Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-TM4SF20-1:5
Sequence Length
1956 nt
GC Content
0.4519
AGCGAUGCGCAGACAUCUUUGUUGUGGGCGAAACGAGGUGACCGCAGAGUCUGUCACCCAGGUUGGAGUGCGGUGGUGUGAUCUUGGCUCCCUGCAACCUCCACCUCCCAGGUUCAAGCGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGCGAUUACAGGCACCCACCACCAUGAAGAAUGGCAUUUUUAAAAGAUGGCUUUCUUAAAAAAGGAUACUCAGUUGCUCUUCUACUCAUACCAAGUCCUGCAGACACAUUCUGGGACUGCACCUUAUGAGUGCUGCUCACUCUGUUUCCUGCAGAAGACAUACAGAGCCGUUCGCAUAGAGGGCCAUGAUUUUGAUUCAGCAAUUCUUCAAACCACUGAUGCUGGUUGACCAUUUGACUUUGUUUUUGAAGUAUUUUUUACAUACAGUGUACAGAACAUUUCCGCUGGAUAUUUGGAUACUGAACAGGAGUAACAAGAGGAACAGCUCCUACCUCCCCCCUGCCCCUUCCCUCACAAGCCUGUGAGUCAGGGCAGGGGCAGCCACUGAAAGUAGCAGAGGCCUUCAUAAAGGAGAAGUUGUCAGGUAGACCUUUGGAUUAACUCCCCAAAAGCAGCCCCCUAGGAGACAGGCGACAGCACCGCAGUCAGGGGAUGCAGGCGUGGAGGCACUUCUCCAUGUUGCCAUCAUGUGAAGAAGGACAUGUUUGCUUCUGCUUCUGCCACGAGUGUUGAAGGCAAUGGUGAUGAAAGUAAAUAUUUAAAAACACUACCAUAGCUGUCCCAAAUUUCAGAAAAACAAGGUACCACUGGAACCAUUUAAUUUUGUUGGAACACAGAAUGACCAUCUUGUGAUCAGUUUUCUGCAUCUUUAAAAUACCUGGAAGGUCAUCUUUAAAUAGUACAAUCUGAUAAAAGUUUAAUACUUAGUGUAGACUUAUAUGAAUACUUCUACAUUCAUACAUUUUUGUAUACUUAUACAUUUUCAUACUCAAUUAAUGCUUAAUUCAAAAAAUAUCUGAGUACCUGCAGUGUUCCCCAUGCUACAUACUGGGCUUAAACAGCCAAAAAGACACAGUCUUUGACCUCAAAAUACUUUGAUUCUUGUAAGAAAAACUGACAAAGACAAAGAGAAGGCAAUGUGAAAACUUCUACAGUUGGGAUAACCUUGGAGGUUACAGGAUGUGGACUCACUGAAAGCUUUCUGCUGGACUUGAACUUGAAGCUGAAGUCUGAAGGACAGAUGGGUGUUGCUUAGCGAAGGGAAAGUAGGAAGCAAAGACCCCUGGACAGAGUGUAGCAGGCACAGAGGGAGCAUGACACCUUCGGGAGAGAGCCGCAAGCACCUGGGCCCAGAUCCCAGCUUUAGCUUCAUUAGCCCUGUGAACUCUGUAUGUCAGCCUUGACAUAGAAAAAAAGAGGAUACUAAACCUCCAUCUUAAAAGAGACUUGGAAGAAGCUGGGAUUAUAGGCACACCACCACACCUGGCCCCAGAAAAGGGAAUCCUUGACCUGCAAGAAUCGAGGAAUAUUGUUUCUGACAUGCUCAGUGGACCUACUGCUGGUGUUCUUAACCAUUUCCUUCCUAAGUGGAACUUCUUUUGAGGUUAAUGUUUAUAUACAAUUACUUUAACAUUGGAUUUGGGAAAUGGAACAACAUACUGCGGAUCUUUCUGCUACCGAUGAAAGAAGAAGCCAGCAUGCUCGUUCCUGUGCAUGCUGGUGAAACAGACGUGGCCUGCCCUGCCUUUCUCCAAUCUCUCUCCCGCAGCCCAGCCCAGCCCAGCCUGGUUUAAUAGCAGGGGGAGUUGGCACCGUUCACAGCUGGUUAACACCCUACUGAGCAGGUUUUGAAUGCAGAAAGACUGAGAAAACUUCACUAUUCAUGUAAGAAAAAUAGGCUCCACGGGAUCCCUUGAUCAGGAUGGUGGUAGAGGAAAUGAACUUCCAUCAGCACUGUAAUGAUCUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-574.3 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -611.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 453.04
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((.((((((....)))).)).)).....((((.(((((..((((((((......((((((.(((.(((((((((.(((..((.....))...........(((((((.(..(((.((((((((..(((..(((((.((((((((.((((...((......))......(((((.(.((((((...)))))).).))))).......))).).))))))))....((((((((...(((((..((((.....)))))))))......))))))))(((((((((((((((((.(((((((.....((..(((.(((.....))))))..)).........(((((.....(((......))))))))((((.((.(((..(((((((((((.(((.(((((((((..((((((((((((((((...((.((.((((((((((......((((((.............))))))......(((((((((.....((((((....))))))...)))))))))(((...)))...((.((((((((((((........))))..(((.....))).(((((.........))))).(((..(((((....(((..(((.......))).)))))))).))).(((((((((......)))))))))((...(((((........)))))...))....)))))))).))((((((.((((((.((((((.((....(((....)))....)).)))))).))(((.((((....(((((......(((.((...)).)))......))))))))).)))