Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-WDR26-1:5
Sequence Length
3331 nt
GC Content
0.3987
UCUCUUGGUGGGGUUUGGAUGUUUAGAAUGUCCUGAGAAUUGGGGUUCUUUGAGUGUUUAUUAUAAAAUUUUAAAAGAUGUAGAAGAAUAGAGAGUUUAGUGAACAUUCAUCUACCUAUCUGGAUUCAGCAGCUGAAGGGCUCAGUGGGAACUGGGUCACACAAAGGAUGAAGGGCAAGCUGGGAACUGGGUCACACACACCAACUUCCCAUUUUCUUCCUGAAUAGAUAGCUACUUACCUCCCUCACCUGCAAAGGCAGUUUUGAUAGCAACAGGAGGCAGCCAAAUGCCAAGGCAGAUAGGGGUGGGUCCCUGGUGAAACCCCACCUCCAAGCCAAAGACAAUUUAAAGCCUGAAAGCCAAGCUACAAGUUAAAUUCUCAGACAGGAUUAAGAACUUGUCUUCCUGUUUGCGGUACUUUGCUCUGAUUGAUCCCCACCCUUCACCUAUUUUACAUAUACCUACCCUUUCCUAAUUGGUUUUCUACACUGUCAUGCCCACCUUUGAGUGGUGUCUUUGCUUUAGCCUUUUUUGCCUACUCACAAGCCAGUCACACACAUUCCCCAUUCUGAAUCCAUAAAAGGCCCUGGACCCAACCACACAGGGAACUUUCCUGCUUUCAGGUAGCAGGACCAACCCCAUGUCCCCUCUCCUCUGAAAGCCAUUUUCAUCACUCAGUAAAACUCUUCUCUGCCCUCCUCACUGUUCAAUGUCCAGUGUAUCCUCAUUCUUCCUGGGCACAGUACAGGAGCUCAGGAACCACCAAAUGUGGGUAUAAGCUAUAACACAGGCGAGCUGGGGCAUGUCAGCAUGGCCAAGUGACGCCUGGGCCAGGUGUCACCGGCAAGGGUCCCUGGCUUGCAAAGUGACCGAGAAGAAAAUUCCUACAUCAGUUUCACCAGCUGGACUGGUCCUUGUUCCUUUCACCUCUGGCCUUCUGCUCUCCUCUAGCUAAACAGUCUGGGAGCCCCAUCCCUGGCUCCAGCCUCCCUGGUGCCACAUAACCACAUCUCUGAGGACUUGUCUCUUCCACAAGUCACUGGCACAAAGCGGCGUAGGGGUCCCUUCUUCAGAGGCUCCAUCUCAGCCUCUGUCCAGUCCACAGGAAGCUGCUUCUCACUUCCCUCUGACUGUUGGCAAAGGCAUUAUCUCUUCUCUCCCACCCCUCCCCGUCAGAGACAGAAUCUCUUCAAAAAGCUAAACCUUUCACCAAACUAGAAAGAAUAUUUGUUUUUAAAGCUCUGCUUUCCACCUUAAAAUUUAUUCAGCCAAUAUUCAUUAAUAUAACUGCAGCGAUUCCUAUACUAUUGAAAGAUUUCUGUUCUGAUUGGCAAAUCAUAUAACGGCUAUUGCAAUAAUCAGUAGAAUUUAUUAAUAAUUAAAUUCAAAAUUAAACUCAUUAAUUCAGGCUAAUUGUCAUAGGAUGUCACAAGGACCACUGACAAAUGGGCCUCCCAUGUGCUUAUUAAUCACAAAGCAUUGUGUAUAUACAUCACAUUUUUAUCACUCUACUGAAAUCAUGUGGUUGCCACUGGUUCUACAUAGUUGUUACUUUAUUUGUAUUGUCUGUGCAUUGUAAUUCUUGUGUAAGUUGCAAAGGCAGCGUUUCAAUAUUUAUACAUUUAAGAAUUUACGAAUAAAAUAUUAAAAAUGAACUCUUAGAAUAAAGAGACAACCAACUGUGGAUACACGUAUUAAUGUUCCAUUAAAGAUCAUACACCUCAAUCUUCUGAUUGUACAGAGUACAAAUAGUGAUAGUAAUAAGGAACCACAGCCUAGAGUAUCAUCCAAACCACCUCAGACAUCCUUUACACCGUGCAAGCGUCAGUACAAAAUAACACAAUGCUUUUUAUUUCUUCAAUACAAAAUAAUUUUAUUAUUUUAACAAAAAUACAAGUGUCUCUUGCACGCUGACAAAAACCAUAAAAAAAAUGUGUCUCACCAGUGCUACUAAUGUAAAUAUUAGAUGCAAAUGGCACUCAGAGUUCACUGUUAAAAGCUUUGUGGGAGACCAACAUAUGCCACCCCAAAAUAGGGAUUGCCGAGCUGAAGGUGAUCAAGAAGAAGCAGAUCCAGGUAAAGCUCUCUGCCCUCCCUCUAUUUGCCUAAAAGCAGGACAAAGAUCUACAAAGACAAAAGGUAUCCUGGCCCAUCUUCUACCAGGAAGAACAAAGGUUAAUCACUGAAGAUAGCAUUGAUCCUGUGAAAGAAAACUAAAAUCUUGGGUCCCCAGUUUACUAUGCCAAAGGGAAAAAUUAAGCAGAAGCUGAUUGAGUCAUGCAAGAAACUGCCUUUCCUUGUUCCUAAGCAGAUAAACUGCAGAUAAAAGGCCAGGUAUCUCCACAGGAGCUACUCUAUGUUCAUCUCAUGUAAAGUGUUGAUUUACUGAAUGCAAAGACAAAUACAUAAUGGACUAUUCCUCUGCCUGCCUCCUUCUUUUCUUUUGCAACAUGUGGAUUCAGUAAUGGGAUUACACCCUCCCUCUUUCCCCUCCAGCCUGCUUUUCCCCUUUAAAUACUGAAGCCCUCAAAAUCAUCUUUGGAAAAAAGCAUAGCUCACAGAUUGUUUCUGUGGUUUUGUGUUGCUUUUUUUCCCCACAGACAUGUCCUUAACCUUGGCUAAAUAAACUCUAAAUUUAUUGAGACCUGUCUCAGAUACUUUUCGGUUUGUAGACCUUUACGGGCCCAAGAUGGUACCCAAGGAAGCUACAUUAACAAGCUUUACUAACCAGCCUUUAUCUGCCAUUAAUUUGCCUUUCCCGAAGUUGCCACCUCUAGAGAUUCAAAGCCCUUUUCCUUUUUCUUGUUACUUCUCUAAAAAUAUACUGGUUUUUGUUGAAGACUCUAUAUAGGCUGAAAUUCAAAGCCACCUCUUUGAGAACUAUUCAUUCCCUCAGUGUCUCCCAUGUACAUAUGAAAUAUACAUGUUAAUACACUUCUAUUUGGUUUUCUCUUAUAAAUCUGUCUUUUGUUACAGGGGUCACUUCCAAGUAAGGACUUAUGAGGGUUGAAGGAAAAAUUAUUAUUCUUCCCAGACAACUUACAUAUUCUUCAGAAUGGCAAUCACAUUCUAUCAAAGCUCACAGUUUAAUUUUUAAAACUGUAAAUAUCAAUGACAAAAACAAUCAAAAGAUCAAUUUCAGAAAACAAUGCAUUUGAAAGAAAAAAUGUAAAUUGGACAAAAUAUUGAUAAAACAAUUUAAAAUAUUAUAGAAGUAACCUUUGAAAUGUUGCUAUACAGCAUGUACUUAAACAUAAGCAUUUUCAAACAAACAUGAAAUAUUCAAUAGCCAUUAAAAAAUAAUAUCCAUGCAAGCAUACAUUGCAUUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-807.4 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -870.68
Frequency: 0.0000
Diversity: 1020.8
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((...((((((((((...((((..(((((((..((((....(((((((((((((...((((((......(.....)......)))))))))))))))))))...)))).((((((....((((((....((((((((....)))))))).......((..((((((((((.((((((.(((((.....)).)))..))))))......(((((........((((..........(((.((((....))))...)))))))..)))))((((......))))..((((((((((((((((.....((((......))))((..(((.(((((((((((..(((.((.....)).)))..))))).....(.(((((((((...(((.....)))))))))))).))).)))))))..))......)))))))).................................((((((((((.(((.(((((((....((((.(((((((((((((...(((...(((((((((.((.....(((((((..............((((...(((.....(((((..((((((.........(((.....(((((((.......)))))))....)))(((((((((((.(((.((..(((........................(((.(((..(((((.(((((.....((((((.(.............))))))))))))..)))))..))))))((((.....))))......)))....)).))).)))..))))))))........(((..((((((((((...)))))))))).)))..))))))..))))).....).))...))))..............(((((.....)))))))))))).((((.((((((((.(((.(((....((.((((((..((((.((((((..((((......))))((((.((((.....)))).))))...........((((((((((((((.......)))))))...((((((..((((.(.((((((........((((((((.......))))))))..(((((....(((((.((.....)))))))....)))))...((....)).................)))))).))))).(((((.....)))))...((((((.....(((((.........))))).......))))))(((((...)))))..................((((.(((((....)))))....((((.((((...............)))).)))).(((((((((((...............))))..)))))))..(((((((........)))))))..((((((.....))))))..))))..((((((.((((((((...(((...........(((((...)))))((((((..........))))))((((.........))))........(((((((((.......((((...))))