Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-TMPRSS2-83:5
Sequence Length
495 nt
GC Content
0.5354
GUGGUGAAACUGAGUGGACAGCCAAGUGUCCAUAGUACAGCUGCCUCGUGUGGGACCCACUGCUCUAACGAGCCAGCCCCCGACACAGAAGCUGAGCACCCCCAAGCUGGGGAACCUAGAGAGACCUGCACCCGGGUCCCACGUGGAAGACUGGCUGGUGCCAUUUUGUCUUCUGUGGAUGGAUCCAGGACUAAACCUGUUUCUUAUGAGUCACAGGCACAAAGGAAGGGCACUACAACCACAACCAAUAUCAGUAAAGCUUUGGAAGACCUCUGCUACCUAUUUAAAAUAAUCAACACUCAGCCAGAAGAGAUUACCACAGUUCCAGAGACAAUGCUGGCACAAGGCUUCCAGCCCAUCCUGUCCACUGACACGGAGAAUGAAAUCGUCCUGCCUCUGGGCUCCUUAGAUCAGACACCGUCACUCCUCACCCUGGACACCUCACUCUGCACCCUGGACACCCUCACUCACCCUGGACACGUUCACUCACCCUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-145.6 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -153.91
Frequency: 0.0000
Diversity: 86.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((......(((((((......))))))).((.(((((..((.((((.((.....((((((....))).)))...)).)))))).))))).))..(((((...)))))........(.((((((....)))))).)....(((((((((((....))))....)))))))(((((((..((((((......((((((((....)))..))))).....((((.((((.....................(((...))).((((((.(((..........................(((........))).........((.((((........)))).)).))))))))))))).))))(((((.(((...((((..(((....(((.((..((((((...)))))).)))))....))))))))))...))))).................((....))........))))))..))))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.(((((...,..(((((((......))))))).{{.(((((..((.(((({((.....((((((....)))},))..})).)))))).))))).}}..(((({...}))))........{.((((((....)))))),}....(((((((((((....))))....)))))))(((((((..((((((......(((((,{(,...}))..))))).....((((.((((.....................{||,..,||.((((((.(((,({{{.....................,{,.,...,..)}).........{|,||||.,....,,)))),},.})))))))})))).))))(((((.{({...((((..(((....(({{((..((((((...)))))).)))))....)))))))}}}...)))))................,||,...,,........))))))..)))))))))))),...
Back