((((((((((.(((.((((((((....))).)))........))..))).))))))...............))))....((((.....))))((((((((..(((....)))..)))))))).(((((....)))))..........))))))))))((((((...)))))).......)))))))))))).)))))))))....)).)))..))))((((.....))))..((((((...))))))....(((((....)))))....))))))))).)))..))))))))))).)))))))))((((.....((((((.....(.((((((...)))))))....)))))).)))).......))))))).)))(((.(((((.......)))).).)))..(((..((((.((((((.((.........))...))))))..)))))))))))))))).))))).......)))))..)))......))))))))...)))..).)))))))....((((((((((((.(((.....)))(((.(......(.(((((((....))))))).).....).)))..........((((((((....))))..)))).))))))))))))..)))))))))))).))))))))).((((((......(((((((..........)))))))......))))))...((((((((((..........((((((.....((((((((((((.....)))(((((....)))))(((((((................))))))).....))))))))).........((((((.((((((..........))))))....((((((((((.(......).)))))))))).....(((...(((.......)))..)))............)))))).((((((((((((..((((.(.....).)))).)).)))))...........)))))..))))))))))))))))((((((.....(((.....)))..))))))......(((......)))..))))))))..)))..))))))(((((..((((((.(.((((((......)))).))).))))))..)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,.{((.(({(((....)))),)).))}....((((.{{(((..((((((((......((((((.(((.(((((((((.,,,..((.....))...........(((((((.(..(((.((((((((,,((({,{{({{.{{{{||||.,.....,||,.....,,.,,.,.{(((|.(,((((({...}))))).).})))}....,,||...,,||}}||||,,,,{{((((((...(((((..((((.....)))))))))......))))))||((((((((((((((((({((((((,.,...((,.(((.(((.....))})))..}}....,,.,||{{{{.....{({,,{{{,.,,,),))||||.{{.{{{..(((((((((((.(((.(((((((((..(((((({(((((((((...((.((.((((((((((.,,,..,(((({,....{((,,....}))}}..}},,(((((((((.....((((((....))))))...))))))))),{(,,.|||...{,.((((((((((((.....||||,||,,{{{{{{..,,),|{{{|,....,,,.)}},,.(((..(((((....(((..(((.......))).)))))))).))).((((((((({....}))))))))}||,..(((((........)))))..,)))}}})))))))}.,,((((({,((((((.((((((.((....(({....}))....)).)))))).))|((.((((....(((((......(((.((...)).)))......))))))))).))}.((,{(((((.(((.{{((((((....))).)))........}}..))).))))))}}......{{......}}}....{(((,,..,}}},,{{{||||..{{(....}}}..))}))))),{{{{{....}||||....,,,,,.,})))))))),,,,{,...,}}}}}.......)))))))))))).)))))))))....)).)}}},})))((((.....))))..((((((...)))))),...(((((....)))))....))))))))).)))..))))))))))),||||||,,,((({...,.((((({.{{,.,.((((({...))))))),,,,)))))).})}).....)})))))}}{|||(((.{,(({...,.,.))))}),,)),,|{{..((((.((((((.{(.........))...)))))),.)))))))))))))))).))))).},....)))))}.)))..,,,.}))))))),,.)))..}.))))))).{..((((((((((((.(((.....)))(((.(....,,{.(((((((....))))))).}.....}.)))..........((((((((....))))..)))).))))))))))))..,))))))))))).))))))))).((((({.||.,.(((((((.,|...,}..)))))))...,,.}))))){{.((((((((((.......{,,((((((.....((((((((((((.....))|(((((....)))))|((((({.....,.....,....)))))))},...))))))))).........((((((.((((((..........))))))....((((((((((.(,....,).)))))))))).....{(,.,.(((.......)))..}},............)))))).{{{(((((((((..((((.{.....}.)))).)).)))))....,......))})),..,,,,,)))))))))).}|{{{...{{(({{{,,..{(({....,)))}.,.}}}.}))}...,..))))))))..)))..}}))))(((((..((((((.(.((((((......)))).))).))))))..)))))...
Back