Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
lnc-ZBTB20-1:1
Sequence Length
1679 nt
GC Content
0.3526
AUUUCUUUUAGUCAUGUUGAUUUGAUUUCAGUUUCUGGCUAUGAAAAACAUUUUUAAACUCGUCACCCACAACAAACUGAACAAAACUACUACAGUGAAAGCCCUUUUCAGUGAAAGAUGUCAGAAACCUCAAAACCUUUGGCCUGACUCAGAACUACCAUGUGAAAAUCAGUACUCUCUUAAUGUUUGAAAUAAAAACUGAAAAAAAAAACAAAAAAACAAAAAACCUUUUUUGAAGCACCUUAACGUGGCCAUCCAUUUGAGAAGUGGGUGCCACUUUUUUCUUUGAGCACCUUAUUGAUGUGUUUGCUAUCUGCUGUCUUUCUGUUACCUGUUGGCUGAAUGGCUAGCUGUUAACAUAUACAUGUGCACAGAAGAGAUAUCUGGGCAUGUAUGUUCUCAAUGAAGUUUACUGUGGUGACUGCUGAAAGGUGAACCCAUUUCCUGAUUUUCCCGCCGCAGUGUUGUGAUAAGAUUCGAAGAAACCUUUUUCCCUGCACAGAAAUGUUUCUUAUCACAUUGUAUCUUAGUAUGGAAAGGAAUAUGGUCCCUUUUUUGCAAUUGCUACUGUGUACACACACACACACACACACACACACACACACACACACUGUAUGUUUAGACCUAAAAUACACACACCCACGCACACACUGUAUGUUUAUGUGACCUAAAACAUACACACAUGCACACACACAUACAUAUCCAUUCAUUCAUUCAUUCAAGUGGUGUUUCCAGUGUCUGUGUGUCACUGUUUAUGCAGUUUCCAUUUCCCAGUGAAUUAUGAGUGGAGGGCAACUUUUCUAACCAGAUUGUCUUUUCAGAACAAAGACCUGGGAAUUGAGGAAGAGUUUGGAAAGAGGGAGAGGCAAGGAAAGAGAGCUUUAAAUUGAAAGGUUAAUUUCCUAAGAGGAACCUGGGCUGAAUGACUGCAGUGUUAUACCCUCCAAUCUUUGCAGGUGGGCAUGGAACACUGCUUGUAUCACUCUGUGCACGGUAUAAAUCCAUAUAUCCACAAAAACACACAUCCAUCCAUCAACAUAUACAUGGUUUGGGAUGAGCAGGUCAAUAGUUUUGAGAGGGAGUUUGUUCCUUUUUUUUUCUCAUUAUACUCUUAAAUUGUUGUCAGUUAUCAAACAAACAAACAGAAAAAUUGUUUGGAAAAACCUUGCAUACGCCUUUUCUAUCAAGUGCUUUAAAAUAUAGACUAAAUACACACAUCCUGCCAGUUUUUUCUUACAGUGACAGUAUCCUUACCUGCCAUUUAAUAUUAGCCUCGUAUUUUUCUCACGUAUAUUUACCUGUGACUUGUAUUUGUUAUUUAAACAGGAAAAAAAACAUUCAAAAAAAGAAAAAUUAACUGUAGCGCUUCAUUAUACUAUUAUAUUAUUAUUAUUAUUGUGACAUUUUGGAAUACUGUGAAGUUUUAUCUCUUGCAUAUACUUUAUACGGAAGUAUUACGCCUUAAAAAUACGAAAAUAAAUUUUACAAGGUUUCUGUUUUGUGUGGAAGAGUAAUUGAUGUUGCUAAGAAUGAUGUUUGUUUUUUUGGGGUUUUUGUUGUUUUUUUUUUAAAUGUUACCAGCACUUUUUUUGUAAGUUUCACUUUCCGAGGUAUUGUACAAGUUCACACUGUUUGUGAAGUUUGAAUAUGAAGGAAUAAUUAAAAAAAAAAAAACUCUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-370.9 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -409.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 450.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........(((((........)))))...(((((((((..((((((...))))))....................................((.(((((.....))))).))......)))))))))((((((((..((((((((.((((...((((((((((....(((((........................)))))......................(((((((((((((((........(((((.((((((((...)))))))))))))((((((((((((((((.........))))))(((.(((.((.(((((((((((.(.(((((((....))))))).).))))..((((((((.(.((((.......)))))))))))))((((((.((..(((((((((((((((.(((.((((((.((..(((((((((....((((.((....(((.((((((((((..((..........((((........))))))..))))))))))...)))....))..))))))))).))))))))))))..))).)))))))(((((......)))))...(((((((.((((....((((.((((((((.((((....))))))))..................(((((((.(((((........)))))...)))))))