Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-OPRD1-1:2
Sequence Length
1764 nt
GC Content
0.5068
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-633.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -665.35
Frequency: 0.0000
Diversity: 330.9
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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