(((((((......((((((((((((((((((..((((((((((((((((((((((((((((((....)))))..........)))))))....)))).))))))...................(((((......)))))..........(((((.(((........))))))))..(((((...........))))).....))))))))))))))))))....))))))))))))))))))..)))))).............)))..))))))))......((((((((.(.((.(...((((((...........)))))).........((((((((...))))))))............).)).).)))))))).))))))...............))))))...(((.(((..((((((....))))))..)))..)))..)))))))...))))))...))))....)))))).))...........(((......)))...)))))).)))))).)).)))).....((((((..(((....((.....))....)))..)))))).....)).))).)))))).))))))))))........((((((...........))))))..(((....))).))))))))))...))).))))...)))..)))))))))).(((((((((((..((((((....(((((.((((((.....(((((..((((((((((((.(((((((......................((((.....))))(((....((((.(((((.((((...))))......(((((...(((..((((.((((......))))...)))).))).....)))))..(((....)))..)))))))))...)))....))))))).......))))))))...((((........))))...........)))))))))))))))(((((.....))))).................(((((((((((..(((((((((.....)))))))....))..)))))))))))...(((....)))........)))))....))))))..........(((((....)))))((......))((((....)))).....)))))))))))(((.....((((((((.........)))))).)).....)))..)))))))).....))))))))))))..))))))....))))))..(((((((.................(((((((((.(((..........((((((((((((((.........((((.........))))..(((...))).....((((..((((((..((((..((((((.((.....)).))))))............(((((((...(((((.(((((.......)))))...)))))......))))))).))))...)))))).))))((((.(((....))).))))................)))))((((((.......))))))..........(((((((........)))))))..........))))))))).........((((((.........((((((((((........))))))..))))........))))))................))).))))))))))))))))((((((.....))))))...((((....)))).))))))).....)))).))))))))))...)))))))............((((((.......))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,(((((({.{((((((,((((({{{((,,((({{.{{(((({.,,,({(((((((({{,.....,,,|...{{{{{{{{{.{{{{..,,,||||,}}}}}))))),}}})),.,}}}(({...((((((((.{(((,,,((,{{{{||||{|||.,.,,,(((,.((((((((,{,((((((.(((({.....,,.))}..))))))..,,,.{((((...{{,,.((({..,,,,,...{{{.((((....))))...}}}}}}}..}}}}}((((......))))..(((((((((((((((({..,.((((......)))),,,,(({{({{(({{((((,,(((.((.....}}.)))..,,})),,,,,{.(((((((((...{{{.....)))))))))))).))}.}}}}))}.,},..{...,,,,,},.},,..............,,,.............,{|||,,,{,.,,|||||{||||{,{,,{{|,|{||((,{{,,(|{{{,(|{|{{{.{{,||..,...,|||{||,,..........,,,,{,{{||||,{|,,.,|||((.,(({{{{.......,,(((.....(((((((.......)))))))....})){{{|{{{{{,(,{{{.{{||||,...,,,}}......,|........{((.(((..(((((.(((({....,((((((.(.............,)))))))))))..)))))