUUGUUGUGCAGAGGUCUUUUACCUUGGUGCAGUUCCCACUUGCCAGUUUUUAUUUUAUUUGCCUGUAGUUUUGGUGACAUAUUCAAUAACUCAUGGCCAAAGGCAAUGGAAAGGAGUUUUCUCCUGUUUUCUUCUAAGAGCCUUACAAUUCCAGGUCUUACGUUCAAGUCUUUAAUCCAUUUUGAGUUGAUUUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-210.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -225.56
Frequency: 0.0000
Diversity: 138.63
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((..(((((.........................))))).....(((((((((((((.(((((((((((((.........(((((....)))))..(((((((((((((((((....(((.......)))......))))))))))))....((((.......))))........((((((.((.(.((....)).).))))))))(((((.((((((((.....)).))))))....)))))(((......)))..)))))..))))))))))))).((((((((...))))))))...............((((((((.(((((((...........))))))).....((((((.......))))))....((((((((((((.(.(((((((.((.(((.........))))).)))))))))))))...))))))))))))))).(((((........)))))..(((((.((((....(((((((...(((....((((((((.........(((..((.....))..))).(((......))).((((((.((.((((.........)))).)).))))))..((..((......))..))((((((....((((((...................(((((((...))))))).........((((((.(((....)))))))))..............(((((.((((((((........)))).)))))).)))..))))))))))))(((((....)))))........))))))))...))).)))))))....)))).))))))))))))))))))...))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
....((((..(((((........,........,,......)))))..,,.((((((((((((({(((((((((((((.......{,(((((....))))),.(((((((((((((((((....(((.......)))......))))))))))))....,((({,.....|,,...,,.,..((((((.((.(.((....)).).))))))))(((((.((((((((.....)).))))))....))))|{{{.,....)}),,)))))..))))))))))))}.((((((((...})))))))...............((((((({.(((((((...........)))))))...,..(((({....,}})}))}.....((((((((((((.(.(((((((.{{.(((.........}))}}.)))))))))))))...)))))))}))))))).,{{{{........))})}..,{(((.((((....(((((((...(((..,.((((((((.........{{{..{{.....}}..))}.(((..,...}|}.((((({.{,.((((.........)))),}}.})))))...|.,||......,,..},(((((,...{((((((...................(((((((...))))))).........{(((((.(((....))))))))}..............(((((.((((((((........)))).)))))).)))..))))))))))))(((((....)))))........)))))))).,,))).)))))))....)))).)))})))))))))))))).,,))))......
Back