..................................)))))))).....)))).))))))).(((((....)))))...........))))))))....)).))))))(((((((((..((((...((((((.......)))))))))).......))))))))).))))))).)))))))))))))))))).)))))))...))))))))...(((((...)))))...(((.(((.((...((((((((...(((.((..........)).))).....))))))))...))))))))((((...((((((......))))))))))..........................))))))))..))..))))))))))))..)))))))).((((((((((((((((.....................(((((....))))).((((((..((((((((.....(((((((((((((.((((((...............(((((((.(((.((.((((..(((.(((.((.(((((............((((((.((((((....(((.((......(((((.......))))).....)).)))....)).)))).)).)))).............)))))..((((((.((((((((((.(((.((((....((((((((((((((.(((..((.((((.((....)).)))).))..))).)))..))))))).(((.(((((.((((((......((((((.......(((((.(((((..........)))))..)))))))))))..)))))).))))))))........))))....)))).))).))))))))))))))))))))).)))..)))).)).)))..)))))))....)))))).))...)))))))........)))).......))))))))...))))))....)))))))))..............)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{((({{,{{(((.,,,,,,,||,,,{{{((((,(((,.{(((,,......,,,....},}}.,.,,,....}}}}}}},,,...,...,,(({((,,,..,,{|,,,|{||{{{..{|,||||||.((((((((..((((((((.((((...(,((((((((....{((({....,,,,,..{{{|.........})}}}......................(((((((((((((((........(((({,((((((({...})))))))))))){{{{{(({{{{(((((.,,...||.))))}|(((.(((.((.(((((((((((.{.(((((((....))))))).).)))){(((((((((.(.((((.......)))),)))))))))|((,,...,,,,,.,,,,(((((((.(((.((((((.((.,({({(((((....((((.{,.,,{{{,.((((((((((..{({(({,...}}||||.......,,,,.,),.)))))))))).,,}..,...},..))))))))).})))))))))))..))).)))))))(((((....,,}})}},{,{{((({({({{{,,,,(({(.({{(((((,({{,....,}},}))},.........,.......(((((((.({(((........)))))...}}})))}..................................,))))))).....)))).))))))).{((((....))))){{{{{.{{{{{{|,|..|,.....|{|||||{(({{{,(({..,,||,}}||||||,},....,}),,)))))}}}.,,.)))),,,,..))))))).)))))))))}}}})))}|,)))))))...,)))))))...|||||...}))}|.,{({(,{({.(({..((((((((,{.(((.((..........)).))).,},.))))))))..,},))),)){||{,,.((((((......))))))}}},........,,................))))))))..)}..))))))))))))..)))))))){(((({,.,.|}}}}|......................,,{((,,,,,}|}|.,{,|||..|{{{{{((.....,|||,||{(({{,..,,{||.,.}..}},,,,...{((((((.,,,,{{,{{((..(({.{{{.,,.{((((...,........((((((.((((((....(((.{(......(((((.......))))).....)).)))....))},))).))|}))).............))))}..{(((((.((((((((((.(((.((((....((((((((((((((.(((..((.((((.{,....},.)))).))..))).)))..))))))).,{{.(((((.((((((......((((((.......(((((.{((({..........}))))..)))))))))))..)))))).)))))}}}........))))....)))).))).))))))))))))))))}}})).)))..)))}.}},}},..))))))},}}}))}},,}}}}}}),...))))}}}}}))|||}|||||{,,}},)))}}}}))))),,,})))))))}......................
Back