Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-TEX51-2:5
Sequence Length
4476 nt
GC Content
0.4176
UUGGGAAUCUUCGCAGCAGCAGAACCCGCUGCCUCCAGGUCCGACCAGACCUGCAUAGGUAGAGAGUCCCCGCACAGGGCGGCCAGCAGAGCUACCCAGCUGCCCCAGGGCCUCGGGACCCCUGGGCCUGGGACCCAGGCCAGACCCUGACUCAUUCGGUGAUCUCACAGGACUCCUCCCACCCCAAGACCCUUUCAGGGACCCUGCCUCGAACUCCACGACAUGGGAGGCAGGGGCGGGCCUUUUGCAGGGGAAGGACUCCCCCAGCAGGACGUUUACUGAAUCUGGAGGGAGUCGCCCUGCAGAUAUCCCGCGGAAGCCGGAGGAGACCCAGGUGCGCCCCACCGGCUAGCUGCGCCUGCGGGUGCCCAAAUUGGUGUCCGGGCCAUCCUCACCGCAGUGACUCCUCCGCAGCGCCAACGCACUCCAUUUUCCUUCCACCCUGCCGGUGGGGGGCGUUUGCUUGUUCUCACUCUGCAGCCGCAGCCAGUGGCGCCGCUACCAAGGUCCCCGCCUCGCCAUCCGGGUCCUGCCUGAGCAUCCUUAUUGGUGCUCAGGGCUAGGCGUGCAUUGCUGCUAGGGGCGCGGAAAGGUUUAUCGUGGGUGGAUGCUGCCCGGGGCUUGAGUGGUUUUUAGAGGUCUUGAGUGGCUCACUCUCCAAUCAGCGCUUUCUAGAGACAGCGUGGUCAGCGUACUUGCUUACUUUCAGGAUUGCGAGACGUCUUUAACCCUUGCUGAUCGGCUGACGCUGCAGCUUCCUGUGGCUUCCUGCUCAUUUCCCGCAAGAUAGCACUGAUAGGGUAUUGGAAAUCCUUAUGUAAAGUAUCUGUUCACUGUUUUUGCCCAUUUUCUUGAUUUAUUUGAACUGAUUCUUCUAUUCUUUUGAAGUUAAUGUGUUGCAAUUUUCACAUCUAUGUUGUUUUUUCAUUAGUGGCAUUUCUCAACUCCUUGAUUUCUUGAAUUUCAUGUUGUCUAUUUCAGUAUGUAUUAAAUUAUCUGUGACGGUGGACCAGUUUUGGUUUGUCUGUUUGUUUUAUUUCAAUCAAUGGCACACUGAAAUGCUCAAACAUUAAACUGUUGAAAAAAUUUAAUGGCAUUCGCAACCUAAGCCCACUCUCUCCCGCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUCAGAGUCACUCUGUCGUCCAGGCUGGAGAGCAGUGGCACAAUCUCAGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCCGGGUUCAAAUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCAGAGCAGCUGGGACUACAGGCACGGCACCACCAUGCCCGGUUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACGGGGUUUCCCCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGGCCUCAAGUGAUCAGCCUGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGCCAUGCGCCACUGCCCCCAGGCUAAGCCCCACUUUUUUAAUCAGUAGAGUAAGCAGACAUCAAAUACAUUGAGGCAGGGAGGCAGGCAGGCAGGCAGGCAGGAAGGGAAGGAAAAUACACUGUCAAAUUGACAUAAAAGUUUCUGAAAGUUGAGUUUUCAAUGCAUUUACUUGCCCAGUCACGAACUGAAAACAGAGUGUGCAGAUGGCACUGGUCUCAGGUCUCUCAAUACAACUUUAAAAAUACCUCAGUUUAUCUUAUUUUCCCGUUCUAGAGUUAAUAAUACUUUUUAUCUUUCUUGUUUAAGAAAUUUUUCACUAUUAAAAGAUAGUAAAAAAAAACAAAAUAUCAAAGAUACUAAAAGAUAUCAAAGAUAUUCAGCUUUUUUCCCUAAAAUCUUUAGCUUUACCUUCCAUAUUAAAGCCUUUAAUACAUCUAGAAUAGAUUAUGGCGUGAGUUGGGAUUCCAGUUUUUUUCCCAUGGAUUUCUAUUGUCAAUUUAUUGAGAAGCUUGUAAUUUACAAGAUCAUAAACCAAAGGUCUAUUAAUGUAUGGGUCUGUAUCAGAAGCCUAUAUUUUGAGUCAAUCAUCUGUAUGUCUAUGAUCAAAAACAUGCUGCUUAAUUACCAUAGCUUUGAAAUAGGUCUUGAUGUGUGGUGAUUCAAUUCUCCCACCUUAUUCUUUUAAAAUGUGGCUUGGCUUGGCCUUUUGCAUUUCCGUAUACAUUUUUGAAUGCAUAUAUGUAUACACACACACACACACACAGACAGACAUAUACAUACUACACACACACACACGAUUCAAUUUGAAAGGGCUCCCACUGCCCUAAGAUGGGAUCAUUGAGCACCAAAAAGUCAAGUGAUUGAAAUGGAAUGAAGCAUAACAAAUAUAUAAAACUCCGUGAGUUAUAAUAACAUUUCUAAAACUCUUUGGUCAUCACUGGAAUUUGUUAGGACAUUAACACAUUACUCUAAAAUUGGUGAAGGGACAAAAAUCAAGCAUUCAUUCUGUCCUCCUCUUCAAAAUUAUAUUUUAGAGGGGCCAAAGAGUUGAUAAGGUAAAAAUUUUUUUAAGAGACAGGGUCCCACUGUGUUGCCCAGGCUGGCCCAGGACUCCUGGGCUCAAGGGAUCCUCCUAUCUCAACCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGGCGUGCACCACCACACCAGCCAAUUAGGUAAACUUGAUGAAGAAGCUUGCAGUGGGGGGACAGGUGGACCCCCACUUGAACCUACUAAUCAAUCUUAUCAUCACUAAAAGUAGAACAAAUAUGAUGAGUCUCACUGAUGGGACCCAUUAGAAAGUGACAGCGCCACCUAGGAAGUGUUCUUGCCUUAAAAAGUGAACCUAAAUCUAAUCAAGUCUCUGGAUCUAACCACCAAUUUAUAGGAAAUAUGAGGCACAGCAGAAUAAGUAUUAAAAGCCCUCUAGGCUGCAAUCAGCAAAAUCCAGGAUAAGGGCCAUUCUACAGAUCCAAUGAACCAGUUUCUCCAGGGAACCAGUGGCAUCUACAAAUAAUAAAGAAUAAAGCAAAAAGAACAAAGGAUAUUUAAGAUAUACCAAACAAUGUAUGGGUCUUGUUUGGAUCUUGAUUGAGACAAAAUAACUCUGAAAGACCUUUUUGAGAAUUUGAACGUUAAUUGUGUACUAGAUGAUAUUAAGAAACGAAUUUAAUGUUGAUAGGUGUGAUAAUGUGUGGUGGUCUUGUUUUUUAAAUGCUCUAGUUAAUUAAAGAUACAUACUGUGGUAUUUACAAGCAAAGUGGCAUACUGUCUGGGAUUUACUUGAAAAGACUCCAGUUUAAAAAAAAUAAUGUGAGAGAAGAGGUAGGUCAAGUAAAGAUGACAAAAUGUUCAUAAUUAUUGAAAUUGGGGAAUAUGUACAUGAGGUUCUUCAUUACAUUAUCCUCUUUUGUAUAUGUUUUAAAUGUCCCAUAUUAAAAGUCUUUUAUUGUUUUUAAAUUUUAAAAUCUAUAAUUUCUUUUUUUUAUUUUACUUUAACUUCUGGAUACAUGUGCAGAAUGUGCAGGUUUGUUACAUAGGUAUACAUCUGCCAUAGUGGUUUGCGGCACCUAUCAACCCGUCAUCUAGGUUUUAAGCCCCACAUGCAUUAGGUAUUUGUCCAAAUGCUAUCCCUCCCCUUGCCUCCCACCCCCUGACAGGCCCCAGUAUGUGAUGUUCCCCUCCCUGUGUCUGUGUGUUCUCAUUGUUCAACUCCCAUUUAUGAGUGAGAACAUGCUGUGUUUGGUUUUCUGUUCCUGUGUUAGUUUCCUGAGAAUGAUGGCUUCCAGCUUUAUCCAUGUCCCAGCAAAGGACAGGAACUCAUCCUUUUUUAUGGCUGCAUAGUAUUCCAUGGUGUAUAUGUGCCAUAUUUUCUUUAUCUAGUCUAUCACUGAUGAGCAUUUGGAUUGGUUCCAAGGCUUUGCUACUGUGAAUAGUUGUGCAAUAAAUAUACGUGUGCAUGUGUCUUUAUAGUAGAAUGAAAGUCUGUAAUUUCAAAAGGCAAAUAAGAUACUAGGACAAAUAUUUGUAUUUUAUGUGAUAAUCACAGGUUAAUGUACAUUCUAGAUAUAGAGUUCUUAUGAAAAUGUUAAGAUACAAGUGAACACUCUGAGAGAAAGAUGGGUUAAGAACCUGAAAAGACAAUUUACCAAAUCACAAAUCACUAAUAAACUUUAAAAAAUUAAAGAGAGUCACUAAUUAUUAAAGGAAUCAAAUCAAAGGAGUGACAAAAUAUUAUUUUUAGAUCAUUGCAGUGUAAUGAGAAAUAAGCACUCACACAUUGCUGGCUGGCUUGUUCACUUUCUGUAAGCUUUUUGGUGGAUAAUUUGGCAAUGUGUAUCAAAAACCUUUAAAAAGAUGUACUCUGGGCUCCUUGGAGAAAUGGCUGGAUCUAGAACUGAGGCAAGAAAUAUGUUUCCUGGAGCAUCUUAUAGUGCCAGAAAGUAAGAAAAUAUAUAUAUAUCCCACAAUGAUGGGGGCCUGGCAAGGGACGAAAGAGUCAAUUGAAAGAGCUCCCAUUGUGAAAGCUGGAACAAUUUAAGCCAAAAAAAAAAAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1267.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1354.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 1246.07
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.......((((.((((((((...((((((.((((((......))))))...)))))).((((((.....((((((((((.((((..........))))((((((.((.((((...)))))))))))).....)))).).))))).........(((....))).))))))........((((.(((((.((((...(((((((((.....(((.....))))))))))))(((((...(((((((((....((((((((((((((........)))...)))).))))))).)))))))))...)))))((((((((.(((((...(((((((.((((((((((..((((((..((.((((((((............))).))))).)).))))))............(((....))).....................)))))))))).))....)))))........(((((((..((((((((((.((((((..(((((.((.(.....(((((.(((((((((((((((((((......))))))))))....((((.(((((....(((.((..