Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-ORAOV1-1:4

Sequence Length

1102 nt

GC Content

0.6016

UAUUAAUGACCCUAGAGGGACCCUUUGUCCUCGGUGCACAGGCUGUAAUCAGCGGGGCUCCGGGGGCUCUGGCCUAAUUUGGAGGGACAGGUUUUAUCAUCACCCUUGAUUCGGGUGACCCAAUCUGACAGGCCCACGACCCCCUGUAUGCGGGGUCCACGUCAGAGAUGGGCUUCCUCCCAGCGGCCCACCCCAGCGGGCUGGGGAGAGGGAAGGGGGAGGUGGUGGCCAUGGGGGAAGUUCGGGGUGAAGAAGGGGUCACAGCCAGACCCCCACUUGGAUGGGCCUGUGAUCGGGUUCUCGGGAGGAGCAGGAUAUUGAUUAGAUCAGUGAAUGGUGUGGAGGCAGCUCUCCCCAGGCACGUGCUCCCGACCACCCACCAGCAAGCGUCUGUUGCCUGCCGGUGCCAGGGCUGGGUGGGGACUCUGGGACAGGCCGGCUGCCUAGGAGGGGCCAGGCAGGAGCCAAGGGGCUGGCUCCAGGGACUGCCAGGAGGGCCCCAGGGAAGGGGAGCCGGGAAGCGUUUUGGCUGCCUCCGGCGUGAAGUCGUGGAAACGUGUUUGCAGAUACAUGACAAAGGGCCACCUCAUUUAAUGCUUCCCUCAACCUUCCCAGGCCCCGAUCCCCAUGUUCUGGGUCAGGAGGCCCAUUCGAGGUCAAGGGGUGGGCGAAGGCUGACGAGACAAACCCAGGGACUAGCUCCUGAGUCCCAAAACCUGUCCUCACCCACCCAGGGGUCCCCUGCACGCUCUCCAGGGUGUGCGGUGCGUGGCUGCUGGGUUUGGGUGCAUUAGAGCCUGAGGCAAGGGCUUGAGUCUGAAUUCUCGCUACGGACCAAAUGUGUGCGUCCUCCCUAAAUACAUAUGUUGAAGCCUUAACUCCCAAUGUGAUGGCAUUAGGAGAGGGGACCUGUGGAAUGUAGUUGAGUCCUGAGGGUGCGGCCCCGUGAUGAAAUUAGUGGCCUGAUAAGAAGAGGCCCAGAGAACCGGCUCUGUCUCUGCUCUCUGUCGCACGAGGACCCCACAAGAAGACGGCCACCUGCAAACAGCCAUUGAAUCUGCCAGUGACUUGGUCGUGGAGUUCCAGCCUCCAGAACUGUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-469.3 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -486.24

Frequency: 0.0000

Diversity: 271.59

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....(((((((((.(((..((((..((((((((.((.(..((((....))))..))).))))))))...((((((((.....((((((((((((....((((((.......))))))((((.((((((..(.....(((((((.....).)))))))..))))))..))))...((((((..(..(((.((((((....))))))...)))..).)))))).((.(((((.((((..(((((.((((......((((((.......))))))..(((((((((((((.((((.((((..(((((((..((.......((((...))))(((..(((.(.((((....)))).))))..))))).)))))))..))))(((.(((.(((.....))).))).))).(((((((...(((((((.((((((.(((.....))))))))).((((((.(((....)))..((((((..((((.((.....)).)))))))))).(((((((.((...((((((((((..((..((((...(((((..(((.((.(((....))).))))).)))).)...))))..))......))))))))))))..))))))).))))))..))))))))))))))))))..)))))))))))))(((.....((.(((....))).))..)))..))))..)))))..)))))).)))))))))))))))))(((((((((((.((((((((((((((((....)))))))))).).).)))).))))))..))))).))))).)))((((((...(((..((((....))))..)))..((((((......)).)))).....................)))))).((((.(((((....))))).))))))))..))).)))..(((((.((.(((((....(((.((((.((((.(((.......(((((.........)))))((((((..(((........))).))))))))))))).)).)).)))....))..))))).)))))...((.(((((.......))))).)).))))))((((.......))))...........

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....{{{{({{,{.,(({,((({..((((((((.((.(..((((....))))..})).)))))))),{,(({{,,...,||.(((((((((((,....((((((.......))))))((((.((((((.,{.....(((((({.....}.))))))}..))))))..))))...((((((..(..(((.((((((....))))))...)))..).)))))),((.(((((.((((..(((((.((((......{,((((...{{{.,|||||..(((((((((((((.((((,((((..(((((((.,,{.......{(({...}))}(((..(((.{.((((....)))),))))..))),).)))))))..))))(((.(((.(((.....))).))).))).{((((((...(((((((,{(((((.(((.....))))))))).((((((.(((....)))..((((((..((((.((.....)).)))))))))).(((((((.{{...((((((((((.,((,.((({.,|||{,...{{||{{....,{{,{.,.,....,)))),}...||)}..))......))))))))))})..))))))).)))))),.))))))))))))))))))..))))))))))))){,,..}}}||.|||...}))).,)..,,,..))))..)))))..)))))).))))))))))))))))){,{|||,{{||}||||||((((((((((....)))))))))),|,|{||||,|||||{{{}}|||{||,||{|||,{{{{{.,(((({,{,,{{{{..,,|,||||{|(,|{({.,,{,{{,.,|||,,,,,,,.,,|||,||{|{.,|,,,,..|{{{,|||||...,})})),))}))))),,))}.)))..,}}|}}|}}|{{|{{.(({(,.,|}}}||||||.,,.,|,.,(((((.........)))))||||{....}}))))))))),)})}),}}}.)))),.))})},,......,}.|))))}}.,|},...||.(((((.......))))).,},))))))({{{,,.,...)))),,.,,}.....