Basic Information

Symbol
ACTB
RNA Class
mRNA
Alias
actin beta β-actin BKRNS BNS BRWS1 CSMH DDS1 PS1TP5BP1 THC8 actin, cytoplasmic 1 I(2)-actin PS1TP5-binding protein 1 beta cytoskeletal actin Actin, cytoplasmic 1 Beta-actin EC 3.6.4.-
Location (GRCh38)
7:5526409-5563902 UCSC Genome Browser

Secondary Structure

MANE Select
NM_001101.5
Sequence length
1812 nt
GC Content
0.5519

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-613.01 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -643.97 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 373.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.(((...)))))....))).((((...((.((((((((((((.(((((((((.((((((((..((((((.(((((((((((.(((((((...((((...(((....)))...))))...((((((((((.(((.((.(((((((..((((..((((...))))))))..((((........)))).......(((.(..(((.((...((.((((.(.((((((.(((((.(((...(((((......))))).........))).)))))....................(((((((..(((((.((....)))))))...(((.....))).....((((((..((......))..).)))))(((((...)))))...))))))).)))))).).)))).))...)))))..))))..)))))))((.((((......)))).))(((.....))).....)).))).)))))).))))....((((.((((.......))))))))((((((((......(((((.(((.(((((((((....))))))...)))))).))))).......(((((.....)))))......(((((((((((((.((.(((((....))))).)).)))(((.....))).((((.(((....(((.((.(((.((((((((.((..((((..(((........)))..)))).......)).))))))))))).)))))....)))))))..)).)).))))))((.(((.((((..((((((((....)))..)))))..)))).))))))))))))))))))))))).)))...)))))(((((((.(((((.(((((.........))))).......)))))))))).))(((((..((((((..((...(((((.........))))).))..))))))...))))).((((..((((.........)))).)))))))))).......((((.((((..........)))).))))...((((...(((((.((((...))))...(((((.........)))))((((.....)))))).))).)))))))))))).))))))....(((((..((.(((((((((..((.....)).))))).)))).))))))).......(((((.((((....(((.((((.((.............)).)))).)))......((((((............................))))))((((((((((((((..((((..........))))..))))))))))))))..................)))).)))))..............))).))))))))))))..))(((((((....(((((((((...((((((((.............)))))))).......(((((((......)))))))(((.......))).))))).))))((((((((((((.(((((.(((....(.((((((((.((((((....)))))).((((..(((.((((((..((....))..)))))).))).(((((((...............)))))))............(((((((...(((.((...........)).)))...)))).)))((((((((((((....................................))))))))))))..))))....)))).)))).)))))))))...)))))).)))))).)))))))...................))))...............
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{{,{.{,,{{{|,,||,..,))).(({(...{{.((((((((((((.(((((((((.((((((((..((((((.(((((((((((.(((((((...((((.,.(((....)))...))))...((((((((((.(((.((.,{{({(({{{{{{..{({{...|||}||||.,((((......,.)))},{{{...|||.{..(((.((...((.((((.{.((((((.(((((.(((.{.(((((......))))).,.......})).))))),....,,..,.....,.,,,(((((((..(((((.((....)))))))..,{{(.....})),....((((((.,(,.....,))..).)))))|((((...))))}...))))))).)))))).}.)))).)}...)))))..})))..})))))}||||||,..,...}}}|{||{((,...,)))},,..}}.))).)))))),,))}....((((.((((.......))))))))((((((((......(((((.(((.{((((((((....)))))),..})}))).))))).......(((((.....)))))......(((((((((((((.((.(((((....))))).)).))),{{.....}},,((((.(((....(({,((.(((.((((((((.((..((((.,(({........))),,)))).......)).))))))))))).)))))....))))))),.)),,).))))))({.(((.((((..((((({((....}}),.)))))..)))).)))}})))))))))))))))))),}))...)))))(((((((.(((((.(((((.........)))),.......)))))))))).))(((((..((((((..((.{,(((((.........))))).))..))))))...))))).{(((..((((.........)))).)))))))))).......((((.((((,{...,,,,.}))).)))),..((((...({(({.((((...))))..,{{{{{.........))}}}((((.....)))))},.}}.)))))))))))).)))))),,,.(((((..,(.(((((((((..({.....)).))))).)))).})))))).......(((((.((((....(((.((((.((,,....,,.....)).)))).)))......{(((((..................,.........)))))}((((((((((((((..((((..........))))..))))))))))))))..................)))).))))).|............))).))))))))))))..}},{{{{|{|{,,({({((({{...,{{({{{{,{,,,{{{..,|,}},}})))...,}|||||||{{......,}}}},|({{.......})),))))).}}|}{(((((((({((,(((((.{((....,.((((((((,((((({....||}||,.{{{(..(((.((((((..((....))..)))))).))).(((((((.....,.........)))))))............(((((({...(((.((...........)).}))...)))).)))((((((((((((...................{,..........),),.))))))))))))..)))),,},)))),)))),)))))))))..,)))))).))))))}}}||}}|.,....,},},........))))...............

Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001101.5 ACCGCCGAGACCGCGUCCGCCCCGCGAGCACAGAGCCUCGCCUUUGCCG… 1812 nt 0.5519
Summary

This gene encodes one of six different actin proteins. Actins are highly conserved proteins that are involved in cell motility, structure, integrity, and intercellular signaling. The encoded protein is a major constituent of the contractile apparatus and one of the two nonmuscle cytoskeletal actins that are ubiquitously expressed. Mutations in this gene cause Baraitser-Winter syndrome 1, which is characterized by intellectual disability with a distinctive facial appearance in human patients. Numerous pseudogenes of this gene have been identified throughout the human genome. [provided by RefSeq, Aug 2017]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image