Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-SLC39A11-10:21
Sequence Length
873 nt
GC Content
0.4364
AAUUUGCGAAGUGAGGACACUAUCACAAGAUCCAAAUCAAUGUCCUUCCGGGAGAAUUUCUUAAAAUCUUGUUUUCUCUCGUUGUCUUCGGAAGAAGCCCGACAUUUCUUAUAGGAAAUGGAACUCUUCAUAAGCCAAAAACAAUCCAUUGAUACACUUGGUGACAUUAAUUGAGAAAAAAACAAUAUGGUCUGGCCAUGGAGGCAUGGUAUCCGUAACAUCCCCCAAAGGAGCUAAAGAAGAAAUCCACAAUUUACCAUGAGCAUUUCUCGUCUGAAGAUUGCCAAGCGAUUCCUCCAGGACAUUCCUCAAGAUCAAUUUCUGUUCAUCCACCUUGUCCUGGGAGGGACAUCAAUGGGUUUCCAUGUCCUUUGGCUUCUGGUUGAGUUCACUCAGUGGAGAACCCUGGCAAGAGGCAGGAAAAGGGGAGGAAGGCUUUAUGAUACAUGUGUUGAAUGUGCAGGUUCGUUACAUAGGUAAAUGUGUGGCAUGGUGGUUUGCUGCACCUAUCAACCCAUCACCUAGGUAUUAAGCCCUGCAUGCAUUAGCUAUUAGUCCUGAUGCUCUCCCUCCCCCGCACCCCCUAGCAGGUCCCUGGUGUAUGUUGUUCCACUCCCUGUGUUCAUGUAUUCUCAUUGUUCAACUCCCACUUAUGAGUGAGAACAUGCAGUGUUUGAUUUUCUGUUCCUGUGUCAGUUUACUGAGGAUACUGGCUUCCAGCGUCAUCCACGUCUCAGUAUAGGACAUCAUCUCAUUCCUUUUUAUGGCUGCAUAGUAUUCCAUGGUGUAUAUGUAUCACAUUUUUCUUUAUCCAGUCUACCAUUGUGGGCAUUUGGGUUCAUUCCAAGUCUUUAAUAAGGGUUUGGUCUUACC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-247.1 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -261.63
Frequency: 0.0000
Diversity: 117.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........((((........))))((((.(((((((..(((.....((((((((.................))))))))..(.(((.((((..((((((((((((((....)))))))((((((.(((.((((((((.(((((((((((((.(.((((((((..((...(((((((.......(((((....((((((....))))))..)))))...(((......)))(((.......((((.....))))......))).)))))))....))..)))))))).).(((((((((((((........((.((.....)).))........)))))).))))))).)))))))))).....)))..)))))))).)))..))))))....((((((((((((((.(....).))))....(((((((.((((.(((.(((..(((.(((((.((((((((.....(((.(((((..(((.((.....((((........)))).....)).))).))))).)))......))))))))..))))))))..))).))).)).)).))))))).(((((.(((...))).....)))))..))).)))))))...((((..(((((((.(.(((.((((.((((........))))..))))(((((((...........((.....(((((....((((((((((.((((...)))).)))........)))))))...))))).....))............)))))))........)))).)))))))...))))..............((((((....))))))..)))))))..))))))).)....)))..)))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,.{{{(((,...}}}}.)),){(((.(((((((..,,,.....((((((((.................))))))))..{.(((.((((..((((((((((((((....)))))))((((((.(((.((((((((.(((((((((((((.{.((((((((,.((,..(((((((.......(((((....((((((....))))))..)))))...(((......)))(((......,((,,.....,)))......))).)))))))..,,),,.)))))))).}.(((((((((((((........((.{(.....)).)}........)))))))))))))).)))))))))).....)))..)))))))).)))..))))))....(((((({(((((((.(....).))))....(((((((.((((.(((.(((..(((.(((((.{(((((((({...(((.(((((..{((.((,{...((((........))))...,.}).))).))))).)))...}),))))))}},,))))))))..))).))).)).)).))))))).(((((.({,...,)).....)))))..))).}))))))...((((..(((((((.{,(({,((((.((((........))))..))))|((((((....{{.....{{....,(((((....((((((((((.((((...)))).)))........)))))))...))))}.....}}......,..,..))))))}........}))).))))))).}.))))..............((((((....))))))..)))))))..))))))).}....,,}..))))))))))}...
Back