Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-SLC39A11-1:36

Sequence Length

1129 nt

GC Content

0.5084

UGACAGGAGAGAUAGGAGGUUCUCGUGGUGAAACAAGUCCCUCUGCUCAGGAGGCUGCAGUUUAAAGGAUUUCAAGGUGACCUUGGAAGUGGUCACUGACCUUGGAUAAGACCCUUAUAUGCCAGGCUGGUGGAGAACAGGUGGAGGGAGGCCUGAAGACAGCCCUAAACUGAGGGGUCUGGAAACCUGAUCACCGGCCCUGCCCUUGGCUUCAACUAAGUCCGGGUCACAUAAACAGCUUGAUGGAUUGCUGAGGCAGAGUGCACCGAGCAAGGGUUCAGUCCUCCAUAGAGCUCAGAGCAAAAGGAAUGACCCAGCCGGGAUGAACUUGAACCUAUGGCCACCUAGCUCUGGUUUCUGCUUGGACAUUUUAUUUCAAUCUUAUGGCCUGCCUUGCGCUCCAAGGGUUACUUAUUUCCUCUGCACAUAUUUUAUUUUGAUGCCAAAAUUUCAGAUCUGUUUUCUUAAGAGCAGAAGGUCUUGACCUCAAAGCCCGGGCCAUCACACAGCUCUCUGUGGAGUGGGGUGAGGGAGGCCAGCUGCCGGUCACCUUCUGCUCCAGCACCGUGGGAGGCCUGAGUGGCAAAGCUCCAGCCCCGCUGCUCCCGGGCGGUGUCCGCAACAAGAGGCUUCCGCCCCAUCCCACCAGCCAUCCACGGAGACGCCCUCCCCAGAGGUCAGGAGGGUAGCGGGGGAAGGAAAUGCCAAUCGUAAAUUGUAACCACUGAAAGUCCGCUGUUUCGAUUCUGGGCAAGAUGCUAUGGCAGAACAGGGACCAUGAUGAACUACUUAGAAAAAUACAUAAGGCCAUACCCAUGCAGGAGACCUCUCCAGGUACACAUAUUUCCUGCUACUGAAUGGCUUAGACUGGGAUUUGCAAGGAACUACGAAGUCCAAGACCUUUGCCUUUCUUUUAGAAGAAGGCACCAGCUGGUUCUCCAAUGUUGAAGGUCUUCUCCAGAGAUGAACUCUGAAAGCCACAUGUUGAGAUGGCCCCAUUACAGGAUGGAGAGCACCUGAACCCCCAAGUUAUGGACUAGAAGAAGACAGUUGCCCUGGAAAAUCAUCUGACCCACAUUGGACUUUAUGUGAGGGGGAAAUAAACCUUUAUUAUGUUAAGCUACACAAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-367.2 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -389.07

Frequency: 0.0000

Diversity: 332.16

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

........(((...(((((..((.((......)).))..))))).)))....(((((((...((((((..((((((((((((........))))....))))))))...(((((((...(((.((((.(((.((((..((((.(((((.(((((((((((..((((......))))))))..........)))..))))...))))).)))).......(((((((.((...(((((((((.(((((..((((((.(....(((.....)))..).))))))..))))).)))))((((((...(((..((..(((...((............))..))).))))).)))))))))).)))))))))............))))...))).)))).)))....)))))))..(((((((((((.((((((....((((((....))))))......((((((((....)))))))).(((.(((....))).))).((((((((...((((((((((((((((((((((.(((((...((((((((.(((((((((((.........))))))))..))).))))..)))).((((...)))))))))((((((.((((.......).)))..))))))))))))))......)))))))))).((....(((((((((((....((((((((((((......((((........................((((.((((((.(......((((...))))....).))))))))))((((........((((..........))))........))))..((((....)))).))))......))))))))))))...))))))...)))))....))..(((.((....)))))((((((((((((((.(((....))))))))).(((((((....)))..))))))))))))...(((((.....)))))..........)))).)))))))).....((((.((.....)))))).....((((....(((..((((.((...(((.....))).....)).))))..)))..))))....)))))).))))))))))).))))))...)))..)))).......

Thermodynamic Ensemble Prediction

......,,(((...(((((..{{.((,.,...}}.}}..|}}}}.}}}.{,.((({(((...((((((..((((((((((((........))))}...,))))))}...(((((((...,((,((((.(((,({{,..{(((.(((((,((((,,,{{{({{((((......,))))}))|,...,},,.}),,}))}),,,)}}}},))}}.......(((((((,{,...,{{{(((((.{((((..((((((.(....(((.....)))..).))))))..))))}.)))))((((((...(((..{{..{{,,,,(({.,.........)),.})),}}))).)))))))))).}))))))))............)))}..,))),)))).))}},,,})))))}..(((((((((((.((((((....{(((((....)))))},((((,,((((((((({..(((((((((({..{((((....(((...((((.((.{.{,{((({{{..||))|||||)}.,||,)))).)))...))))))))))))))).....{((((((.(({,{(,((((,...||..{{{{...))))}},..((((((.{,((.,.....}.))}..))))))....))))}}}}}.))))))),|..(((((((,,...}}...))))))).,|(((((.,({,..({({,.{{,{,..,{,{,..,.,,....((((.((((((,,..,{..((({...})))..}},.)))))))))).....,,.....,,,,..........,.|{(((((.,....(((((((((((....)))).......,)))))))....}.))))))).,..))}}})))}}..((,,({....))))){(((((({((((((((({....))))))))).(((((((....))}..))))}))))))|.,.(((((.....)))))...((({..{....},.)))),{{{{{.,,,}}))).,.})}))),..))))).{{{{...)})}..}))))))))).....}))}}....,,}}}},.(({...}))....)))))).))))))))))).)))))}...)))..}))).,.....