Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-SNAPC3-11:3

Sequence Length

964 nt

GC Content

0.4295

CCAGAACCAGCCGUUGUCCCCUGGCAAAAAGAGGCCCAGGGCUGAGCCCUGGGCAAGUGUCUCCCGACAUCGCUACCCCUCCUCCCUUUAUUAGUUUCCCUUUCCCAACAGAAACCAUUUCCUUCUGCCACCAAAACUAGGUUGCAUCCAAAAGUUUUUCACAAGCUUAAAAAAGAAAAACGAAAAAUUGACAAGUAUUACACAGAAGAGCCCACAAAAGCUUCAGCAACACCAAGGGCGAAGAAGCAGCGUCAGAUCCAGGUCUGCAGGACACACCAAAGAACUCCUCCAAGUCACACAAGGGAGAAAAUUAACUUCAUUGGCUUCUAUCAGGAAAGCUAUUUUUUUUUUCCUCUUCUUUCCUGCAAGUUUCCCAAACCCCAUGACUCUGAUUUCCAGGUCAGAGACUAAGGUUUUAUUUUUCUUACUCUGUAUACUUUAUAUGUGGAGAGUCCCUGAAGGAACACUGUGAUGGGCUGAUUACUGUGAGCCAGUUGUGGGCCAGACCUGGCCUCAGGUGCUGCAAAGGGAAUUCAGUCACCCCUGUGCAGUGAUCUGUGAGCCCCAAGUCAGAUCCAACUUUUUCCUGAUAGACAGCACCCUCCUCCUCCCUACCAAGAAAUAGCAGGGUUGGAGGUAGUGACCCAAUAUUCAAGAGGUUUGAAAUUCUACAUGAGAUAUUUCUGAGUUAACUCCUAAAUAGCAGUUUCCUUAAUCAUGUGGAAAAUAAGAACACUUACUAAAGAGACCAUUGGUUUAAGAGAAAUGGAAACUUAUGUCCACGUAAAAACCUGUAAAUGAAUGUUCACAGCAGCCUUUUCAUAAUAGCCAAAAAGGGAAAGCAAUCCACACGUCCAUCAACCAAUGAAUGGAUAAACUUAACGUGGGAUAUACGUGUAAUGGAAUGCUAUUUGGUGAAGAAAGAAAUGAAAUAUUAAUACAUGCGUUAACAAGGAUGGACCUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-246.1 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -264.98

Frequency: 0.0000

Diversity: 205.77

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

........(((.(.((((....((((.......(((((((((...)))))))))...))))....)))).)))).....(((..((((.....(((((............)))))((((((.((((..(((((((........(((((((...(((((((..............)))))))...........((((((.(((.((((((((((......((....))........))))..((((((...(.(((((....))))))((((.............))))..........(((.((((........)))).)))))))))..((((((((...................))))))))..........(((((....(.((((((((....)))))))).)...)))))......)))).)).)))))))))....((((((...(((((...((.....(((((.((((((....((((((((((.(((.((((((....))))))))).))(((((.((((...........)))).)))))((.(((((.((....((((........))))....)).))))))).(((...(((((.((((.............))))..)))))..))).......((((((.((((((((((((((.....))).)))))((((..((((.((....)).))))..))))...(((((((..(((((..((.((.((....(((((...)))))...)))).))....))))).)))))))..)))))).)...)))))))))))))))))))..)))))....))....)))))......)))))).((((((((.....)).)))))).......(((((.....)))))....))).))))..))))))).)))).)))))).....(((((......))))).))))..)))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

........(({{(.((({....||{{.......(((((((((...)))))))))..,||||....)))),}}}}.....(((,.{{{,.....(((((..,.........)))))((((((.((((..(((((({.....,,.((((((,..,(((((((.....,,,....,,),,,,,,,,,,,}}}......,{((((((.,.....(((((....(((((.{(..,.....,,)),,,)}}||,,.{{.(((....,|,|(((((((........,{,{{{......}}}......{(((((((((..{,......((((((((....))}}})))),,..))))))))},}},,,))))))}.}...,,.{((((....{.((((((({....}))))))).}...))))}......})),,},}))},,,,,.....((((((..,(((((...((.....(((((.((((((....((((((((,,.{((,((((((....)))))}|||{|((((((.((((...........)))).)))))}{{((((,..,......{{}}}}}}..,,,.....}}|}},,,}}}|{{,,,(((((.((((.,.........}.))))..)))))..)})......,((((({.((((((((((((((.....))}.}))))((((..((((.((....)).))))..))))...(((((((..(((((..,,,{{.{{....(((((...)))))...}}.,.})....))))).)))))))..)))))).}...)))))))))))))))))))..)))))....))....)))))...,..)))))).((((((((.....)),}))))).........)))))...,.,)))))))))},))).,))))))).)))).)))))).....,{{{{......}}}},.}))),.)),....