((......))...)).)))...)))))))))))))))))).))))).....).)))))))))))))))))).....(((((((.....(((((((..(((((((((((....)))).........)))))))....))))))).....))))))).)))))..))))))).))))).))))))))((((.((((......)))))))))))).))))).))))...............)).))))))..)))).....))))................(((..((....))..)))(((((...((((..((((.((.(((((((...(((((..((((((..((..(((((((..((((....))))...............((((((..((((..................((((((..((((...((((((((((((.((((((((((((((((((((.(((((....(((((.(.........((((((................((....)).......(((.(((((((((.((((..................(((((...)))))......)))).)))))).))))))..(((((((((((((.(((((((.........)))))..........((((((((..((((((((.....))))((((...((((.((.....)).)))).))))....(((.((((...)))).))).((((...)))).....(((((((..(((.....))))))))))...........((((((((..(((((((...(((((((........))).))))...((((....(((...)))..(((((..........))))).........((((.....)))))))))))))))))))))))))))))))))))(((((((((((......(((((...)))))......)))))(((((((((((..((...(((......)))........(((((((....((((((((.(((.(((.(((....)))))))))...))).))))).........)))))))...(((((..(.(......).)..)))))..((((((((((((..(((((......(((((.((((((....)))))).))))).....)))))..)))))))..)))))........)).)))))))))))))))))..........((((((..........)))))).........(((((...)))))....))))))))))))))).)))))).........).)))))...)))))(((((((..((((((.((((((.....(((((((.((...((((...((((.(((((((((((...)))..)))))))).)))).......))))....)).)))))))...............))))))...))))))..)))))))((((((...(((((.((((((..(((((.(((.........((((((((((......))))....))))))..((((((((...((....))...))))))))...................................................((((...))))(((((.......)))))))).)))))..)))))))))))....))))))))))))))))))))).)))))..))))))...))))))))))...)))))).............((((((((((((........(((.((((((....)))))).))).(((((((((...((((((((((..................)))))....))))).......))))))))).))))))))))))((((((((..............((((.((((((((........((....)).((((((((...))))))))...))))))))....))))....(((((......))))).....((.(((......))).)).(((.....))).....((((..((.((.((..((((((((..(....)..))))))))..)).)).)).)))))))))))).(((((...))).)).......(((((.((((((....)))))).)))))))))..))))))((...(((((((((((((((((((((....(((..(((............(((.((((((.......((........))......((((....((................))))))...((((....))))...))))))))).)))..)))(((..(((((((.....(((.((((((((((((.((((.(((((((...........((((((((..((((((((....((((.((((((((.((..((((((((((((((.(((((((.(((....))).))))))...............((..(((.((((((((((((((.(((((.((((...((((((((((.......))))))))))...))))..)))))(((((.((.(.((((((..((((((((.((((...............)))).)))))))).))))))).)).)))))((((.....(((((((((.....(((...((((............))))....))).....)))))))))...)))).)))))))).)))).)).)))..))((((((((((((.((((................))))...))))))))))))....).)))))))............))))))).)).)))))))))))).....))))))))))))))))