Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

lnc-SNAPC3-11:7

Sequence Length

800 nt

GC Content

0.4200

AGUGCCUUCGGGGGCUCCACCACCGCGCGCUCCCACCCUCAAGGUCUGCAGGACACACCAAAGAACUCCUCCAAGUCACACAAGGGAGAAAAUUAACUUCAUUGGCUUCUAUCAGGAAAGCUAUUUUUUUUUUCCUCUUCUUUCCUGCAAGUUUCCCAAACCCCAUGACUCUGAUUUCCAGGUCAGAGACUAAGGUUUUAUUUUUCUUACUCUGUAUACUUUAUAUGUGGAGAGUCCCUGAAGGAACACUGUGAUGGGCUGAUUACUGUGAGCCAGUUGUGGGCCAGACCUGGCCUCAGGUGCUGCAAAGGGAAUUCAGUCACCCCUGUGCAGUGAUCUGUGAGCCCCAAGUCAGAUCCAACUUUUUCCUGAUAGACAGCACCCUCCUCCUCCCUACCAAGAAAUAGCAGGGUUGGAGGUAGUGACCCAAUAUUCAAGAGGUUUGAAAUUCUACAUGAGAUAUUUCUGAGUUAACUCCUAAAUAGCAGUUUCCUUAAUCAUGUGGAAAAUAAGAACACUUACUAAAGAGACCAUUGGUUUAAGAGAAAUGGAAACUUAUGUCCACGUAAAAACCUGUAAAUGAAUGUUCACAGCAGCCUUUUCAUAAUAGCCAAAAAGGGAAAGCAAUCCACACGUCCAUCAACCAAUGAAUGGAUAAACUUAACGUGGGAUAUACGUGUAAUGGAAUGCUAUUUGGUGAAGAAAGAAAUGAAAUAUUAAUACAUGCGUUAACAAGGAUGGACCUUAAAAUAUCAUGCUAAGUAAGAGAAGCCUGUCACAAAAGAAUAUGUAUUGUACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-203 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -219.88

Frequency: 0.0000

Diversity: 212.18

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((((((((((((..((((...........(((.....))).(((((((...........(((......))).....(((((((((((..((......((((((((....)).))))))))..)))))))).)))...)))))))........(((((....(.((((((((....)))))))).)...)))))..............((((.....)))).)))).)))))))))))))..))))((((((((((..(((((...(((..(((((((((((....)))))(((((.((((((.((((...........)))).))))))((((((............)))))).........))))).......(((...(((((.((((.............))))..)))))..)))....(((((((((.((((((((((((((.....))).)))))((((..((((.((....)).))))..))))...(((((((..(((((..((.((.((....(((((...)))))...)))).))....))))).)))))))..)))))).)...))))))))))))))..((((((...........))))))...((((.(((((((((..(((..(((......(......)......))))))..))))))...))).)))).................((((.((.((((..(((.(........).)))....)))).)).))))))).)))))....)))))))))).....................

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(({(((((((((((((..((((...........,{{.....))}.(((((((.......,,(,{{{......}}}......{(((((((((..{{......((((((((....))}}}))))},..))))))))},}},,,))))))).,......{{({(....{.(((((((,....)))))))).}...)))}}..............,{{(,,...}))},)))).)))))))))))))..)}}|((((((((((..(((((..,{((,.{{(({((((((....})))),{{(({((((((.((((...........)))).)))))){|||||.,.,,,....{{}||}}}..,,,,..,,}}|||,....,(({,,,(((((.((((.,.........}.))))..)))))..)}).....,||{|{||,|||||{|{,,,{{{....,}||,|||||,{{{..,,(({(({{{{||{|,}|{{||||...(((((((..(((((..,,,{{.((....(((((...)))))...)).}.})....))))).)))))))..,,,}||{|...|||,,}})))}})},,{(((((,..........,}}})),..,{{,,(((,(((((((((({.....}},,))),.........}}))))))..,})}}}...))),))))}))))),},.,......,,||,||,||,,..{{(,{.......,}|}))..,})},,.,,.}))))),.)))))....))))))))))}....................