Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-SLC39A11-1:4

Sequence Length

1716 nt

GC Content

0.5734

AGGGCGCGCAGGCGGCGCGGGUGCGCGGUGCGGCGCUGGUAUCCAGAGGACGCGGUCACCGCCUCUGGCAUUUGUCGUUCUGCGCUUCUCCGCAAGGACCCUCUGUUAGGCAGGCGCCCACCGUAAGCCUCCCGGGCCUUGUGAACCUGCAAACCCAAGUCUGAGAGACGAUCCGCCUUCAGCGCUUUCCAGCUUGGCAGAGAGGCUUUCCCGGCGGGGAUCUUUGGUUGGCGCUGGCGAUGCGCGGGGAAGAAAGGCGAGGAGCGGCGUCCAGGCUGGGUGAUGUCCCAGCACGAGUAGGCGGGAUGCGCUCGCUUGGUCCUCCGGGCGCCCGGUCCCUGCCCGCGUCGCGCGCCCACCCCUGGGGACGAGAAGGCGGCCGCCUGAGGACCCCCGCCCGCGACCUCCGCGAGUCUGGAGCGCAGAGGACAGGGUCUGGCUGCUCUUUGGCCUUGGAUGGAAAGUGGGGAAUUGGGUGGGGGGCUGCGGACCCCUUAACGUGGAUUACUUGGUGUGUAUCAGCUGGGCUCAGAAGACCCACGACCUCUUCUCCAUCCGUGGAUUGAUUUGUUCUGCUUAACAGCUGGGUCGCCAAGCUGGAGGUAUUUUUCCCUCUCCACCCUGGUCUUCUCCUGUAACGUGUGGCCGCCUUUUCCAGCACGGCCUCCUGCCUUCCUGGUGCACUUUUUGGAGAACGUGGUGGAAUCAGAGGUUUCUGGCUGACUCGGUGGGUGCUUUGAACCAGGAAAGGACAAGAAAGAGGUUGGAGUACAGUGGCAUGAUCUCAGCUCACUGCAGCCUCGACUUCCUGGGCUCAAGAAAUCCUCCUGUCUCUGCCUUCCGAGUAGCUGUGAUCACAGUUGUAUGCCAUCAUGCCCAGACCAGAUUUCGCCAUAUUGCUCAGGAUGGUCUUGAACUCCUGGGCUCAAGUGAUCCGCCUGCCUUGGCCUCCCAGAAUGCCAGGAUUACAGAUGUGAGCCACUGUGCCUGGCCUGAAGUCUAGUAAUUUUUAAAACUUUGCAUGUUAUUCUGCUCAUGAGCCAAGUUCGGGUGCCUGUGGAACAGCUAUAUUCCUCAAACUAGAUAUGCACCCCAGUCCCUGGGGAUUCUGUCAAAAGGCAGAUUCACAUUCAGCAGGUCUAGGGUGGGGGGCCUGACAUUCGGCACGUCUCACAAGCUCCCAGGCGAUGCUGAUGGUGCUGGUCCCUGGACGCCCUCUUGAGUAGUAAGGAACAAAAGGACUCUCCCCUGUUCUUUUCAGCUACGUAGCCCAGUGGUUCUCCACUUAGGCUUCACACUGGAAUCAUCCAGGGAGUUUUAAACUAUAGUGAUGCCUGGCGGUGUCUUACUCGCAGAGCUUCUGGUUUGAUUGGUCUAGGUUGCAGCCUGGGCAAGGAGAUUUAAAAACUUCUCAGAUGGGCCAGGCAUGGUGGCUCAAGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCAGAGGUGGGCGGAUCACGAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUGGCUAGCACGGCGAAACCCUGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAUUAGCUGGGUGUGGUGGCGUGUGCCUGUGGUCCCAGCUGCUCGGGAGGCUGAGGCAGAAGAAUGGCCUGAACCCGGGAGGCGGAGCUUGCAGACAGCCGAUCGUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCGACAGAGCGAGACUCCGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-821.4 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -845.8