......(((((((.((....)).))))).))..((((((........(((((((((.(((((..((((.....((((((((.............))))).....)))))))..(((((.((.......)).)))))(((((..((....((............((((((((((((((((((((((................(((((((((((((..................)))))))))))))((((((((((....((((.((((((.((((....(((((.(((((.((((...........(((((.......))))))))).))))).)))))...))))))))))...(((.((((((.(((.((((..........((((.(((.....)))))))(((.((((((.....)))))))))...((((((((((....((((((.............))))))....))))))))))..(((((........)))))...)))).)))..)))))))))....((((((((((((((((((...)))))...........((((((....))))))((....))......))))))))))))).....(((.......))).(((((...))))).....))))....)))))).)))).............((((((....))))))...((((((..((..................))..))))))......(((((((....(((((((...))))))))))))))))).)))))...))))))..))))))))............)).....)).)))))...))))))))))))))..))))))......)))))).).))))..))))))))))))))).))))))))))..))))))))).)))))..))))))).)).......)))))))..))..))))))..))))).............(((((((((((..(((..(((......)))..)))..)).)))))))))))))))).)).))))..))))..)))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((({....,,{({({{((,,.....}||||{{.((((((......))))))...}||}||.((((((,.,..{{((({((((,((...{{|....|}))}}{((((((((.,{{|..,)))))|||||||...,,)))).|,|||||.,,,....,(((....}}}.|||}}},}}},.,,((((.(((((.((((...(((((((((.....({{.....}}})))))))))(((((...(((((((((....((((((((((((((........)))...)))).))))))).)))))))))...)))))((((((((.(((({{(((((({(((((({,..||{..,,.}}))))}.))}}||||....,)),}|(((((((((((.(.((((.({(({{..(((((.(({(,{{{({..........{({{(((((.....))))))))))))},||..{......,,{,||||{.(((((({((((({{{||,,,..(((.{(({{..........}))).))),(((((((({(,.....))))))))))}}..)))})})}}}))))).,))})))))))..))})}}).))))).)))))..))))))|{{{..,({{((((((((((((.((((.(((........))).)))).))}}})))))))}{||,,{|||{((((.(((((...{{....}}...)))))))}},,...,,,..,||||,,||||,,..)))}))))))))).)))))))){(((.((({......}))))))})))).))))).})))....,{{{,{.....||||||{{|,,,|||{{{,,|{{{{{{{{{{{{{{{.,,,({{..{{..,,||..,}}...,|}}}{{{{.{((((,{{{({(((,({,,{((({{{(({{,,..{{,|{{{{{{,,.{({{..,.||||{{{.{(({{{{.,.{(((((,..,,,,{((((((((.....,.((((((.,{(((((((...((((((((((.{(((((,,,{(((((({{,{.{{{{{...,||||||{.,,,.||.,{{{{({{{{,,....}))))}}{{....}}.......({(((((((((((.((((..................(((((...)))))......)))).)))))).))))))..{((((((((((((.(({,,{{,,{,,,...})}}|.....,,...((((((((..((((((((.....))))((((...((((.((.....)).)))).))))....{{(.({{,...,})),))}.((((...)))).,,..(((((((..({,.....,),))))))).,....,....((((((((..(((((((...(((((((........))}.))))...,(((....|||...||}..{{({{.,,.......}))}}..}......((({.....))))))).))))))))))))))))))))))))))){((((((((((......(((({...}))))......}}}}}((((((((({{.,||,..(((......))).{{{{.....}})),...,{{{(((({.(((.(((.(((....)))))))))...))),|}}}}.........,,}}},,...,||||,,|.,.,,,||||||,,,,.,..