Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-TM4SF20-1:4
Sequence Length
678 nt
GC Content
0.4336
UUAAUGCUUAAUUCAAAAAAUAUCUGAGUACCUGCAGUGUUCCCCAUGCUACAUACUGGGCUUAAACAGCCAAAAAGACACAGUCUUUGACCUCAAAAUACUUUGAUUCUUGUAAGAAAAACUGACAAAGACAAAGAGAAGGCAAUGUGAAAACUUCUACAGUUGGGAUAACCUUGGAGGUUACAGGAUGUGGACUCACUGAAAGCUUUCUGCUGGACUUGAACUUGAAGCUGAAGUCUGAAGGACAGAUGGGUGUUGCUUAGCGAAGGGAAAGUAGGAAGCAAAGACCCCUGGACAGAGUGUAGCAGGCACAGAGGGAGCAUGACACCUUCGGGAGAGAGCCGCAAGCACCUGGGCCCAGAUCCCAGCUUUAGCUUCAUUAGCCCUGUGAACUCUGUAUGUCAGCCUUGACAUAGAAAAAAAGAGGAUACUAAACCUCCAUCUUAAAAGAGACUUGGAAGAAGCUGGGAUUAUAGGCACACCACCACACCUGGCCCCAGAAAAGGGAAUCCUUGACCUGCAAGAAUCGAGGAAUAUUGUUUCUGACAUGCUCAGUGGACCUACUGCUGGUGUUCUUAACCAUUUCCUUCCUAAGUGGAACUUCUUUUGAGGUUAAUGUUUAUAUACAAUUACUUUAACAUUGGAUUUGGGAAAUGGAACAACAUACUGCGGAUCUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-188.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -200.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 120.3
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((..............)))))).(((((((((((((..((((((((.(((((((.....))))..((((((...))))))............(((((.((.((((.((.....)).)))).)))))))(((((((...((((.....((((((.....(.((((((...)))))))....)))))).)))).....))))))).(((..(((.(((((.......)))).).)))..)))..((((.((((((.((.........))...))))))..)))).....))).))))))))........))))))..((((((...((.((((..((((.((((...(((((..((((((((((((.(((.....)))(((.(......(.(((((((....))))))).).....).)))..........((((((((....))))..)))).))))))))))))...((....)).........)))))((((((......(((((((..........)))))))......))))))...))))..))))..)).)).)))))))).....((((((((((((.....)))(((((....)))))(((((((................))))))).....)))))))))........)))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{(((({.,,...........)))))}.((((((((((((({.((((((((.(((((((.....))))..((((((...)))))).....,......(((((.,({((((.((.....)).)))),)))))))(((((((...((((.....((((((.,{,.,.((((((...))))))),,,.)))))).)))).....))))))).(((..(((.({(({.....,.)))),).}))..)))..((((.((((((.{(.........))...)))))},.)))).,,..))).)))))))).,......))))))..((((((..{((.{(((..((((.((((...(((((,{((((((((((((.(((.....)))(((.(....,,{.(((((((....))))))).}.....}.)))..........((((((((....))))..)))).))))))))))),...((....}}.,,....}))))))((((((.,,...(((((((..,....,..)))))))...,,.))))))...))))..))))..)).))}}})))))).....((((((((((((.....}}|(((((....)))))|((((({.....,.....,....))))))),,...)))))))))........)))))))......
Back