Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-SLC39A11-1:33
Sequence Length
663 nt
GC Content
0.6320
GGUAUCCAGAGGACGCGGUCACCGCCUCUGGCAUUUGUCGUUCUGCGCUUCUCCGCAAGGACCCUCUGUUAGGCAGGCGCCCACCGUAAGCCUCCCGGGCCUUGUGAACCUGCAAACCCAAGUCUGAGAGACGAUCCGCCUUCAGCGCUUUCCAGCUUGGCAGAGAGGCUUUCCCGGCGGGGAUCUUUGGUUGGCGCUGGCGAUGCGCGGGGAAGAAAGGCGAGGAGCGGCGUCCAGGCUGGGUGAUGUCCCAGCACGAGUAGGCGGGAUGCGCUCGCUUGGUCCUCCGGGCGCCCGGUCCCUGCCCGCGUCGCGCGCCCACCCCUGGGGACGAGAAGGCGGCCGCCUGAGGACCCCCGCCCGCGACCUCCGCGAGUCUGGAGCGCAGAGGACAGGGUCUGGCUGCUCUUUGGCCUUGGAUGGAAAGUGGGGAAUUGGGUGGGGGGCUGCGGACCCCUUAACGUGGAUUACUUGGUGUGUAUCAGCUGGGCUCAGAAGACCCACGACCUCUUCUCCAUCCGUGGAUUGAUUUGUUCUGCUUAACAGCUGGGUCGCCAAGCUGGAGGUAUUUUUCCCUCUCCACCCUGGUCUUCUCCUGUAACGUGUGGCCGCCUUUUCCAGCACGGCCUCCUGCCUUCCUGGUGCACUUUUUGGAGAACGUGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-278.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -290.17
Frequency: 0.0000
Diversity: 185.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((((((.((.(....))))))))))...........(((((.((((((((((((.(((.......((.((((...........)))).))))))))))).....((((.....(((((((((.(.((...))).))))).)))).((((...(((((.(((((((((((((.(((...........(((((..((((((((((((((.....((((.((((.((...((((((.(((((.((((((.((.(.....))))))))))))))))))))))))))...))))...)))))))..))))))))))))..)))))))))).((((((((((((((.((((((((((((((((....((((((..((((((.((.((((((.(((.......))).)))))))).)))))).....))))))...)))))))))).....(((((.......(((((...(((((((....(((((((....(((((((.(((((..............))))).))......))))).....)))))))..)))))))...((((........)))))))))...)))))..))))....)).))))))))))))))......)))))))))))...))))))))......)))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(((((((.((.(....)))))))))).,.........(((((.((((((((((((.(((......{(({{{((,.....,},..)))).}}))))))))),....{|||.....{{({((({{|{.{{...}}|,}}}}).||},.((((...(((((.((((((,(((({(.(((|......||,.(((((..((((((((((((((.....((((.((({{(((({((,{((((((,,..,,|||}||.,{,.,,{|||||}}}}}))))))))|}),,)}}}})))).,.))))))),,)))))))))))),,)))))))))}.((((((((((((((.,(((((((((((((((,..{((((((,.(((((({({,((({((,({{.,,,,..)))}})))))))}}))))},,...))))))...})))||||||,,.,.{|,||,,.....{{{{,...(((((((....(((((((....(((((,(.(((((..............))))).,,....,.))))).....)))))))..)))))))..{((((........)))))))))...))))),},}},.....}.))))))))))))))......)))))))))))...)))),)),......))))))))))}
Back