(((({(((((((..(((((......(((((.((((((....)))))),))))}.....)))))..)))))))..})))),|||,...))})))}}}}))}},}}}}}..........((((((..........)))))).....,,,.{{{{|...))))}.,,,)}))))))))))))},||},,,........,)})}},}..,}}|||{,,,|||}}|||,((((((...}})}}|,,,}|}}}}}}}}))))},||{{.(((((((((({...}}},,}))))))).||||,.....,,,,.{{{{((.{,,..,,..,.}}}}}},|.,.,,,,,,,,,}}}|}},,,}}})}}|,|||{{{{{(({(,,,.,.....,|||,.,,.......,,|{{{{{({{{......))))....))))),..((((((((...((....))...)))))))).....,.,,,...))))))..,....))))))))}......,,}.},,.}}|||}}..,,..{((((.......))))).})}}))))..,}}))))}})),.}})))))).}}}})))))))}}})}}))}.,}}}.}},,.|,.{((((...))))),,,.............((((((((((((.{({{{{{(((.((((((....)))))).))}.||{,,,,,,,}}}||.((((((...............,,.)))))}{{{{{,,|{,,....})))}))))})))))))))))){||||||{,,,,....,}},..|||{,||||||{{.|||.|..,|}}}}}},((((((((...))))))),},.)))))}))....)))}....{((({......))))).....((.(((......))).)).(((.....)))....,((((,,{{.((.((..((((((((..(....)..)))))))),,}}.)).)).}}))),)))}))}}}}||,...,}}),,,.....{((((.((((({....}))))).))))})}}}}}},)}))||...(((((((((((((((((((((....{((..(((............(((,(((({(.......{{........))...,..|||||...,,................|||||}..,||((,...,,))...}}))))))).)))..}}}{((..{((((((.....(({.((((((((((((.((((.{((((((...........((((((((,.{(((((((....(((((((((((((((({((((({{.,...,{{,{||||||||.((,,....})},},,.....,||,.,||}},,,|||{{|,{{({((((((((.(((((.((((...{(((((((({.......})))))))),.}.))))..)))))(((((.({.{.((((((..((((((((.((((...............)))).)))))))).))))))).)).)))))((((.....(((((((((.....(((...(((,............,,}},...))).....)))))))))...)))).)))))))).}})}.}}}}}|..(((((..(((((.(((((....})))))))))..)))))..})}..))))))))))))))))......,,,......|||,.|,|{{{{,...,))))}.,.,,,,.)))))))))))))))}..,,,,,,{((((.((....)).))))}.|}{,({{{,{,,.,,...(((((((((.(((({.,((((,,,{.((,{{{{{.......,,....}||||,,,.,}}|}}}},,(((({.((.......)).)))))|{{{{..,,....((,{..{{.....|{(((((((((((({{(((,{((,.........{{{,,,(((((((((((((..................))))))))))))){(((((((((,,,.{((((((((,({.,{({.{((,(({,(({((((...}))}..,}|,.|{||,,}}.,,,)}))))))}|,,|||.,,,,.((((((.(((({,(((......,.)}})))))))))))...,{{,((((,(({...,,|||}}}|(((.((((((.....)))))))))}..((((((((({,{..((((((,{,........}}))))}|,,,.})))))))))..{((((........))))}..,}}),.|||||)))).,),}....,||||||||||||{((({...))))}.,,...,,,}}|{{|||,,,,}))))}{{,||.,,......}})))}))}})})},,},|{,..}}},,}}},|||||..,)))))},...}}}.....}))))}.))))...,,,,......((((({....})))))...((((((..{{......,...........,}..))))))......,{{{{{(....(((((((...)))))))))}}))}})),)))))||,))))))..))))))||||,,....,...}}.....)),)))))...))))))))))))))..,,,}}}......)))))).}.))))..))))))))))))))).))))))))))..))))))))))),))}.,))))))).||,,...,,,)))}}}.,.,}}}))),,,},...........{{,.,.{((((((((((..(((..(((......)))..)))..)).)))))))))))),,,)})),})},..}},,.}}}}..............
Back