Frequency: 0.0000

Diversity: 412.17

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((...(((((.(((.((((.((((((((.((((((.((...((((((..((((...))))....(((....)))((((((((......))).)))))))))))....)).))))))))))))..))..)))).))).......)))))...)))........((((((.(((((((...(((((....)))..(((((.(((((((((((((.(((...........(((((..((((((((((((((.....((((.((((.((...((((((.(((((.((((((.((.(.....))))))))))))))))))))))))))...))))...)))))))..))))))))))))..)))))))))).((((((((((((((.((((((((((((((((....((((((..((((((.((.((((((.(((.......))).)))))))).)))))).....))))))...)))))))))).....(((((.......(((((...(((((((....(((((((....(((((((.(((((..............))))).))......))))).....)))))))..)))))))...((((........)))))))))...)))))..))))....)).))))))))))))))......)))))))))))((((((((((((((..(.(((...((.(.((((((...))))))).))...))).).)))))).....))))))))............((((((((((.(((((((((((((...(((..((((((.(((..(((((((((.(((.(..((.((.(((((((.((((((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((((..(((.(((((((.....((.((((((((((((((.(((((((.(((..((((((((((((((((.((((((((((.(((..(((((((((...((((((((((((((((((((...((((((...((((((((.(((((((........)))....((((((((((((((((((.(.(((.((((....(((((((..((((((.(((.((((((...))))))..((((((....))))))..........))).))))))..)))))))....((..(((((((((((...........))))).))))))..)))))).)))).)).)))))..(((.(((((((((((((...(((...)))..))))))))...))))).)))...(((((....)))))(((((.((((.(((((....)))))..((((...))))...)))).)))))((((((...))).))).)))))..)))))).....((((((((....))))))))..)))).))))))))...)).))))))))))))))))))))))))...)))))))))..))).)))))))))).))))))))))))))))))).))))))).))))))))))))))))......)))))))..)))......((((............)))))))))))))))))))))...)))))))).)))))))))))))))).))))))).)).))..).))).)))))))))..))).))))))..))).))))))))))))).))))))))))..))...)).))).))...))))))...................

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((...(((((.(((.((((.((((((((.((((((.((...((((((..((((...))))....(((....)))((((((((......))),,))))))))))....)).))))))))))))..))..)))).))).......)))))...)))........((((((.{{{{{(({{.(((({.{(({{{{{{((,(.((((,,,((({(({((((.{{{,{(({.(((((..((((((((((({({.....((((.((({{(((({((,{((((((......)))))).,{,.,,{|||||}},}}))))))))}}),,}})}})))),,.)))}))),,)))))))))))),}))|||}}}}.,{,{,{{{{{{||||}}|||||,|||||||{|.}}}||||||,}|,||||}|}}|,||||.|.{|||||..}||{{||,|,||{|,|||{{{{..|,||||...||||{{(((({{....}.))))},..,{{,({,,,({{{{{|,,.,||{|{((,,..|||,,,|}|||{{.}},},,.}}}}}})||||{........,})}},....|||||||..,,)))))}}}((((........))))))))).{,}||||{.{{{{{...,|.|||}|||||}}|||{{.{{{{,,||||||||(,,,,||,|||,,....}|||..}}}}.}||||{({{{,,,,)))}}}...},}))}))})))...,.,}))))).}))}}.,}....((((((((((.(((((((((((((...(((..(((((({,(({.(((((((((.(((.(..((.((.(((((((.((((((((((((((((.((((((((.,,(((((((((((((((((..(((.(((((((.....((.((((((((((((((.(((((((.(((..((((((((((((((((.((((((((((.(((..(((((((((...((((((((((((((((((((...((((((...((((((((.((({((,.,.....{|||{{{.((({,,,({{{(((((((.(.((,.((((....,{(((((..((((((.(((.((((((...))))))..((((((....))))))..........))).))))))..)))))}|....((..(((((((((((...........))))).))))))..)))))),)))),)).))))),}.}}}||||,{(((((((...(({...,,)..))))))))...|||}}..||{,.(((((....))))}{{||||,{{,.(((((,,,,,||||,,(((({{.,,|,..,|,{{{(({,,,,||||}}.,}}.,},})))))))))),,)))}..,|((((({....)))))))),,))}}.))))))))...)).))))))))))))))))))))))))...)))))))))..))).)))))))))).))))))))))))))))))).))))))).)))))))))))))))).,,...)))))))..)))......{{{,............})})))))))))))))))))),}.)))))))).)))))))))))))))).))))))).)).))..).))).)))))))))}})})}})))))..))).))))))))))))).)))))))))))))),}.)))))}}))},,))))))...................