Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-SNAPC3-11:1
Sequence Length
4605 nt
GC Content
0.5136
GCGAGCGCUGAUCUCUGGGGCGGAAGAGGCUCGCGGCGCGUGGUCCCCGGCAGCAGCAGCCGCCGCCGCCCGCGCCGGGUCUUCGGCGCCCGGCCGCCCGCCCGCCCGCCUCGCCCCGCGUCUGACCCGGCCGAGCGUGGAGGCUGCUGUUGCCGCCGCUGCCCAGAGCCCAGGGGUAUCAAAACGAUCUCCUGAAAAAUUCCAAACGAUAAAUCCCGCUCUCCCGCUCGGCUCCAAACUCCUCUCUUUUCUGCUCUAGGCUCUUUUUUUUCCCUCCCUCUCUUGCUUUCUUUCGUUGCAAAACUUGGAAGUUGAAAAAUUCACCGGUUCCACCCUCUGGACCCCGCUCGAGCUCUCUCCAAAUCAGACUUAAGGAUUGUUUUAUUAUUUAAUUACACAAUCAUCGCUUUACUCCUCCUCCUGCAAACGCGCAUUCCUUUUGCACCAGCCUCUCCACACCCCCCGCCCCCCCACCUUCCUCCUCCUCCUCCUUCUCCUUCUCUCCCCCCACCUCUCCCUCAUUUGUUAAAGGUAUCCUACCGGUGCUACAGAACCAUGACUUUUUUUUUUUUUCCAAAAUAGCUCUUCUUUCCGCUGCCCUCCCCACACCAGCACACACAUACACACCCCCGAAAACCCGCCCUGGAAGAGGUAUUUCGGUGCUCGCUGCGGACUCUUUUAAGCCGCGGGAACAUCCGAGUGGGAGAAGCACCGAAACCGUCUGAGCCCGAGAAAGGAACGAGUGGAAAAUUCCCUCACACCCAGGCCGCCCCCAGGCCGGGGCUGGGGCGCGGACACUCGCACCCGGGGCGGGCUCAGUCCGCGGAGCCUGCGGCUGCCGGGAAAAGGGGGAGGCCGAGCAGGCGGGGACCUGAGCGAACUUGGGCUCAAGUAGUUGGGGCGCGCCGGCGUGGACCAGGGGGGUGCGGCGCCCAGCCCCCGACGGCCCCGCCCGGAGCCCGGGUUCGCGGAUAGGGAGGGGGUGCGGGUUCGUCCCGGGUCUGCCCACCAGGGGCCCGCACCCGAGGCAGUCGCGGCGCGCGGCGCUUCGCCGCGGUUUGCCGCCCUCCCCGGGGGUGCCCCGUGCACGUGGCCUCGCUCUGAGCGGGAGGACCGGGCCGAGCCGCCGCCGCCGCCUCUUGCUCCCUCCACCUCCUCCCCGCGCCCGGCUUCGCUCUCCUCCUCCUCCUCCUGCAGCCCCGCUGGCUGGCUCCCAAUCCCCACCCCCCGGGGCCCGGGGCGCCGGCGGAAAGCGUCUCCCUACCCGCCCGGGUGCAGGCGGGGCGGGGCCGCGGCGCGCCCGGGGCUGCGGGGCGGGCCGGCGGGCGCGCGCGCGCCGCUGCAGCCCUCCAGAGGCUGCGGGCCCUGAGCCGCUCGGCGCCCGCGCCGGCUCCCCACCGCGGCGCUGCCCCGCCCCCACCCCGUCGCCCGUGCAGGCUCCGAGUGAAUGAACUUGAUUCCAGGGAUUUUGAAGAAGGCGGUUCGCCUUGCACCCUUUCUGCACCCCCCGCCCACAUACACACACCGCCCCCCAAAUCCAGUUUUCUGCUUGGGGUGGAUGGGGACGAGGGGGAAGCAAAGGCCUCCCAGACAAUGGAGGGAGGAAAAGUGAGCGCCUGGGGCUCCGAGUCUACCUAGCUGGGGGAUCCGGGGGGCGCUGGGGCUACCGGGUCCUCGCGGGCCCAUCCCCAGGGCGGGGCCGCCCCGCUUCCACGGGUACUGCUGGGGCGUUUCGAGGCUCGCCCCCGAUUCCCCGGUCCUCUUUCCACCGCUUCCCAGCUCGUGAUCUGUCCCCUCAACUUUAGCCCCUCUCACUCCCUCUGGUUUCUGUCCACCGUCCCCUCUUCCCUCCCCCAGCGGACCUGGAGGAACCAGUGACUUUUUCCUUCACCAAGUGGGAGUUAUCCACAUCAAGCAUUUCACAACGACACAUCAAGAAAAGUAGGCAGGUUCAAGUCAACCAUGAAAUGGUCACUUUUUAACCCCGUCCUGUCCUCAUUAGGGAAAUGCUCAAACACAGUCCGUUUUCAAAGAGCGCUCUUAAUGAGGCGAGCUUGCCAAGUUUACCAGCUGCAGCCCCCGUAAACCCAGAGCCCAAAGAAGAAAGGCGCUGGGGGGUGGGGAGUUCGGGAGGCCGGGGACGGGGGCUGCUGGGACUAGGAAGACAGGUAAAGUCGGGGAGAUCGCGCGGACCCCUGCGAGUUAACCCUUUCGGCCACACGCCCUGGGAGCGGCCUCCCUGCGGUCCCCGCCCCUGCCCCGGCAAAUCCUGGAGUCAGCGUUCUGACAACGUUAAUUUCCUUUGUGCGGGUCAUUUCUUCUUUUUGAAAAGCUGGGAUAAAGUUGGCAGUCUUUAUGGAUGAAAGAAAUGAGGUGACAGGGUUAAUCCAAGUUGCAUCCAAAAGUUUUUCACAAGCUUAAAAAAGAAAAACGAAAAAUUGACAAGUAUUACACAGAAGAGCCCACAAAAGCUUCAGCAACACCAAGGGCGAAGAAGCAGCGUCAGAUCCAGGUCUGCAGGACACACCAAAGAACUCCUCCAAGUCACACAAGGGAGAAAAUUAACUUCAUUGGCUUCUAUCAGGAAAGCUAUUUUUUUUUUCCUCUUCUUUCCUGCAAGUUUCCCAAACCCCAUGACUCUGAUUUCCAGGUCAGAGACUAAGGUUUUAUUUUUCUUACUCUGUAUACUUUAUAUGUGGAGAGUCCCUGAAGGAACACUGUGAUGGGCUGAUUACUGUGAGCCAGUUGUGGGCCAGACCUGGCCUCAGGUGCUGCAAAGGGAAUUCAGUCACCCCUGUGCAGUGAUCUGUGAGCCCCAAGUCAGAUCCAACUUUUUCCUGAUAGACAGCACCCUCCUCCUCCCUACCAAGAAAUAGCAGGGUUGGAGGUAGUGACCCAAUAUUCAAGAGGUUUGAAAUUCUACAUGAGAUAUUUCUGAGUUAACUCCUAAAUAGCAGUUUCCUUAAUCAUGUGGAAAAUAAGAACACUUACUAAAGAGACCAUUGGUUUAAGAGAAAUGGAAACUUAUGUCCACGUAAAAACCUGUAAAUGAAUGUUCACAGCAGCCUUUUCAUAAUAGCCAAAAAGGGAAAGCAAUCCACACGUCCAUCAACCAAUGAAUGGAUAAACUUAACGUGGGAUAUACGUGUAAUGGAAUGCUAUUUGGUGAAGAAAGAAAUGAAAUAUUAAUACAUGCGUUAACAAGGAUGGACCUUAAAAUAUCAUGCUAAGUAAGAGAAGCCUGUCACAAAAGAAUAUGUAUUGUACCAUUCUACUUAUAUGAAAUUCCUAGAAUAGGCAAUUCUAUAGGGACAGAAACUAGACUAGUGAUUGGCUAGAGCUUGGGGAGAGUUUGGGGAGCCUGGAGGAUGACAGCAAAGUGGUGCAGAGUUUCUUUUUAGGUUGAUUAAAUGUUGUAAAAUUAAUUGUAGUGAUGGUUGUGCAACUUUGUGAUUUUGUUAAAAACCAUUGCAUUUUGCCCUUUAAAUGGAUGAAUUGCACAAUGUGUGAAUUAGACAUAAGUUUAUUUACAUAAUUAAUAUCUAUUUAUUGAUAUAUAACUCAUAUAUCAAUAAAUAUAUACUAUAUAAAAUAAUUUUAUAUUUAUAUAAAAUGUGAAUUAUAUAUAAAUACAUAAAUAAAACUGCUAAAAACUAAAAAAUAUAUACUUUAAAAAAAGGCUGUUCGUUUCUUUCACAUUUUCUGAGCACAAUCACUUUGGGAUAAAUGUGUCCAGGCUUAAAAAGCCAGAUUUUAUGGGCUAACUAAAAUGGAAAUGUGAAAAACUGUGUUUUUUUCCAUAGGAGGAGAGAGUCUGAUUUGCAGGUACGUGCAUACCCACAGCAGUCAUACUUGUAAUUCUUGGAAACUUUGCUGAAAGUUUUUUCCUAGCCUGAAAUCAUUAAAAUAUGUUGAAACAAUGACACUGAGGACUGAGGUGGAUUCGUUGUUUUUGUCUUCCCAAUGUUACUUUCUCCUUCUUUAGGUAGUAGCACCCCAGUUUUCUCUAAAAGAAACCACACACCCUAUUUCCAGUUCAUGUGGUUUGGCUAUUGCUGACCUUACACCCUAGGCUCUAUGACUCAGGCCCCAUCAGUCAGCGUAUUUUAUCCAGUGGUCUGUUGCAGCCAACUCAUAUCAACUCAUCCAAAUCAACUGGUAAAUGUUCAGAAAUUUCAUGUGCCAGUUGUUAAACACUCACCAUUAAAAUUUAAAGUUCACAACCUUAUAAUUAAAUUAUGUUAAAAAUGAAGGUAAUGAUACAUCAACCUUAUCAUCACUUCCUAAUCAUUUGACUGCAUUUUACUAUUAUUUAUGCUCUUGAGUUUACUUACAUCUGUUGGAUCUGGUAGUAGAAACACCGGAUAAUGGCGUGCUGCUAUACAUCUCUUCCCAAUUCCAUGUUCAUUGACUUCCCUUUGAUAGCUUGAAGUUGGCCAUGGUAGCAGCGUUUACACUACAGAACUGGGCAAAUGCUACAAGAUCAGGGUAUACCCUUUCUUGCCAAGGAGAUUGUUAAACUGGCAGCUGUAGUGGGUUGAAUGGUGGCCCCUAAAAAGAUAUGUCCAAAUCCUAGCCUGUGGAACUUGUGAAUGUGACCUUAUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1619.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1700.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 1083.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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