..)))))}((((.....)))),,....|||.......})),)))..))))))))......,,(((..((((((((((...)))))))))).)))..)))))).,))))}|{,,{|}||..{|{{{{....,,,.....,{{||||||||}}|||||}}))}.((((.((((((((.(((,(((..,.{(.((((((..((((.((((((..((((......))))((((.((((.....)))).))))...........((((((((((((((.......))))))),{{(((.{...((((.({((((({........((((((((.......))))))))..(((((....(((((.((.....)))))))....))))).,{{|,.,((|,..........,,,.,,||,,,,.,|,(((((({{((((((((.((((({{(((.....(((((.........))))).......}}}}},{((((...))))}.................,,{...{{{{,....}}}}}..,,),,,.,............,)))))))})))))))))))}{||{,,,{{{,,,....((...,)).....{{{{{{(((((((........))))))}..{(((({.....}))))}.{((({..{(((((..((.,{((....,},)}..))))}},|,}}))}...||(((,{{......{{{{|,}},}||||.........)))),.......,.||}}}))}....}}))||}}}))}.(((((((..,,..((((((({.,((((((((..((((((({((((((((((((((((((((((....)))))..........)))))))...,))))}}}))))...................(((((......)))))..........((({,..||}|...,,|||}}}))),,,.{,...........,||{....))})))))))))))))))))))))))),.,}..))))))),,)}}},|||,..............}},,)},,,))},,,|.,|||{{,,|.|,||}|.....,..{{{,,.,..{{{{{{{,..........{((((({{...}))))))}............|{||{|.,}})}))),)},........,,,.......}))))|...(((.(((..((((((....})))))..)))..)))..)))))))...))))))...))))..}.)))))).}}......}},..(((......)))...)))))).)))))).)).))))..},.{|{|{|.,{({....{{.....))....}}},,}}}})}||....},))).}}}}|.{{{....})},...|||||.{{{{(|{..{{{{{{..}})))})}.,,.,||||,|{|,,||,,}|||}},,}}}}||||||..|||..,||,,..{{{|||(((,.{((((((...,((,,,{(((({,....{{((((..{((({{{{{||||.{|{,{,..||||,|}...,|,}},},..|||{.,,,,)))},)},..,|||,,|||||,||,{..,)))}.....,||{((||,{.{,{((((.{{({,,..,,}}}}.,.}}}}.,}),...,}}}}..,|||....}))..}))})))}},}})),,.)))))))},...}))})))))))},,.(({,.....,,,)))).}}...}}}}.)))}})))),,))),,,,||,,}}})}))),}},}},...,......(((((((((((..(((((((((.....)))))))....))..)))))))))))}..,,|}},,}|,........,||||...,|||||,.......,,{(((((....)))))}|,,..,,}.|{|||||||,,,.,,,,)))}},}}|||((({...{{(((((((.........))))),........,)))},,,,))))}},..,}}}}}|,,,,,}}}}},}},,..)))))).)}}))}},)))..............(((((((((.{{,...,......((((((((((((({...,{{.,,((((,....,,,,||}}....|},}))}.....{(((..(((((({{((,,..((((((.{(.....}}.)))))).....}}}},..{((((((...,{(({,{{{{{.......}}}}}.,.)))))......))))))),)))}...)))))).)))}((((.(((....))).))))..,....}},..,}}.)))))((((((.......))))))..........(((((((........)))))))..........)))))))))...,....,{{{{{{.........(({(((((((........))))))}.,)))........}}))}}.......,,....,,,))}.))))))))).|{{|||(((((({{...,)))||{{......}}}).})})}}}})),,......|||}},,}))),..}))),,,,............((((((.......))))))....
Back